Gia đình tôi có một trang trại chăn nuôi quy mô lớn và đã đăng ký thành lập doanh nghiệp nông nghiệp, nghe nói hàng hóa nông sản chưa qua chế biến khi bán cho doanh nghiệp khác thì không phải kê khai tính thuế GTGT ở khâu thương mại, vậy nếu tôi bán trực tiếp cho các hộ kinh doanh cá thể hoặc người tiêu dùng cuối cùng thì tôi có phải xuất hóa đơn 5% hay vẫn được miễn thuế giống như bán cho doanh nghiệp ạ?

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công Ty Luật ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Quy định về thuế GTGT đối với sản phẩm nông sản chưa qua chế biến

Hệ thống pháp luật thuế giá trị gia tăng phân định nghĩa vụ thuế đối với mặt hàng nông sản chưa qua chế biến dựa trên tư cách pháp lý của bên mua hàng ở khâu thương mại.

• Cơ sở pháp lý điều chỉnh: Áp dụng theo quy định tại Điều 5 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024
• Cơ chế áp dụng khâu thương mại: Do doanh nghiệp nộp thuế theo phương pháp khấu trừ bán sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường cho doanh nghiệp, hợp tác xã ở khâu kinh doanh thương mại thì thuộc diện không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT.Nhưng nếu doanh nghiệp bán các sản phẩm này cho hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh hoặc các tổ chức, cá nhân khác (người tiêu dùng cuối cùng) thì phải kê khai, nộp thuế GTGT theo mức thuế suất 5% theo quy định tại Khoản 5 Điều 5 và Điều 10 Thông tư 219/2013/TT-BTC.

Trách nhiệm xuất hóa đơn khi bán cho hộ kinh doanh và người tiêu dùng cuối cùng

Mọi hành vi chuyển giao quyền sở hữu hàng hóa của doanh nghiệp ra thị trường đều phải được ghi nhận bằng công cụ quản lý hóa đơn điện tử hợp pháp.

• Nghĩa vụ lập hóa đơn bắt buộc: Căn cứ quy định tại Điều 4 và Điều 9 Nghị định 123/2020/NĐ-CP, khi bán nông sản cho hộ kinh doanh hay người tiêu dùng cuối cùng, doanh nghiệp bắt buộc phải lập hóa đơn điện tử giá trị gia tăng để giao cho người mua. Quy định này áp dụng cho mọi giao dịch, không phân biệt giá trị lớn hay nhỏ và không phụ thuộc vào việc khách hàng cá nhân có yêu cầu lấy hóa đơn hay không.
• Phương pháp thể hiện trên hóa đơn: Doanh nghiệp sử dụng mẫu hóa đơn GTGT (không được dùng hóa đơn bán hàng thông thường của phương pháp trực tiếp). Khi bán cho hộ kinh doanh và người tiêu dùng cá nhân,dòng thuế suất trên hóa đơn phải ghi rõ là 5%, dòng tiền thuế GTGT và tổng giá trị thanh toán phải được tính toán, hiển thị đầy đủ theo đúng biểu thuế suất quy định năm 2026.

Hướng dẫn 4 bước xuất hóa đơn điện tử nông sản quy chuẩn năm 2026

Trình tự khởi tạo và truyền dữ liệu hóa đơn điện tử lên hệ thống Tổng cục Thuế được thực hiện theo quy trình kỹ thuật sau:

Bước 1: Khởi tạo thông tin người mua và phân loại đối tượng khách hàng Khi phát sinh giao dịch bán nông sản tại kho hoặc qua hệ thống phân phối, bộ phận kế toán phải thu thập thông tin của bên mua để nhập liệu vào phần mềm hóa đơn điện tử. Đối với người mua là hộ kinh doanh, kế toán yêu cầu cung cấp tên hộ kinh doanh, mã số thuế và địa chỉ theo Giấy chứng nhận đăng ký hộ kinh doanh năm 2026. Đối với khách hàng là người tiêu dùng cuối cùng không lấy hóa đơn, kế toán thực hiện lập hóa đơn riêng cho từng lần bán hoặc lập bảng kê chi tiết và xuất một hóa đơn tổng vào cuối ngày, tại mục tên người mua ghi rõ "Khách hàng không lấy hóa đơn" để hệ thống ghi nhận doanh thu.

Bước 2: Lập nội dung hàng hóa và áp mức thuế suất chính xác Kế toán tiến hành nhập danh mục sản phẩm nông sản thực tế xuất kho (ví dụ: thịt gia súc, gia cầm, thủy sản tươi sống) vào lưới dữ liệu của phần mềm. Tại bước này,người lập hóa đơn phải kiểm tra kỹ tình trạng sản phẩm để đảm bảo hàng hóa mới chỉ qua sơ chế thông thường (làm sạch, phơi khô, cấp đông) chứ chưa qua chế biến sâu thành sản phẩm khác. Tiếp theo, kế toán lựa chọn mức thuế suất 5% đối với các hóa đơn xuất cho hộ kinh doanh, cá nhân tiêu dùng, hoặc chọn trạng thái "Không phải kê khai, tính nộp thuế" nếu đối tượng khách hàng là doanh nghiệp, hợp tác xã theo đúng quy chuẩn phân loại của Thông tư 219/2013/TT-BTC.

Bước 3: Ký số và truyền dữ liệu hóa đơn lên hệ thống Tổng cục Thuế Sau khi kiểm tra toàn bộ các chỉ tiêu về số lượng, đơn giá, tiền thuế 5% và tổng số tiền thanh toán, kế toán kắm mã chữ ký số (USB Token hoặc chữ ký số HSM) của doanh nghiệp vào thiết bị để thực hiện lệnh ký điện tử. Hóa đơn sau khi ký số thành công sẽ được phần mềm tự động truyền trực tiếp lên hệ thống mạng tập trung của cơ quan thuế quản lý địa phương để nhận mã xác thực năm 2026. Khi cơ quan thuế cấp mã thành công, hóa đơn mới chính thức có giá trị pháp lý để giao cho hộ kinh doanh làm căn cứ tính chi phí được trừ hoặc lưu kho kiểm tra của doanh nghiệp.

Bước 4: Đồng bộ hóa hồ sơ kế toán và lưu trữ dữ liệu an toàn Hóa đơn điện tử sau khi được cơ quan thuế cấp mã bắt buộc phải được xuất định dạng tệp dữ liệu XML (chứa toàn bộ dữ liệu hóa đơn) và tệp PDF (bản hiển thị trực quan) để gửi cho khách hàng qua email hoặc tin nhắn SMS. Bộ phận tài chính thực hiện lưu trữ các tệp dữ liệu này trên hệ thống máy chủ của doanh nghiệp hoặc các nền tảng lưu trữ điện tử đám mây trong thời hạn tối thiểu 10 năm theo quy định của Luật Quản lý thuế 2019. Việc lưu trữ đầy đủ cả hai định dạng tệp là điều kiện bắt buộc để doanh nghiệp phục vụ công tác đối chiếu, giải trình số liệu doanh thu khi cơ quan thuế tiến hành thanh tra định kỳ.

Danh mục hồ sơ lưu trữ bắt buộc

• Bản gốc tệp dữ liệu điện tử định dạng XML của toàn bộ hóa đơn GTGT thuế suất 5% và hóa đơn không phải kê khai nộp thuế.
• Phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội bộ hoặc phiếu xuất kho bán hàng tương ứng với từng sê-ri hóa đơn.
• Biên bản giao nhận hàng hóa kẹp cùng chứng từ thanh toán ngân hàng (đối với giao dịch từ 20 triệu đồng trở lên).
• Bảng kê chi tiết các mặt hàng nông sản bán lẻ cho người tiêu dùng cuối cùng trong ngày (nếu có).

Việc tuân thủ đúng quy định về miễn thuế GTGT giúp doanh nghiệp giảm gánh nặng tài chính, tránh rủi ro bị truy thu thuế và phạt hành chính, đồng thời đảm bảo tính minh bạch trong hoạt động kinh doanh. Đồng thời, điều này góp phần hỗ trợ phát triển bền vững ngành nông nghiệp. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công Ty Luật ACC.