Chuyện là công ty mình mới thành lập được nửa năm, doanh thu phát sinh chưa nhiều nhưng chi phí tiếp khách, mua sắm văn phòng phẩm lại khá lớn, mình lo rằng nếu tờ khai thuế quý này mà số thuế đầu vào cứ lớn hơn đầu ra liên tục như vậy thì có dễ bị cơ quan thuế đưa vào danh sách “đen” để kiểm tra đột xuất hay không, và mình nên giải trình như thế nào cho hợp lý để họ thấy đây là đặc thù của doanh nghiệp mới mở?

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công Ty Luật ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Rủi ro bị đưa vào danh sách kiểm tra đột xuất

Theo quy định tại Luật Quản lý thuế 2019 (Điều 107), cơ quan thuế phân loại người nộp thuế theo mức độ rủi ro để thực hiện các biện pháp quản lý, bao gồm kiểm tra định kỳ hoặc đột xuất. Cụ thể, Thông tư 80/2021/TT-BTC quy định tiêu chí phân loại rủi ro, trong đó mức độ rủi ro cao có thể phát sinh khi số thuế giá trị gia tăng (GTGT) đầu vào lớn hơn đáng kể so với đầu ra liên tục qua các kỳ kê khai, đặc biệt nếu tỷ lệ này vượt quá ngưỡng quy định (ví dụ: thuế đầu vào lớn hơn 150% so với đầu ra mà không có lý do hợp lý).

Đối với doanh nghiệp mới thành lập chưa đầy một năm, tình trạng này thường xảy ra do chi phí đầu tư ban đầu cao (như tiếp khách, mua sắm văn phòng phẩm), nhưng nếu không giải trình kịp thời, doanh nghiệp có nguy cơ bị xếp vào nhóm rủi ro cao theo Thông tư 31/2021/TT-BTC (hướng dẫn phân loại rủi ro về hóa đơn, chứng từ), dẫn đến kiểm tra đột xuất với tần suất cao hơn (có thể lên đến 100% hồ sơ kê khai). Tuy nhiên, không phải mọi trường hợp đều tự động bị đưa vào "danh sách đen"; cơ quan thuế sẽ xem xét các yếu tố như lịch sử tuân thủ, quy mô doanh nghiệp và tính hợp lý của chi phí.

Xem thêm: Dạ em thắc mắc ạ, trường hợp người lao động ký hợp đồng thử việc 2 tháng và được trả lương đầy đủ, doanh nghiệp có phải khấu trừ thuế TNCN trong giai đoạn thử việc không?

Cách giải trình hợp lý để chứng minh đặc thù doanh nghiệp mới

Để tránh rủi ro kiểm tra, doanh nghiệp cần chủ động kê khai và giải trình rõ ràng, chứng minh rằng tình trạng thuế đầu vào lớn hơn đầu ra là do đặc thù giai đoạn khởi nghiệp. Theo Luật Quản lý thuế 2019 (Điều 47), người nộp thuế có quyền giải trình bằng văn bản kèm chứng từ khi cơ quan thuế yêu cầu. Dưới đây là các bước hướng dẫn thực hiện giải trình:

Bước 1: Chuẩn bị hồ sơ giải trình

Thu thập và sắp xếp đầy đủ chứng từ chứng minh chi phí hợp lý, bao gồm hóa đơn GTGT hợp pháp cho các khoản tiếp khách và mua sắm văn phòng phẩm. Hồ sơ cần thể hiện rõ tính chất đầu tư ban đầu, như hợp đồng thuê mặt bằng, biên bản tiếp khách với đối tác tiềm năng, và báo cáo tài chính nội bộ cho thấy doanh thu dự kiến tăng trong các quý sau.

Bước 2: Soạn thảo văn bản giải trình

Viết văn bản giải trình gửi cơ quan thuế quản lý trực tiếp (theo mẫu tại Phụ lục Thông tư 80/2021/TT-BTC), nêu rõ đặc thù doanh nghiệp mới: thời gian thành lập (chưa đầy một năm), chi phí cao do xây dựng nền tảng kinh doanh, và kế hoạch kinh doanh dự báo doanh thu tăng trưởng. Trích dẫn Điều 15 Luật Quản lý thuế 2019 để khẳng định tính minh bạch, tránh tình trạng kê khai khấu trừ khống.

Xem thêm: Một doanh nghiệp mới thành lập chưa phát sinh doanh thu nhưng đã có các khoản chi phí ban đầu như thuê văn phòng, mua phần mềm, trả lương thử việc, đến khi nộp tờ khai thuế bị yêu cầu giải trình, các khoản này có được khấu trừ không?

Bước 3: Nộp và theo dõi phản hồi

Nộp văn bản giải trình kèm hồ sơ qua hệ thống điện tử (iHTKK hoặc eTax) trước hoặc ngay khi cơ quan thuế yêu cầu, trong thời hạn 10 ngày làm việc theo Điều 47 Luật Quản lý thuế 2019. Theo dõi phản hồi qua tài khoản thuế điện tử; nếu cần, bổ sung thêm chứng từ để chứng minh không có dấu hiệu trốn thuế.

Ngoài ra, để giảm rủi ro lâu dài, doanh nghiệp nên duy trì tỷ lệ thuế đầu vào/đầu ra hợp lý bằng cách tối ưu hóa chi phí và tăng cường doanh thu, đồng thời thực hiện tự kiểm tra nội bộ định kỳ theo Thông tư 31/2021/TT-BTC.

Việc tuân thủ nghiêm ngặt các quy định về kê khai và giải trình không chỉ giúp doanh nghiệp tránh kiểm tra đột xuất mà còn xây dựng uy tín với cơ quan thuế, giảm thiểu rủi ro phạt hành chính từ 20% đến 100% số thuế gian lận (theo Điều 142 Luật Quản lý thuế 2019). Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công Ty Luật ACC.