Công ty tôi bị thông báo “nợ thuế TNCN chưa khấu trừ đủ”, nhưng thực tế các khoản đã nộp qua ngân hàng. Có cách nào chứng minh và đối chiếu lại không ạ?

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công Ty Luật ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Phân tích tình huống

Theo quy định tại Luật Quản lý thuế 2019, cơ quan thuế có trách nhiệm quản lý, kiểm tra và xác định nghĩa vụ thuế của người nộp thuế, bao gồm việc khấu trừ và nộp thuế thu nhập cá nhân (TNCN). Nếu công ty nhận thông báo nợ thuế TNCN chưa khấu trừ đủ, nhưng thực tế đã nộp qua ngân hàng, có thể xảy ra sự không khớp dữ liệu giữa hệ thống ngân hàng và cơ quan thuế do lỗi kỹ thuật, chậm cập nhật hoặc sai sót khai báo. Nghị định số 126/2020/NĐ-CP (có hiệu lực từ ngày 05/12/2020) quy định chi tiết về thủ tục đối chiếu, chứng minh nghĩa vụ thuế, cho phép người nộp thuế yêu cầu cơ quan thuế kiểm tra và điều chỉnh thông tin nếu có chứng cứ hợp lệ. Việc chứng minh và đối chiếu giúp tránh các chế tài như phạt chậm nộp (0,03%/ngày theo Điều 59 Luật Quản lý thuế) hoặc truy thu không chính xác.

Các bước chứng minh và đối chiếu

Để chứng minh đã nộp thuế TNCN qua ngân hàng và yêu cầu đối chiếu, công ty cần thực hiện theo quy trình hành chính tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp (Chi cục Thuế hoặc Cục Thuế địa phương). Quy trình này dựa trên Điều 47 Nghị định 126/2020/NĐ-CP, đảm bảo tính minh bạch và kịp thời.

Bước 1: Kiểm tra và chuẩn bị hồ sơ nội bộ

Công ty cần rà soát lại các chứng từ liên quan đến việc khấu trừ và nộp thuế TNCN, bao gồm tờ khai quyết toán thuế TNCN (mẫu 05/KK-TNCN), biên lai nộp thuế qua ngân hàng (sao kê giao dịch điện tử từ ngân hàng), và các hợp đồng lao động hoặc chứng từ khấu trừ thuế của nhân viên. Nếu nộp qua tài khoản kho bạc nhà nước hoặc hệ thống ngân hàng liên kết với Tổng cục Thuế (như iHTKK), kiểm tra mã giao dịch và thời gian nộp để đảm bảo khớp với kỳ kê khai. Việc này giúp xác định chính xác số tiền đã nộp và tránh sai sót nội bộ, thường mất 1-2 ngày thực hiện.

Bước 2: Liên hệ cơ quan thuế để yêu cầu đối chiếu

Gửi văn bản yêu cầu đối chiếu số liệu nộp thuế đến Chi cục Thuế quản lý, nêu rõ thông tin thông báo nợ, số tiền đã nộp, và đính kèm chứng từ. Theo Điều 47 Nghị định 126/2020/NĐ-CP, cơ quan thuế phải tiếp nhận và xử lý yêu cầu trong thời hạn 10 ngày làm việc. Có thể thực hiện trực tiếp tại quầy hoặc qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế (etax.gdt.gov.vn) để gửi hồ sơ điện tử, giúp rút ngắn thời gian và theo dõi tiến độ trực tuyến.

Bước 3: Nộp hồ sơ chứng minh và theo dõi kết quả

Nếu cơ quan thuế yêu cầu bổ sung, chuẩn bị hồ sơ theo quy định tại Điều 47 Nghị định 126/2020/NĐ-CP, bao gồm:

• Văn bản yêu cầu đối chiếu (mẫu tự do, ghi rõ lý do và thông tin liên hệ).
• Bản sao biên lai nộp thuế qua ngân hàng (có xác nhận của ngân hàng).
• Sao kê tài khoản ngân hàng chứng minh giao dịch nộp thuế TNCN.
• Tờ khai thuế TNCN liên quan và các chứng từ khấu trừ (nếu cần).

Sau khi nộp, cơ quan thuế sẽ kiểm tra và thông báo kết quả bằng văn bản; nếu xác nhận đã nộp đủ, thông báo nợ sẽ được hủy, tránh các khoản phạt từ 2.000.000 đồng đến 25.000.000 đồng theo Điều 142 Luật Quản lý thuế nếu chậm thực hiện nghĩa vụ. Thời hạn xử lý toàn bộ quy trình thường không quá 30 ngày.

Việc tuân thủ quy trình này không chỉ giúp công ty loại bỏ thông báo nợ sai sót mà còn đảm bảo tuân thủ pháp luật thuế, tránh rủi ro pháp lý và duy trì uy tín kinh doanh. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công Ty Luật ACC.