Dạ anh/chị cho em hỏi, em có bán đồ ăn trên sàn shopee năm 2025 (bên foody họ cũng khấu trừ nộp thay rồi), nhưng doanh thu ít nên dưới ngưỡng nộp, em tưởng là khai thuế để quyết toán hoàn thuế nên có vào app eTax khai, thì bây giờ nó lại báo là em nợ thuế, thì giờ em làm thế nào để xóa hoặc gửi tra soát lại khoản mà đã bị khấu trừ ạ.

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công Ty Luật ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Phân tích tình huống và nguyên nhân báo nợ thuế

Trong trường hợp Anh/Chị bán đồ ăn trên sàn Shopee năm 2025, nền tảng như Foody (hoặc Shopee) có trách nhiệm khấu trừ và nộp thay thuế giá trị gia tăng (GTGT) và thuế thu nhập cá nhân (TNCN) cho cá nhân kinh doanh nếu doanh thu đạt ngưỡng theo quy định tại Điều 50 Luật Quản lý thuế 2019 và Thông tư 40/2021/TT-BTC. Tuy nhiên, nếu doanh thu dưới ngưỡng (dưới 100 triệu đồng/năm đối với hộ kinh doanh cá thể), Anh/Chị không bắt buộc nộp thuế nhưng vẫn có quyền kê khai để quyết toán và hoàn thuế từ khoản đã khấu trừ. Việc hệ thống eTax báo nợ thuế có thể do lỗi kê khai ban đầu, chẳng hạn như không khớp dữ liệu khấu trừ từ sàn TMĐT với tờ khai quyết toán, hoặc hệ thống tự động ghi nhận khoản khấu trừ chưa được đối chiếu đúng, dẫn đến tính toán dư nợ tạm thời. Theo Nghị định 117/2025/NĐ-CP, cơ quan thuế sẽ sử dụng dữ liệu điện tử từ sàn TMĐT để kiểm tra, và nếu có sai sót, cá nhân có quyền yêu cầu tra soát để điều chỉnh.

Quy trình tra soát và xóa khoản nợ thuế đã khấu trừ

Xem thêm: Tôi có đầu tư một căn hộ cho thuê và đã nộp thuế hộ kinh doanh theo phương pháp khoán hàng tháng tại UBND phường, tuy nhiên do tình hình kinh tế khó khăn nên khách thuê đã trả phòng từ giữa năm và căn hộ bỏ trống đến nay, tôi muốn hỏi là tôi có được làm thủ tục quyết toán lại để xin hoàn lại số tiền thuế đã đóng dư cho những tháng không có khách thuê không hay tiền thuế khoán là đã nộp là mất luôn không được hoàn trả dù thực tế không có thu nhập ạ?

Để xử lý khoản nợ thuế phát sinh do khấu trừ từ Foody/Shopee, Anh/Chị cần thực hiện tra soát và điều chỉnh quyết toán theo quy định tại Điều 47 Luật Quản lý thuế 2019 và Thông tư 40/2021/TT-BTC. Quy trình này giúp xác minh dữ liệu khấu trừ, tránh phạt chậm nộp (0,03%/ngày trên số tiền chậm nộp theo Điều 59 Luật Quản lý thuế 2019) và hoàn thuế nếu đủ điều kiện. Dưới đây là các bước cụ thể:

Bước 1: Kiểm tra và thu thập chứng từ khấu trừ

Anh/Chị truy cập tài khoản trên ứng dụng Shopee hoặc Foody để tải báo cáo khấu trừ thuế (thường là biên lai khấu trừ GTGT và TNCN hàng quý hoặc năm). Đồng thời, kiểm tra lịch sử kê khai trên eTax Mobile để xác định tờ khai quyết toán nào gây báo nợ. Nếu doanh thu dưới 100 triệu đồng, chứng từ này là cơ sở để chứng minh khoản khấu trừ vượt quá nghĩa vụ thuế thực tế, theo Thông tư 40/2021/TT-BTC. Quá trình này mất khoảng 1-2 ngày, giúp tránh nộp hồ sơ thiếu dẫn đến từ chối tra soát.

Bước 2: Nộp đơn yêu cầu tra soát qua eTax

Truy cập Cổng thông tin điện tử Tổng cục Thuế (etax.gov.vn) hoặc app eTax, chọn chức năng "Yêu cầu hỗ trợ" hoặc "Tra cứu nghĩa vụ thuế" để nộp đơn tra soát. Nội dung đơn cần nêu rõ mã số thuế, kỳ quyết toán năm 2025, số tiền khấu trừ từ Foody/Shopee (kèm chứng từ đính kèm dưới dạng file PDF), và lý do báo nợ (ví dụ: doanh thu dưới ngưỡng, yêu cầu hoàn thuế). Theo Nghị định 117/2025/NĐ-CP, đơn phải được nộp trong vòng 10 năm kể từ ngày hết hạn nộp tờ khai quyết toán. Hệ thống sẽ xác nhận nhận đơn ngay lập tức, và Anh/Chị nhận mã theo dõi để kiểm tra tiến độ.

Xem thêm: Tôi có một thắc mắc về thuế khi cho tặng xe ô tô giữa các thành viên trong gia đình, cụ thể là bố tôi muốn sang tên chiếc xe cũ cho tôi để tôi đi làm, vậy khi làm thủ tục đăng ký xe tôi có phải nộp thuế thu nhập cá nhân cho món quà tặng là chiếc xe này không vì giá trị của nó trên thị trường hiện nay vẫn còn khoảng hơn 500 triệu đồng, và nếu phải nộp thì căn cứ vào giá trị nào để tính thuế khi mà đây là xe đã qua sử dụng nhiều năm rồi ạ?

Bước 3: Theo dõi và nhận kết quả tra soát

Sau khi nộp, cơ quan thuế có 10-30 ngày làm việc để kiểm tra dữ liệu từ sàn TMĐT và đối chiếu với tờ khai của Anh/Chị, theo Điều 108 Luật Quản lý thuế 2019. Nếu xác nhận khoản khấu trừ đã nộp thay đúng, họ sẽ điều chỉnh xóa nợ và hoàn thuế (nếu dư) qua tài khoản ngân hàng đăng ký, với mức hoàn tối đa bằng số khấu trừ thừa (không giới hạn mức cụ thể nhưng phải chứng minh doanh thu thực tế). Nếu bị từ chối, Anh/Chị có quyền khiếu nại lần đầu trong 30 ngày theo Điều 114 Luật Quản lý thuế 2019. Trong quá trình này, tránh nộp thêm thuế để không làm phức tạp hồ sơ.

Hồ sơ cần chuẩn bị cho tra soát

• Bản sao báo cáo khấu trừ thuế từ Foody/Shopee (có chữ ký điện tử của nền tảng).
• Tờ khai quyết toán thuế GTGT và TNCN năm 2025 (mẫu 01/TNCN theo Thông tư 40/2021/TT-BTC).
• Giấy xác nhận doanh thu dưới ngưỡng (nếu có, từ sổ sách kế toán hoặc báo cáo sàn TMĐT).
• Đơn yêu cầu tra soát (mẫu tự do, ghi rõ thông tin cá nhân và mã số thuế).
• Chứng từ ngân hàng để nhận hoàn thuế (nếu áp dụng).

Việc tuân thủ quy trình này không chỉ giúp xóa nợ thuế mà còn đảm bảo quyền lợi hoàn thuế, tránh rủi ro phạt hành chính từ 2.000.000 đồng đến 25.000.000 đồng nếu chậm điều chỉnh theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP (sửa đổi, bổ sung). Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công Ty Luật ACC.