Cách tối ưu chi phí quản lý giữa các công ty trong cùng tập đoàn đúng luật

Trong bối cảnh nền kinh tế ngày càng phát triển, mô hình cấu trúc tập đoàn, tổng công ty với hệ thống các công ty mẹ – công ty con, công ty liên kết xuất hiện vô cùng mạnh mẽ. Để vận hành bộ máy trơn tru, việc phân bổ chi phí quản lý doanh nghiệp tập trung giữa các công ty trong cùng tập đoàn là một hoạt động diễn ra thường xuyên. Tuy nhiên, làm sao để tối ưu hóa khoản chi phí này một cách hợp pháp, được cơ quan thuế chấp nhận là chi phí được trừ lại là bài toán đau đầu của nhiều nhà quản lý và kế toán.

Nhằm giúp các doanh nghiệp chủ động nắm bắt các quy định mới, tránh rủi ro bị xuất toán hay xử phạt khi quyết toán thuế, Công ty Luật ACC – đơn vị uy tín hàng đầu trong lĩnh vực tư vấn pháp luật, kế toán và dịch vụ đại lý thuế tại Việt Nam – xin chia sẻ bài viết phân tích chuyên sâu về chủ đề này dưới góc nhìn của văn bản pháp lý mới: Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15.

1. Bản chất chi phí quản lý giữa các công ty liên kết theo Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15

Chi phí quản lý giữa các công ty trong cùng tập đoàn (phổ biến là chi phí điều hành tập trung từ công ty mẹ phân bổ cho các công ty con, hoặc chi phí dịch vụ quản trị, hỗ trợ kỹ thuật, công nghệ pháp lý) bản chất được xếp vào nhóm giao dịch giữa các bên có quan hệ liên kết (giao dịch liên kết).

Theo quy định tại Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, cơ quan thuế kiểm soát rất nghiêm ngặt giá trị của các giao dịch này nhằm phòng chống các hành vi chuyển giá, chuyển lợi nhuận làm thất thu ngân sách nhà nước.

1.1. Đối tượng áp dụng quy định

• Các tổ chức sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ thực hiện nộp thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) theo phương pháp kê khai phát sinh giao dịch với các bên có quan hệ liên kết.
• Các bên có quan hệ liên kết theo quy định pháp luật

1.2. Điều kiện cốt lõi để chi phí quản lý được tính là chi phí được trừ

Để khoản chi phí quản lý tập đoàn phân bổ được cơ quan thuế chấp nhận khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN, doanh nghiệp nhận dịch vụ phải chứng minh đồng thời các điều kiện sau:

• Tính thực tế và hữu ích: Dịch vụ quản lý phải thực sự được cung cấp và mang lại lợi ích kinh tế hoặc giá trị thương mại trực tiếp cho hoạt động sản xuất kinh doanh của bên nhận dịch vụ (công ty con).
• Nguyên tắc giao dịch độc lập: Mức phí dịch vụ quản lý phải tương đương với mức giá hay giá trị mà các bên độc lập (không có quan hệ liên kết) chi trả cho nhau trong các điều kiện giao dịch tương tự.
• Hồ sơ chứng minh minh bạch: Doanh nghiệp phải chuẩn bị, lưu trữ đầy đủ hệ thống hợp đồng, chứng từ, biên bản nghiệm thu chi tiết công việc và đặc biệt là Báo cáo xác định giá giao dịch liên kết.

2. Công thức và ví dụ minh họa cách tính khống chế chi phí tính thuế liên kết

Một trong những điểm mấu chốt khi tối ưu chi phí liên kết trong tập đoàn là kiểm soát tổng chi phí được trừ nhằm tránh vượt ngưỡng trần khống chế do pháp luật quy định. Nhằm cụ thể hóa tinh thần của Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, các văn bản Nghị định và Thông tư hướng dẫn thi hành áp dụng công thức khống chế trần chi phí tính thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết dựa trên chỉ số EBITDA (Lợi nhuận trước thuế, lãi vay và khấu hao).

2.1. Công thức xác định trần chi phí được trừ

Tổng chi phí lãi vay ròng cùng một số khoản chi phí dịch vụ nội bộ tập đoàn đặc thù liên kết phát sinh trong kỳ được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN không vượt quá 30% của tổng lợi nhuận thuần từ hoạt động kinh doanh cộng chi phí lãi vay ròng cộng chi phí khấu hao.

Công thức xác định:

EBITDA = Lợi nhuận thuần từ hoạt động kinh doanh + Chi phí lãi vay ròng + Chi phí khấu hao

Trần chi phí tối đa được trừ = 30% x EBITDA

(Trong đó: Chi phí lãi vay ròng = Chi phí lãi vay phát sinh trong kỳ – Doanh thu lãi vay phát sinh trong kỳ)

>>> Xem thêm tại đây: Giải pháp phòng ngừa rủi ro bị ấn định thuế chuyển giá

2.2. Ví dụ minh họa bằng số liệu cụ thể

Giả sử trong năm tài chính, Công ty B (là công ty con thuộc tập đoàn M) có các số liệu kế toán trích xuất như sau:

• Lợi nhuận thuần từ hoạt động kinh doanh: 20.000.000.000 VND (20 tỷ VND)
• Chi phí lãi vay phát sinh trong năm: 6.000.000.000 VND (6 tỷ VND)
• Doanh thu từ lãi tiền gửi, lãi cho vay nhận được: 1.000.000.000 VND (1 tỷ VND)
• Chi phí khấu hao tài sản cố định trong năm: 3.000.000.000 VND (3 tỷ VND)
• Chi phí dịch vụ quản lý do Công ty Mẹ phân bổ về (đã tính vào chi phí quản lý doanh nghiệp): 2.500.000.000 VND (2,5 tỷ VND)

Quy trình tính toán và áp dụng luật như sau:

Bước 1: Tính chi phí lãi vay ròng của Công ty B

Chi phí lãi vay ròng = 6.000.000.000 VND – 1.000.000.000 VND = 5.000.000.000 VND (5 tỷ VND)

Bước 2: Xác định chỉ số EBITDA của Công ty B

EBITDA = 20.000.000.000 VND + 5.000.000.000 VND + 3.000.000.000 VND = 28.000.000.000 VND (28 tỷ VND)

Bước 3: Xác định mức trần khống chế tối đa (30% EBITDA)

Trần chi phí khống chế = 30% x 28.000.000.000 VND = 8.400.000.000 VND (8,4 tỷ VND)

Kết luận áp dụng:

• Đối với chi phí lãi vay ròng: Khoản chi phí thực tế 5 tỷ VND thấp hơn mức trần tối đa cho phép (8,4 tỷ VND), do đó toàn bộ 5 tỷ VND chi phí lãi vay này được chấp nhận là chi phí được trừ hợp pháp.
• Đối với khoản chi phí dịch vụ quản lý 2,5 tỷ VND: Doanh nghiệp được tính trừ toàn bộ nếu chứng minh được giá trị này tuân thủ nguyên tắc giao dịch độc lập và đã thực hiện đầy đủ nghĩa vụ kê khai phụ lục giao dịch liên kết theo đúng quy định.

3. Các bước xây dựng phương án phân bổ chi phí quản lý đúng luật

Để tối ưu hóa chi phí quản lý trong tập đoàn một cách an toàn, hạn chế tối đa rủi ro pháp lý theo quy định của Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, các doanh nghiệp cần thực hiện bài bản quy trình 4 bước sau:

Bước 1: Rà soát và bóc tách bản chất dịch vụ quản lý

Doanh nghiệp cần phân định rõ ràng: đâu là chi phí phục vụ trực tiếp cho hoạt động vận hành của công ty con, đâu là chi phí thuộc về "lợi ích của cổ đông hoặc chủ sở hữu" (các hoạt động mà công ty mẹ thực hiện chỉ nhằm phục vụ quyền kiểm soát vốn, đầu tư của chính công ty mẹ). Theo luật mới, các khoản chi phí phát sinh vì lợi ích riêng của chủ sở hữu sẽ hoàn toàn bị loại, không được phân bổ cho các công ty con.

Bước 2: Thiết lập tiêu thức phân bổ khoa học và nhất quán

Tiêu thức phân bổ chi phí từ công ty mẹ xuống các công ty con phải phản ánh đúng mức độ sử dụng dịch vụ và giá trị lợi ích thực tế nhận được. Doanh nghiệp có thể lựa chọn các tiêu thức phân bổ phổ biến như:

• Tỷ lệ phần trăm dựa trên tổng doanh thu của từng công ty con.
• Tỷ lệ dựa theo số lượng nhân sự hoặc số giờ làm việc thực tế của đội ngũ chuyên gia được cử xuống hỗ trợ.
• Tỷ lệ dựa trên giá trị tổng tài sản hoặc chi phí trực tiếp của từng đơn vị.
• Lưu ý quan trọng: Tiêu thức phân bổ sau khi lựa chọn phải được áp dụng đồng bộ và nhất quán qua các kỳ tính thuế, không được thay đổi tùy tiện.

Bước 3: Hoàn thiện hệ thống hợp đồng và bộ chứng từ giao dịch liên kết

Doanh nghiệp cần chuẩn bị đầy đủ bộ hồ sơ pháp lý giao dịch bao gồm:

• Hợp đồng dịch vụ quản lý (Management Service Agreement): Ghi rõ phạm vi công việc, quyền và nghĩa vụ, phương pháp xác định giá phí và phương thức thanh toán.
• Hồ sơ nghiệm thu dịch vụ: Nhật ký tiến độ công việc, biên bản bàn giao sản phẩm trí tuệ/kết quả công việc do nhân sự công ty mẹ thực hiện riêng cho công ty con.
• Hóa đơn tài chính: Xuất hóa đơn đúng thời điểm và hoàn thành các nghĩa vụ thuế liên quan (như thuế nhà thầu nước ngoài nếu công ty mẹ ở quốc gia khác).

Bước 4: Kê khai và lập Báo cáo xác định giá giao dịch liên kết

Doanh nghiệp có nghĩa vụ lập, lưu trữ Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết (bao gồm Hồ sơ quốc gia, Hồ sơ tập đoàn toàn cầu) trước thời điểm quyết toán thuế TNDN năm. Đây là văn bản pháp lý cốt lõi giúp doanh nghiệp giải trình và bảo vệ tính hợp lý của chi phí trước cơ quan thuế.

Bảng tổng hợp các tài liệu cần thiết đối với chi phí quản lý liên kết doanh nghiệp có thể copy để sử dụng:

>>> Xem thêm tại đây: Cách xử lý khẩn cấp khi bị thanh tra giao dịch liên kết

4. Những sai lầm phổ biến doanh nghiệp cần tránh để không bị phạt thuế

Trong quá trình thanh tra, kiểm tra thuế, cơ quan thuế thường tập trung rà soát kỹ các giao dịch nội bộ tập đoàn. Dưới đây là những sai sót điển hình khiến chi phí quản lý bị xuất toán hàng loạt:

• Trùng lặp chức năng quản lý: Công ty con chi trả một khoản phí quản lý lớn cho công ty mẹ về dịch vụ kế toán/nhân sự, nhưng bộ máy nội bộ của công ty con đã có sẵn các phòng ban này hoạt động độc lập và chi trả lương bình thường. Cơ quan thuế sẽ loại bỏ chi phí này do không chứng minh được tính hiệu quả kinh tế tăng thêm.
• Thay đổi tiêu thức phân bổ tùy hứng: Doanh nghiệp tự ý thay đổi cách thức phân bổ chi phí giữa các năm chỉ nhằm mục đích điều hòa kết quả lỗ – lãi giữa các công ty trong tập đoàn để giảm thiểu số thuế TNDN phải nộp tổng thể.
• Hồ sơ chứng minh quá sơ sài: Doanh nghiệp chỉ xuất trình được hợp đồng khung và hóa đơn thanh toán, hoàn toàn không có bằng chứng chứng minh nhân sự của công ty mẹ đã thực hiện các công việc gì, thời gian thực hiện cụ thể là bao nhiêu giờ cho công ty con.
• Không nộp phụ lục giao dịch liên kết: Bỏ sót hoặc chậm trễ trong việc nộp các tờ khai thông tin quan hệ liên kết sẽ khiến doanh nghiệp rơi vào diện bị ấn định thuế và chịu các mức phạt hành chính rất nặng theo quy định của pháp luật quản lý thuế mới.

Nếu doanh nghiệp của bạn đang gặp khó khăn trong việc rà soát rủi ro giao dịch liên kết, xây dựng phương án phân bổ chi phí quản lý hợp lý hay thiết lập hồ sơ quản lý thuế tuân thủ quy định mới, hãy để các chuyên gia hàng đầu đồng hành cùng bạn. Quý khách hàng có thể liên hệ trực tiếp với Công ty Luật ACC để được hỗ trợ tư vấn pháp lý chuyên sâu, giúp bảo vệ tối đa lợi ích hợp pháp và tối ưu hóa hệ thống quản lý thuế của doanh nghiệp một cách toàn diện và bền vững nhất.