Một dự án đầu tư được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp 10% trong 15 năm vì thuộc lĩnh vực công nghệ cao, nhưng giữa chừng công ty bổ sung thêm ngành nghề kinh doanh thương mại không thuộc diện ưu đãi, kế toán đang bối rối không biết phải hạch toán tách riêng thu nhập của từng hoạt động để áp dụng mức thuế suất khác nhau hay toàn bộ thu nhập sẽ bị áp chung một mức, và nếu không tách riêng được thì cơ quan thuế sẽ xử lý như thế nào khi quyết toán?

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công Ty Luật ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Yêu cầu hạch toán tách riêng thu nhập từ các hoạt động kinh doanh

Theo quy định tại Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2025 (Luật Thuế TNDN 2025), doanh nghiệp được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) với mức thuế suất 10% trong 15 năm đối với dự án thuộc lĩnh vực công nghệ cao phải xác định và hạch toán riêng thu nhập phát sinh từ hoạt động được ưu đãi so với thu nhập từ các hoạt động khác. Cụ thể, Điều 13 Luật Thuế TNDN 2025 quy định rằng thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ thuộc diện ưu đãi (như công nghệ cao) sẽ được áp dụng mức thuế suất ưu đãi riêng biệt, trong khi thu nhập từ hoạt động thương mại bổ sung (không thuộc diện ưu đãi) phải chịu mức thuế suất thông thường là 20%.

Xem thêm: Em có thắc mắc là trường hợp cá nhân được thừa kế cổ phần trong một công ty gia đình nhưng công ty đó đang trong tình trạng nợ thuế và bị đóng mã số thuế, vậy khi em làm thủ tục nhận thừa kế và đăng ký thay đổi cổ đông thì em có phải chịu trách nhiệm nộp thay phần thuế nợ của công ty trước khi được thực hiện quyền quyết toán thuế cá nhân cho số cổ phần đó không, và nếu em không có tiền nộp thuế thay thì quyền sở hữu của em có bị pháp luật công nhận không ạ?

Nghị định 320/2025/NĐ-CP hướng dẫn thi hành Luật Thuế TNDN 2025 tại Điều 15 quy định rõ doanh nghiệp có trách nhiệm phân bổ thu nhập dựa trên nguyên tắc hợp lý, có cơ sở dữ liệu kế toán đáng tin cậy, chẳng hạn như phân loại doanh thu theo mã ngành nghề kinh doanh đăng ký và theo dõi chi phí liên quan đến từng hoạt động. Kế toán cần sử dụng hệ thống sổ sách kế toán song song hoặc phần mềm kế toán để tách biệt doanh thu, chi phí và lợi nhuận từ dự án công nghệ cao (áp dụng 10%) so với hoạt động thương mại (áp dụng 20%). Nếu doanh nghiệp không thể tách biệt rõ ràng do tính chất hoạt động chồng chéo, phải áp dụng phương pháp phân bổ tỷ lệ dựa trên doanh thu hoặc tài sản, đảm bảo tính minh bạch và có thể kiểm toán độc lập để chứng minh.

Thông tư 20/2026/TT-BTC của Bộ Tài chính tại Điều 8 bổ sung hướng dẫn chi tiết về việc lập báo cáo quyết toán thuế, yêu cầu doanh nghiệp kê khai riêng thu nhập chịu thuế ưu đãi trên Tờ khai quyết toán thuế TNDN (mẫu 03/TNDN) và đính kèm bảng phân bổ thu nhập. Việc không tách riêng có thể dẫn đến sai sót trong kê khai, ảnh hưởng đến quyền hưởng ưu đãi.

Xử lý của cơ quan thuế khi quyết toán nếu không tách riêng được thu nhập

Khi quyết toán thuế TNDN hàng năm, cơ quan thuế sẽ kiểm tra tính chính xác của việc phân bổ thu nhập dựa trên hồ sơ kế toán và báo cáo tài chính của doanh nghiệp. Theo Điều 19 Nghị định 320/2025/NĐ-CP, nếu doanh nghiệp không hạch toán tách riêng hoặc không chứng minh được cơ sở phân bổ hợp lý, cơ quan thuế có quyền từ chối áp dụng ưu đãi thuế cho toàn bộ thu nhập của dự án, dẫn đến việc áp dụng mức thuế suất 20% cho tất cả thu nhập phát sinh trong kỳ, đồng thời truy thu số thuế thiếu kèm lãi chậm nộp theo mức 0,03%/ngày trên số tiền chậm nộp (theo Điều 34 Luật Quản lý thuế 2019, vẫn hiệu lực áp dụng).

Xem thêm: Tôi đang làm việc cho một tổ chức phi chính phủ của nước ngoài tại Việt Nam và thu nhập của tôi được chi trả từ nguồn viện trợ không hoàn lại, tôi nghe nói thu nhập từ nguồn này được miễn thuế thu nhập cá nhân, vậy hàng năm tôi có cần phải làm tờ khai quyết toán thuế xác nhận mức thu nhập "không chịu thuế" này để phục vụ việc chứng minh thu nhập khi đi xin visa nước ngoài hay chỉ cần thư xác nhận của tổ chức đó là đủ hiệu lực pháp lý rồi ạ?

Ngoài ra, Thông tư 20/2026/TT-BTC tại Điều 12 quy định mức xử phạt hành chính đối với hành vi kê khai sai hoặc không tách biệt thu nhập chịu thuế ưu đãi, từ 20% đến 100% số thuế kê khai sai, với mức phạt cụ thể từ 2.000.000 đồng đến 100.000.000 đồng tùy theo mức độ vi phạm (theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực thuế, vẫn áp dụng bổ sung). Trong trường hợp nghiêm trọng, cơ quan thuế có thể yêu cầu kiểm tra sau quyết toán hoặc thanh tra toàn diện, dẫn đến điều chỉnh lại toàn bộ hồ sơ thuế trong vòng 10 năm kể từ kỳ quyết toán (Điều 110 Luật Quản lý thuế 2019). Để tránh rủi ro, doanh nghiệp nên tham khảo ý kiến cơ quan thuế địa phương trước khi bổ sung ngành nghề và cập nhật hệ thống kế toán kịp thời.

Việc tuân thủ hạch toán tách riêng không chỉ giúp doanh nghiệp tối ưu hóa chi phí thuế mà còn tránh các rủi ro pháp lý, đảm bảo dòng tiền ổn định cho hoạt động kinh doanh. Đồng thời, điều này góp phần nâng cao uy tín và khả năng tiếp cận các ưu đãi đầu tư khác từ Nhà nước. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công Ty Luật ACC.