Các trường hợp hoàn thuế xuất nhập khẩu theo quy định mới

Các trường hợp hoàn thuế xuất nhập khẩu đóng vai trò quan trọng trong việc hỗ trợ doanh nghiệp giảm gánh nặng tài chính, đặc biệt trong hoạt động thương mại quốc tế ngày càng sôi động. Với các quy định mới được cập nhật, việc nắm bắt kịp thời giúp tránh sai sót và tối ưu hóa lợi ích kinh tế. Cùng Công ty Luật ACC khám phá chi tiết để áp dụng hiệu quả.

1. Các trường hợp hoàn thuế xuất nhập khẩu theo quy định mới

Trong bối cảnh kinh tế số và hội nhập sâu rộng, các trường hợp hoàn thuế xuất nhập khẩu được quy định chi tiết nhằm khuyến khích xuất khẩu và bảo vệ quyền lợi doanh nghiệp.

Theo Nghị định 134/2016/NĐ-CP được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định 18/2021/NĐ-CP, hoàn thuế xuất nhập khẩu áp dụng cho hàng hóa xuất khẩu đã nộp thuế nhập khẩu nhưng sau đó được xuất khẩu lại, hoặc hàng hóa nhập khẩu tạm thời để gia công rồi xuất khẩu. Cụ thể, một trường hợp phổ biến là hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với hàng hóa xuất khẩu, bao gồm cả hàng hóa nhập khẩu nguyên trạng rồi xuất khẩu trở lại, miễn là đáp ứng điều kiện về chứng từ và thời hạn.

Nghị định 181/2025/NĐ-CP bổ sung quy định rằng một số trường hợp xuất khẩu hàng hóa sẽ không được hoàn thuế GTGT, chẳng hạn như hàng hóa nhập khẩu để sử dụng nội địa sau đó xuất khẩu mà không có chứng từ hợp lệ. Ngoài ra, Nghị định 70/2025/NĐ-CP sửa đổi quy định về hóa đơn, chứng từ, yêu cầu doanh nghiệp phải có hóa đơn điện tử đầy đủ để chứng minh nguồn gốc hàng hóa.

Những thay đổi này nhằm tăng tính minh bạch và chống lạm dụng, giúp doanh nghiệp dễ dàng hơn trong việc hoàn tất thủ tục. Ví dụ, đối với hàng hóa xuất khẩu gia công, doanh nghiệp có thể hoàn thuế nếu chứng minh được giá trị gia tăng tạo ra tại Việt Nam. Tổng thể, các trường hợp hoàn thuế xuất nhập khẩu theo quy định mới tập trung vào việc hỗ trợ xuất khẩu thực chất, loại trừ các giao dịch giả mạo, từ đó thúc đẩy nền kinh tế bền vững.

>> Đọc thêm: Hướng dẫn thủ tục hoàn thuế TNCN cho công ty, doanh nghiệp

2. Điều kiện để được áp dụng hoàn thuế xuất nhập khẩu

Để đủ điều kiện hoàn thuế, doanh nghiệp cần đáp ứng các yêu cầu nghiêm ngặt theo quy định pháp luật, đảm bảo tính hợp pháp và minh bạch của giao dịch. Trước hết, hàng hóa phải thuộc diện chịu thuế xuất nhập khẩu và đã nộp thuế đầy đủ tại khâu nhập khẩu, sau đó được xuất khẩu trong thời hạn quy định, thường không quá 12 tháng kể từ ngày thông quan nhập khẩu theo Nghị định 134/2016/NĐ-CP sửa đổi bởi Nghị định 18/2021/NĐ-CP.

Thứ hai, đối với hoàn thuế GTGT, hàng hóa xuất khẩu phải có hợp đồng ngoại thương hợp lệ, chứng từ thanh toán qua ngân hàng và hóa đơn GTGT phù hợp, như được hướng dẫn tại Nghị định 181/2025/NĐ-CP. Đặc biệt, trường hợp hàng hóa nhập khẩu nguyên trạng xuất khẩu lại chỉ được hoàn nếu không sử dụng cho mục đích nội địa và có giấy chứng nhận xuất xứ rõ ràng.

Nghị định 70/2025/NĐ-CP nhấn mạnh vai trò của hóa đơn điện tử, yêu cầu chúng phải được lưu trữ và truyền dữ liệu trực tiếp đến cơ quan thuế để kiểm tra. Doanh nghiệp cũng cần chứng minh không có tranh chấp hoặc khiếu nại liên quan đến lô hàng, đồng thời duy trì sổ sách kế toán chuẩn mực.

Những điều kiện này không chỉ giúp tránh rủi ro bị từ chối hoàn thuế mà còn hỗ trợ doanh nghiệp trong việc lập kế hoạch tài chính dài hạn. Trong thực tế, nhiều doanh nghiệp xuất khẩu lớn đã tận dụng thành công các quy định này để giảm chi phí lên đến 10-15% giá trị lô hàng, góp phần nâng cao năng lực cạnh tranh trên thị trường quốc tế.

>> Đọc thêm: Dịch vụ hoàn thuế thu nhập cá nhân chuyên nghiệp, giá rẻ

3. Hồ sơ cần chuẩn bị cho thủ tục hoàn thuế xuất nhập khẩu

Việc chuẩn bị hồ sơ là bước then chốt để đảm bảo thủ tục hoàn thuế diễn ra suôn sẻ, tránh tình trạng chậm trễ hoặc bị bác bỏ. Theo Nghị định 134/2016/NĐ-CP và sửa đổi tại Nghị định 18/2021/NĐ-CP, hồ sơ hoàn thuế xuất nhập khẩu bao gồm các tài liệu cơ bản sau:

• Tờ khai hải quan nhập khẩu và xuất khẩu gốc, chứng minh lô hàng đã thông quan hợp pháp.
• Hóa đơn GTGT và chứng từ nộp thuế liên quan, đặc biệt là hóa đơn điện tử theo Nghị định 70/2025/NĐ-CP.
• Hợp đồng ngoại thương, biên bản giao nhận hàng hóa và giấy chứng nhận xuất xứ (C/O) nếu áp dụng.
• Giấy xác nhận của ngân hàng về thanh toán quốc tế, chứng minh giá trị giao dịch.
• Báo cáo quyết toán hàng hóa xuất khẩu, nêu rõ số lượng, giá trị và lý do hoàn thuế.

Ngoài ra, đối với hoàn thuế GTGT theo Nghị định 181/2025/NĐ-CP, doanh nghiệp cần bổ sung biên bản kiểm kê hàng hóa và cam kết không sử dụng nội địa. Hồ sơ phải được nộp đầy đủ, chính xác, với các bản sao công chứng nếu yêu cầu, và lưu trữ ít nhất 10 năm để phục vụ kiểm tra sau.

Trong bối cảnh số hóa, nhiều cơ quan hải quan đã chấp nhận nộp hồ sơ điện tử qua cổng thông tin một cửa quốc gia, giúp rút ngắn thời gian xử lý từ 30 ngày xuống còn 15 ngày. Doanh nghiệp nên kiểm tra kỹ lưỡng để tránh sai sót, vì bất kỳ thiếu sót nào cũng có thể dẫn đến phạt hành chính hoặc mất quyền lợi hoàn thuế.

4. Quy trình thực hiện hoàn thuế xuất nhập khẩu

Quy trình hoàn thuế xuất nhập khẩu được thiết kế logic, giúp doanh nghiệp dễ dàng tuân thủ theo các văn bản pháp luật liên quan. Dưới đây là các bước cụ thể:

Bước 1: Kiểm tra điều kiện và chuẩn bị hồ sơ

Doanh nghiệp cần rà soát xem lô hàng có thuộc các trường hợp hoàn thuế xuất nhập khẩu theo Nghị định 134/2016/NĐ-CP và sửa đổi không, đồng thời thu thập đầy đủ hồ sơ như tờ khai hải quan, hóa đơn GTGT. Việc này thường mất 5-7 ngày, yêu cầu phối hợp với bộ phận kế toán và hải quan để xác nhận tính hợp lệ. Nếu phát hiện thiếu sót, cần bổ sung ngay để tránh gián đoạn. Bước này là nền tảng, giúp giảm rủi ro từ chối sau này.

Bước 2: Nộp hồ sơ tại cơ quan thuế hoặc hải quan

Sau khi hoàn tất hồ sơ, doanh nghiệp nộp trực tiếp hoặc qua cổng điện tử tại Chi cục Thuế hoặc Tổng cục Hải quan, kèm theo đơn đề nghị hoàn thuế theo mẫu quy định tại Nghị định 18/2021/NĐ-CP. Thời hạn nộp là trong vòng 60 ngày kể từ ngày xuất khẩu. Cơ quan sẽ kiểm tra sơ bộ trong 3-5 ngày làm việc, yêu cầu bổ sung nếu cần. Việc sử dụng hóa đơn điện tử theo Nghị định 70/2025/NĐ-CP sẽ đẩy nhanh quá trình xác thực dữ liệu.

Bước 3: Xử lý và quyết định hoàn thuế

Cơ quan thuế sẽ thẩm định hồ sơ trong thời hạn 40 ngày, kiểm tra thực tế hàng hóa nếu nghi ngờ theo Nghị định 181/2025/NĐ-CP. Nếu đủ điều kiện, quyết định hoàn thuế sẽ được ban hành, và số tiền được chuyển khoản về tài khoản doanh nghiệp trong 10 ngày. Trường hợp từ chối, doanh nghiệp có quyền khiếu nại theo quy trình hành chính. Toàn bộ quy trình này đảm bảo tính công bằng, giúp doanh nghiệp nhận lại khoản tiền kịp thời để tái đầu tư.

Bước 4: Theo dõi và lưu trữ kết quả

Sau khi nhận hoàn thuế, doanh nghiệp cần lưu trữ toàn bộ tài liệu và báo cáo kết quả vào sổ sách kế toán. Nếu có thay đổi sau này, như kiểm tra bổ sung, phải cung cấp kịp thời. Bước này giúp duy trì uy tín với cơ quan nhà nước và hỗ trợ cho các lần hoàn thuế tiếp theo.

5. Câu hỏi thường gặp

Hoàn thuế xuất nhập khẩu áp dụng cho hàng hóa gia công như thế nào?

Theo Nghị định 134/2016/NĐ-CP sửa đổi bởi Nghị định 18/2021/NĐ-CP, hàng hóa nhập khẩu để gia công rồi xuất khẩu được hoàn thuế nếu chứng minh được giá trị gia tăng tạo ra tại Việt Nam qua báo cáo quyết toán. Doanh nghiệp cần có hợp đồng gia công rõ ràng và chứng từ thanh toán, loại trừ phần thuế đã khấu trừ nội địa. Quy trình này giúp doanh nghiệp xuất khẩu lớn giảm chi phí hiệu quả, nhưng phải tuân thủ thời hạn 12 tháng để tránh mất quyền lợi.

Trường hợp nào không được hoàn thuế GTGT cho xuất khẩu?

Nghị định 181/2025/NĐ-CP quy định một số trường hợp không được hoàn thuế GTGT, như hàng hóa nhập khẩu nguyên trạng xuất khẩu lại mà không có chứng từ hợp lệ hoặc đã sử dụng nội địa. Ngoài ra, nếu hóa đơn không đạt chuẩn theo Nghị định 70/2025/NĐ-CP, yêu cầu sẽ bị từ chối.

Thời hạn nộp hồ sơ hoàn thuế xuất nhập khẩu là bao lâu?

Thời hạn nộp hồ sơ là 60 ngày kể từ ngày hoàn thành thủ tục hải quan xuất khẩu, theo Nghị định 134/2016/NĐ-CP và sửa đổi. Nếu quá hạn, doanh nghiệp có thể bị mất quyền lợi, trừ trường hợp lực bất đắc dĩ được cơ quan thuế chấp nhận gia hạn.

Các trường hợp hoàn thuế xuất nhập khẩu theo quy định mới không chỉ giúp doanh nghiệp tiết kiệm chi phí mà còn thúc đẩy hoạt động xuất khẩu bền vững. Việc tuân thủ đúng các điều kiện và thủ tục sẽ mang lại lợi ích lâu dài cho sự phát triển kinh doanh. Để nhận tư vấn chuyên sâu và hỗ trợ thực hiện, hãy liên hệ Công ty Luật ACC ngay hôm nay.