Một trường hợp cụ thể là công ty em bị ấn định thuế do không giải trình được chênh lệch doanh thu theo dữ liệu ngân hàng, vậy sau khi nộp đủ số thuế bị ấn định có quyền khiếu nại quyết định đó không ạ?

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công ty Luật ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

1. Quyền khiếu nại và cơ sở pháp lý về ấn định thuế

Theo quy định tại Luật Quản lý thuế 2019, doanh nghiệp có quyền khiếu nại các quyết định hành chính về thuế khi có căn cứ cho rằng quyết định đó xâm phạm đến quyền và lợi ích hợp pháp của mình.

• Hiệu lực của việc đã nộp thuế: Việc công ty đã nộp đủ số thuế theo quyết định ấn định không làm mất đi quyền khiếu nại. Thực tế, đây là hành động tích cực giúp doanh nghiệp dừng việc tính tiền chậm nộp 0,03%/ngày.
• Xử lý hậu quả: Căn cứ Luật Khiếu nại 2011, nếu kết quả khiếu nại cho thấy quyết định ấn định thuế là sai, cơ quan thuế phải hoàn trả số tiền thuế, tiền phạt đã thu thừa và trả tiền lãi chậm hoàn cho doanh nghiệp theo quy định tại Luật Quản lý thuế 2019.

2. Thời hạn và điều kiện thực hiện khiếu nại

Để hồ sơ khiếu nại được thụ lý trong năm 2026, Anh/Chị cần lưu ý các điều kiện tiên quyết sau:

• Thời hạn: Anh/Chị phải gửi đơn khiếu nại trong vòng 90 ngày kể từ ngày nhận được quyết định ấn định thuế.Nếu quá thời hạn này mà không có lý do bất khả kháng, quyền khiếu nại sẽ bị từ chối theo Luật Khiếu nại 2011.
• Hồ sơ chứng minh: Doanh nghiệp cần cung cấp các bằng chứng đối soát dòng tiền ngân hàng với doanh thu thực tế. Việc giải trình chênh lệch dựa trên Thông tư 80/2021/TT-BTC về hồ sơ thuế sẽ là chìa khóa để cơ quan thuế xem xét lại tính chính xác của con số ấn định ban đầu.

3. Quy trình khiếu nại quyết định ấn định thuế năm 2026

Dưới đây là trình tự các bước thực hiện để đảm bảo hồ sơ của Anh/Chị được giải quyết một cách chuyên nghiệp và đúng pháp luật:

Bước 1: Chuẩn bị hồ sơ và gửi đơn khiếu nại lần đầu Doanh nghiệp thực hiện soạn thảo đơn khiếu nại nêu rõ các điểm bất hợp lý trong quyết định ấn định thuế, đặc biệt là phần đối chiếu dòng tiền qua ngân hàng mà cơ quan thuế chưa chấp nhận. Việc nộp đơn nên được thực hiện qua đường bưu điện có bảo đảm hoặc nộp trực tiếp tại Chi cục Thuế ra quyết định để lấy biên nhận, làm căn cứ xác định thời gian nộp trong hạn 90 ngày. Các tài liệu đính kèm phải được sắp xếp khoa học bao gồm:

• Đơn khiếu nại theo mẫu quy định tại Nghị định 126/2020/NĐ-CP.
• Bản sao quyết định ấn định thuế và biên lai đã nộp tiền thuế vào Ngân sách.
• Bảng đối chiếu chi tiết giữa sao kê ngân hàng và hóa đơn, chứng từ doanh thu đã kê khai.
• Các văn bản giải trình bổ sung về các khoản thu hộ, chi hộ hoặc tiền vay mượn qua tài khoản.

Bước 2: Phối hợp xác minh và chờ kết quả giải quyết lần đầu Sau khi thụ lý, cơ quan thuế sẽ tiến hành kiểm tra,đối soát lại các chứng từ mà Anh/Chị đã cung cấp so với dữ liệu mà họ thu thập được từ phía ngân hàng để đánh giá tính trung thực của hồ sơ. Trong thời hạn từ 30 đến 45 ngày theo Luật Khiếu nại 2011, người ra quyết định (thường là Chi cục trưởng) phải ban hành quyết định giải quyết khiếu nại bằng văn bản chính thức gửi cho doanh nghiệp.Anh/Chị nên cử nhân sự kế toán am hiểu về dòng tiền để tham gia các buổi đối thoại hoặc xác minh tại trụ sở cơ quan thuế, nhằm làm rõ các nghiệp vụ kinh tế phát sinh đã được ghi nhận trên sổ sách kế toán theo quy định của Luật Quản lý thuế 2019.

Bước 3: Thực hiện khiếu nại lần hai hoặc khởi kiện hành chính Nếu không đồng ý với nội dung giải quyết lần đầu, doanh nghiệp có quyền khiếu nại lên cấp trên trực tiếp (thường là Cục trưởng Cục Thuế) trong vòng 30 ngày hoặc khởi kiện trực tiếp tại Tòa án nhân dân theo Luật Tố tụng hành chính 2015. Ở giai đoạn này, tính pháp lý của hồ sơ cần được thắt chặt hơn bằng cách viện dẫn các quy định về chi phí được trừ và doanh thu tính thuế tại các văn bản hướng dẫn như Thông tư 96/2015/TT-BTC. Việc leo thang khiếu nại là cần thiết nếu doanh nghiệp có bằng chứng vững chắc rằng dòng tiền qua ngân hàng không phải là doanh thu chịu thuế, giúp tránh thất thoát tài chính lớn do các quyết định áp đặt thiếu căn cứ thực tế.

Bước 4: Theo dõi việc hoàn trả thuế và tiền lãi (nếu thắng kiện) Trường hợp kết quả khiếu nại xác định số thuế ấn định là sai, doanh nghiệp thực hiện thủ tục hoàn trả số tiền thuế và tiền phạt đã nộp thừa theo hướng dẫn tại Nghị định 126/2020/NĐ-CP. Cơ quan thuế có trách nhiệm thực hiện lệnh hoàn thuế và chi trả thêm tiền lãi phát sinh tính theo mức 0,03%/ngày trên số tiền nộp thừa kể từ ngày doanh nghiệp nộp tiền vào kho bạc nhà nước đến ngày có quyết định hoàn trả. Anh/Chị cần bám sát tiến độ tại bộ phận Kê khai và Kế toán thuế để đảm bảo dòng tiền được trả về tài khoản doanh nghiệp trong thời hạn 10 ngày làm việc kể từ khi có quyết định giải quyết có lợi, hoàn tất chu trình bảo vệ quyền lợi thuế năm 2026.

Việc tuân thủ quy trình khiếu nại không chỉ giúp doanh nghiệp giảm thiểu rủi ro tài chính từ quyết định ấn định thuế sai mà còn góp phần nâng cao hiệu quả quản lý thuế, tránh các tranh chấp kéo dài. Đồng thời, điều này khuyến khích doanh nghiệp duy trì sổ sách kế toán chính xác để dễ dàng giải trình dữ liệu ngân hàng trong tương lai. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công ty Luật ACC.