Mọi người ơi, khoản chi phí làm thủ tục hải quan có được tính hợp lệ để giảm thuế không?

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, chúng tôi xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau:

1. Cơ sở pháp lý liên quan đến chi phí được trừ khi tính thuế TNDN

Theo quy định của pháp luật Việt Nam về thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN), các khoản chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế phải đáp ứng các điều kiện cụ thể nhằm đảm bảo tính hợp lý và liên quan trực tiếp đến hoạt động sản xuất, kinh doanh. Cụ thể, Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 14/2008/QH12 (đã được sửa đổi, bổ sung bởi Luật số 32/2013/QH13, Luật số 71/2014/QH13 và các văn bản liên quan), cùng với Thông tư 96/2015/TT-BTC của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành, là cơ sở pháp lý chính.

Điều 4 Thông tư 96/2015/TT-BTC quy định rõ: Các khoản chi được trừ bao gồm những chi phí thực tế phát sinh liên quan đến hoạt động sản xuất, kinh doanh; có đủ hóa đơn, chứng từ hợp pháp theo quy định của pháp luật; và không thuộc danh mục các khoản chi không được trừ tại Điều 6 cùng thông tư này.

Văn bản hợp nhất số 22/VBHN-VPQH ngày 29/12/2022 của Văn phòng Quốc hội cũng củng cố các quy định này, nhấn mạnh rằng chi phí phải được chứng minh bằng tài liệu đáng tin cậy. Trong bối cảnh năm 2025, các quy định này vẫn được áp dụng ổn định, với một số điều chỉnh nhỏ về hóa đơn điện tử theo Nghị định 123/2020/NĐ-CP và Thông tư 78/2021/TT-BTC, nhằm tăng cường tính minh bạch.

2. Phân tích tính hợp lệ của chi phí thủ tục hải quan

Khoản chi phí làm thủ tục hải quan, bao gồm lệ phí thông quan, phí dịch vụ đại lý hải quan, chi phí lưu kho bãi tạm thời và các khoản liên quan trực tiếp đến việc nhập khẩu hoặc xuất khẩu hàng hóa, thường được xem là chi phí hợp lệ để trừ khi tính thuế TNDN nếu chúng đáp ứng đầy đủ các điều kiện nêu trên. Lý do là vì các chi phí này phát sinh trực tiếp từ hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp, đặc biệt đối với các công ty tham gia thương mại quốc tế.

Ví dụ, lệ phí hải quan được quy định tại Thông tư 85/2019/TT-BTC (sửa đổi bởi Thông tư 14/2021/TT-BTC), và chúng được coi là chi phí quản lý chung hoặc chi phí bán hàng, thuộc nhóm chi phí được khấu trừ theo Khoản 1 Điều 9 Văn bản hợp nhất 22/VBHN-VPQH. Tuy nhiên, để được chấp nhận, doanh nghiệp phải có hóa đơn GTGT hoặc chứng từ hợp pháp từ cơ quan hải quan hoặc đơn vị cung cấp dịch vụ.

Nếu chi phí phát sinh bằng ngoại tệ, cần quy đổi theo tỷ giá giao dịch bình quân do Ngân hàng Nhà nước công bố tại thời điểm phát sinh. Trong thực tiễn, Tổng cục Thuế thường chấp nhận các khoản này nếu chúng không vượt quá mức hợp lý và có liên quan rõ ràng đến lô hàng cụ thể.

3. Các điều kiện cụ thể để chi phí hải quan được khấu trừ

Để đảm bảo khoản chi phí thủ tục hải quan được cơ quan thuế chấp nhận khấu trừ, Anh/Chị cần lưu ý các điều kiện sau đây:

• Liên quan trực tiếp đến hoạt động kinh doanh: Chi phí phải gắn liền với việc nhập khẩu hàng hóa phục vụ sản xuất, kinh doanh, không phải cho mục đích cá nhân hoặc không liên quan. Ví dụ, phí thông quan cho nguyên liệu sản xuất sẽ được chấp nhận, nhưng phí cho hàng mẫu không sử dụng sẽ không.
• Chứng từ hợp pháp: Phải có hóa đơn điện tử GTGT (theo Thông tư 78/2021/TT-BTC), biên lai thu lệ phí hải quan từ Tổng cục Hải quan, hoặc hợp đồng dịch vụ với đại lý hải quan kèm chứng từ thanh toán. Từ năm 2025, việc sử dụng hóa đơn điện tử là bắt buộc, giúp dễ dàng tra cứu và xác minh.
• Không thuộc danh mục chi phí không được trừ: Theo Điều 6 Thông tư 96/2015/TT-BTC, các khoản chi không có chứng từ, chi phí vượt mức quy định, hoặc chi cho hoạt động không kinh doanh sẽ bị loại trừ. Chi phí hải quan không nằm trong 37 khoản chi phí không được trừ được liệt kê trong các hướng dẫn của MISA và các nguồn kế toán uy tín, miễn là chúng hợp lý.
• Hạch toán đúng kỳ: Chi phí phải được ghi nhận trong năm tài chính phát sinh và kê khai trên Tờ khai 03/TNDN. Nếu có sai sót, doanh nghiệp có thể điều chỉnh theo quy định tại Thông tư 80/2021/TT-BTC.

Công ty Luật ACC sẵn sàng đồng hành cùng Anh/Chị để giải quyết vấn đề này một cách nhanh chóng và hiệu quả. Vui lòng liên hệ ngay để được hỗ trợ!