Doanh nghiệp tôi có khoản thu từ việc bán phế liệu phát sinh trong quá trình sản xuất nhưng trước giờ không xuất hóa đơn, khi bị kiểm tra thuế thì khoản thu này sẽ bị xử lý và truy thu theo cách nào?

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công ty Luật ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

1. Cơ sở pháp lý và nghĩa vụ thuế đối với doanh thu bán phế liệu

Theo quy định tại Luật Thuế giá trị gia tăng 2024, phế liệu thu hồi từ quá trình sản xuất được xác định là hàng hóa chịu thuế GTGT. Tùy thuộc vào bản chất phế liệu (kim loại, nhựa, giấy…), doanh nghiệp phải áp dụng mức thuế suất tương ứng (thường là 10% hoặc 5% đối với một số loại phế liệu kim loại màu).

Mọi giao dịch bán phế liệu, dù giá trị nhỏ hay bán cho cá nhân thu mua nhỏ lẻ, đều phải thực hiện xuất hóa đơn điện tử theo Nghị định 123/2020/NĐ-CP. Khoản thu này đồng thời được ghi nhận vào thu nhập khác khi tính thuế Thu nhập doanh nghiệp (TNDN) theo Luật Quản lý thuế 2019. Nếu doanh nghiệp hạch toán giảm trừ trực tiếp vào giá vốn mà không xuất hóa đơn, cơ quan thuế sẽ xác định đây là hành vi bỏ ngoài sổ sách doanh thu để trốn thuế.

2. Hệ quả pháp lý khi bị kiểm tra thuế và phát hiện vi phạm

Khi đoàn kiểm tra thuế đối soát sổ sách kho và phát hiện lượng phế liệu thực tế xuất bán chênh lệch so với hóa đơn đã xuất, doanh nghiệp sẽ phải đối mặt với các chế tài theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP:

• Truy thu thuế và tiền chậm nộp: Cơ quan thuế sẽ ấn định doanh thu và truy thu đủ số thuế GTGT, thuế TNDN còn thiếu. Kèm theo đó là tiền chậm nộp tính theo mức 0,03%/ngày trên số tiền thuế khai thiếu theo Điều 59 Luật Quản lý thuế 2019.
• Xử phạt hành chính về hóa đơn: Phạt từ 4.000.000 VNĐ đến 8.000.000 VNĐ đối với hành vi không lập hóa đơn khi bán hàng hóa, dịch vụ cho người mua theo quy định.
• Xử phạt hành vi trốn thuế: Nếu cơ quan thuế chứng minh được doanh nghiệp cố ý không kê khai để giảm số thuế phải nộp, mức phạt sẽ từ 1 đến 3 lần số thuế trốn (phổ biến nhất là phạt 1 lần thuế đối với vi phạm lần đầu và có tình tiết giảm nhẹ).

3. Quy trình xử lý khi có quyết định kiểm tra thuế tại trụ sở

Để giảm thiểu rủi ro bị áp mức phạt cao nhất, doanh nghiệp cần thực hiện quy trình phối hợp theo các bước sau:

Bước 1: Chuẩn bị hồ sơ và giải trình dữ liệu kho Ngay khi nhận thông báo kiểm tra theo Điều 111 Luật Quản lý thuế 2019, doanh nghiệp cần rà soát lại sổ chi tiết vật tư, biên bản nhập kho phế liệu và các chứng từ chi phí liên quan.Anh/Chị nên chủ động lập bảng kê các khoản thu từ phế liệu chưa xuất hóa đơn để giải trình về tính tự giác khắc phục.Việc chuẩn bị sẵn định mức hao hụt kỹ thuật sẽ giúp doanh nghiệp chứng minh lượng phế liệu phát sinh là hợp lý,tránh bị ấn định doanh thu quá cao so với thực tế sản xuất.

Bước 2: Lập biên bản xác nhận sai sót và đối chiếu số liệu Trong quá trình kiểm tra trực tiếp, cán bộ thuế sẽ lập biên bản ghi nhận hành vi không xuất hóa đơn theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP. Doanh nghiệp cần kiểm tra kỹ số liệu doanh thu phế liệu bị áp thuế GTGT trong biên bản để đảm bảo không bị trùng lặp hoặc tính sai thuế suất. Nếu có tình tiết giảm nhẹ như: vi phạm lần đầu, đã nộp tiền thuế vào ngân sách ngay trong quá trình kiểm tra, Anh/Chị phải yêu cầu ghi nhận vào biên bản để làm căn cứ giảm mức phạt tiền sau này.

Bước 3: Thực hiện quyết định xử lý và nộp phạt trực tuyến Căn cứ quyết định xử phạt chính thức từ cơ quan thuế,doanh nghiệp thực hiện nộp tiền truy thu và tiền phạt qua hệ thống eTax. Sau khi nộp, Anh/Chị cần thực hiện bút toán điều chỉnh sổ sách kế toán năm 2026, ghi nhận doanh thu khác và các khoản phạt hành chính (lưu ý tiền phạt không được tính vào chi phí hợp lý khi tính thuế TNDN). Cuối cùng, doanh nghiệp cần chấn chỉnh quy trình xuất hóa đơn điện tử cho mọi lô hàng phế liệu xuất kho từ thời điểm này để đảm bảo tuân thủ Nghị định 123/2020/NĐ-CP.

Việc tuân thủ xuất hóa đơn và kê khai đầy đủ giúp doanh nghiệp tránh rủi ro truy thu, phạt nặng và duy trì uy tín kinh doanh. Đồng thời, giảm thiểu chi phí pháp lý phát sinh từ kiểm tra thuế. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công ty Luật ACC.