Dạ cho em hỏi là năm 2023 em có làm việc tại hai công ty khác nhau, công ty đầu tiên em làm từ tháng 1 đến tháng 6 và đã bị khấu trừ 10% tại nguồn, còn công ty thứ hai em làm từ tháng 8 đến hết năm và đóng thuế theo biểu thuế lũy tiến từng phần, nhưng hiện tại khi em tự đi quyết toán trên hệ thống Etax Mobile thì phần mềm lại báo em không có số thuế nộp thừa dù em tính toán sơ bộ thì số tiền đóng ở công ty đầu là khá lớn so với thu nhập cả năm của em, vậy trong trường hợp này em phải kiểm tra lại chứng từ khấu trừ thuế như thế nào để đảm bảo mình không bị mất quyền lợi ạ?

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công Ty Luật ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Khấu trừ thuế thu nhập cá nhân tại nguồn và quyết toán thuế

Theo quy định tại Luật Quản lý thuế 2019 và Thông tư 32/2025/TT-BTC, thu nhập từ tiền lương, tiền công của cá nhân cư trú được khấu trừ thuế thu nhập cá nhân (TNCN) tại nguồn bởi tổ chức chi trả.

Đối với công ty đầu tiên, việc khấu trừ 10% áp dụng cho thu nhập từ 2.000.000 đồng trở lên mỗi tháng nếu cá nhân không cung cấp cam kết thu nhập chịu thuế dưới 120 triệu đồng/năm (theo Điều 25 Thông tư 111/2013/TT-BTC).

Với công ty thứ hai, khấu trừ theo biểu thuế lũy tiến từng phần (từ 5% đến 35%) được thực hiện nếu cá nhân có cam kết hoặc thu nhập vượt ngưỡng, nhằm đảm bảo tính chính xác theo tổng thu nhập thực tế. Khi quyết toán thuế năm 2023 qua hệ thống eTax Mobile, cơ quan thuế sẽ tổng hợp thu nhập từ tất cả nguồn (bao gồm cả khoảng trống tháng 7 nếu không có thu nhập), tính thuế theo biểu lũy tiến toàn năm sau khi trừ các khoản giảm trừ (gia cảnh 11 triệu đồng/tháng cho bản thân và 4,4 triệu đồng/tháng cho người phụ thuộc), rồi so sánh với số thuế đã khấu trừ để xác định thừa hoặc thiếu. Việc hệ thống báo không có số thuế nộp thừa có thể do tổng thu nhập năm thấp, dẫn đến mức thuế lũy tiến thực tế thấp hơn số đã khấu trừ 10% ở công ty đầu, hoặc do dữ liệu từ chứng từ khấu trừ chưa được cập nhật đầy đủ trên hệ thống thuế điện tử.

Xem thêm: Em có mua một mảnh đất nông nghiệp và đứng tên cá nhân, sau đó chuyển nhượng lại cho người khác trong vòng chưa tới một năm, hiện tại bên thuế yêu cầu nộp thuế thu nhập cá nhân theo giá thị trường chứ không theo giá hợp đồng, trong khi hai bên giao dịch thật đúng giá ghi trên giấy, vậy em cần làm gì để bảo vệ quyền lợi của mình ạ?

Quy trình kiểm tra chứng từ khấu trừ thuế để đảm bảo quyền lợi

Để xác minh và tránh mất quyền lợi hoàn thuế (nếu có thừa), Anh/Chị cần kiểm tra chứng từ khấu trừ thuế TNCN từ hai công ty, đối chiếu với dữ liệu trên eTax, và tính toán thủ công nếu cần. Quy trình này được hướng dẫn tại Điều 44 Luật Quản lý thuế 2019 và Thông tư 32/2025/TT-BTC, nhằm đảm bảo tính minh bạch và chính xác trong quyết toán. Dưới đây là các bước cụ thể:

Bước 1: Thu thập chứng từ khấu trừ từ các công ty

Liên hệ ngay với bộ phận nhân sự hoặc kế toán của hai công ty để yêu cầu cấp bản sao chứng từ khấu trừ thuế TNCN năm 2023 (mẫu 02/QTT-TNCN theo Thông tư 78/2021/TT-BTC). Chứng từ này phải ghi rõ tổng thu nhập chịu thuế, số thuế đã khấu trừ từng tháng, và tổng năm. Nếu công ty không cung cấp trong vòng 10 ngày, Anh/Chị có quyền khiếu nại theo Điều 111 Luật Quản lý thuế 2019. Kiểm tra tính hợp lệ: chứng từ phải có chữ ký số hoặc xác nhận của tổ chức chi trả, tránh trường hợp dữ liệu sai lệch dẫn đến quyết toán không chính xác.

Bước 2: Đăng nhập và kiểm tra dữ liệu trên hệ thống eTax

Truy cập ứng dụng eTax Mobile hoặc cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế (etax.gov.vn) bằng tài khoản cá nhân (sử dụng mã số thuế hoặc CCCD gắn chip). Vào mục "Quyết toán thuế TNCN" năm 2023, tải về tờ khai quyết toán (mẫu 02/QTT-TNCN) và kiểm tra phần thu nhập, khấu trừ từ các nguồn. So sánh số liệu với chứng từ từ công ty: nếu dữ liệu trên eTax thiếu hoặc sai (ví dụ: thu nhập công ty đầu không được ghi nhận đầy đủ), hệ thống có thể tính sai mức thuế lũy tiến, dẫn đến báo không thừa dù thực tế có. Nếu phát hiện bất thường, lưu ảnh màn hình làm bằng chứng.

Bước 3: Tính toán thủ công và điều chỉnh quyết toán

Xem thêm: Một doanh nghiệp xây dựng nhỏ ký hợp đồng thi công công trình dân dụng nhưng chủ nhà thanh toán từng phần bằng tiền mặt, đến khi quyết toán thuế thì cơ quan chức năng cho rằng không đủ căn cứ chứng minh chi phí nhân công và vật liệu do thiếu hóa đơn đầu vào hợp lệ, dẫn tới bị loại chi phí và truy thu thuế thu nhập doanh nghiệp, trong khi thực tế công trình đã hoàn thành đầy đủ, vậy có cách nào hợp thức hóa chi phí trong trường hợp này hay phải chấp nhận nộp bổ sung?

Sử dụng công thức tại Điều 21 Thông tư 111/2013/TT-BTC để tính thuế TNCN toàn năm: Tổng thu nhập chịu thuế = Thu nhập công ty 1 (tháng 1-6) + Thu nhập công ty 2 (tháng 8-12) – Các khoản giảm trừ (11 triệu đồng/tháng x 12 + giảm trừ người phụ thuộc). Áp dụng biểu thuế lũy tiến: mức dưới 5 triệu đồng/tháng thuế 5%, đến trên 80 triệu đồng/tháng thuế 35%. Trừ đi tổng thuế đã khấu trừ (10% từ công ty 1 + lũy tiến từ công ty 2) để xem số thừa/thiếu. Nếu tính ra có thừa (ví dụ: thuế thực tế 8% toàn năm nhưng đã khấu trừ trung bình 10%), nộp bổ sung tờ khai quyết toán qua eTax với đính kèm chứng từ, yêu cầu hoàn thuế trong vòng 40 ngày theo Điều 60 Luật Quản lý thuế 2019.

Bước 4: Liên hệ cơ quan thuế nếu cần hỗ trợ hoặc khiếu nại

Nếu sau kiểm tra vẫn nghi ngờ sai sót (như hệ thống không cập nhật dữ liệu từ công ty), gửi hồ sơ khiếu nại đến Chi cục Thuế quản lý trực tiếp qua eTax hoặc trực tiếp tại cơ quan thuế nơi cư trú. Hồ sơ bao gồm:

• Bản sao chứng từ khấu trừ từ hai công ty.
• Tờ khai quyết toán đã tính toán thủ công.
• Giấy tờ chứng minh giảm trừ (nếu áp dụng).

Thời hạn khiếu nại là 90 ngày kể từ ngày nhận quyết toán, tránh phạt chậm nộp từ 0,03%/ngày trên số thuế chậm theo Điều 59 Luật Quản lý thuế 2019.

Việc tuân thủ quy trình kiểm tra này giúp Anh/Chị đảm bảo quyền lợi hoàn thuế nếu có thừa, tránh rủi ro truy thu sau này và tối ưu hóa nghĩa vụ thuế theo pháp luật hiện hành. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công Ty Luật ACC.