Em muốn hỏi nếu công ty bị kiểm tra thuế mà phát hiện chi phí không có chứng từ thì bị loại ra sao ạ?

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công Ty Luật ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Quy định về chi phí được trừ khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp

Theo quy định tại Luật Quản lý thuế 2019 và Nghị định số 126/2020/NĐ-CP, chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế phải đáp ứng điều kiện có chứng từ hợp pháp, hợp lệ theo quy định pháp luật. Chứng từ hợp pháp bao gồm hóa đơn, chứng từ kế toán đầy đủ, chứng minh tính chất thực tế của giao dịch. Nếu chi phí không có chứng từ hoặc chứng từ không hợp pháp (ví dụ: hóa đơn giả mạo, thiếu thông tin bắt buộc), cơ quan thuế sẽ loại trừ khoản chi này khỏi diện được trừ.

Hậu quả khi phát hiện chi phí không có chứng từ trong kiểm tra thuế

Khi công ty bị kiểm tra thuế theo quy trình tại Nghị định số 126/2020/NĐ-CP, cơ quan thuế sẽ rà soát hồ sơ kế toán và chứng từ liên quan. Nếu phát hiện chi phí không có chứng từ hợp pháp, khoản chi đó sẽ bị loại trừ hoàn toàn khỏi chi phí được trừ, dẫn đến việc điều chỉnh tăng thu nhập chịu thuế. Cụ thể:

• Công ty phải nộp bổ sung số thuế thu nhập doanh nghiệp tương ứng với khoản chi bị loại (tỷ lệ thuế hiện hành là 20% trên thu nhập chịu thuế).
• Đồng thời, áp dụng lãi chậm nộp thuế theo mức 0,03%/ngày trên số thuế chậm nộp, tính từ ngày hết hạn nộp thuế đến ngày nộp đủ.
• Nếu vi phạm được xác định là cố ý, công ty có thể bị xử phạt hành chính theo Nghị định số 125/2020/NĐ-CP (quy định xử phạt vi phạm hành chính về thuế, phí, lệ phí), với mức phạt từ 20% đến 100% số thuế trốn, tùy mức độ vi phạm, nhưng không thấp hơn 1.000.000 đồng.

Quy trình xử lý vi phạm trong kiểm tra thuế

Quy trình kiểm tra và xử lý được thực hiện theo các bước sau tại Nghị định số 126/2020/NĐ-CP, nhằm đảm bảo tính minh bạch và quyền lợi của người nộp thuế.

Bước 1: Thông báo và tiến hành kiểm tra

Cơ quan thuế gửi thông báo kiểm tra trước ít nhất 10 ngày làm việc (trừ trường hợp kiểm tra đột xuất). Trong quá trình kiểm tra tại chỗ hoặc kiểm tra hồ sơ, đoàn kiểm tra sẽ yêu cầu cung cấp chứng từ chi phí. Nếu phát hiện thiếu chứng từ, họ lập biên bản tạm thời ghi nhận vi phạm và yêu cầu giải trình trong thời hạn quy định, thường là 5-10 ngày.

Bước 2: Xử lý và lập biên bản vi phạm

Dựa trên giải trình của công ty, cơ quan thuế quyết định loại trừ chi phí không hợp pháp. Họ lập biên bản kiểm tra thuế, nêu rõ cơ sở loại trừ (ví dụ: thiếu hóa đơn GTGT hợp pháp theo Nghị định 123/2020/NĐ-CP). Công ty có quyền cung cấp bổ sung chứng từ trong thời hạn 10 ngày kể từ ngày nhận biên bản để khắc phục.

Bước 3: Ban hành quyết định xử lý và khiếu nại

Cơ quan thuế ban hành quyết định xử lý thuế, yêu cầu nộp bổ sung thuế, tiền phạt và lãi chậm nộp trong vòng 90 ngày. Công ty có quyền khiếu nại quyết định này theo Luật Quản lý thuế 2019, gửi đến cơ quan thuế cấp trên trực tiếp trong thời hạn 30 ngày, hoặc khởi kiện tại tòa án nếu không đồng ý với kết quả khiếu nại.

Việc tuân thủ đầy đủ chứng từ giúp doanh nghiệp tránh rủi ro truy thu thuế và phạt, đồng thời tối ưu hóa chi phí hợp lý trong báo cáo tài chính. Tuân thủ không chỉ giảm thiểu tranh chấp mà còn nâng cao uy tín với cơ quan nhà nước. Công ty Luật ACC sẵn sàng đồng hành cùng Anh/Chị để giải quyết vấn đề này một cách nhanh chóng và hiệu quả. Vui lòng liên hệ ngay để được hỗ trợ Công Ty Luật ACC.