Cá nhân tôi đang chuẩn bị hồ sơ quyết toán thuế thì phát hiện chứng từ khấu trừ thuế của một công ty ghi sai mã số thuế cá nhân so với mã số thuế thật của tôi, trong trường hợp này khi nộp hồ sơ hoàn thuế thì cơ quan thuế có chấp nhận chứng từ đó hay bắt buộc phải xin cấp lại?

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công Ty Luật ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Quy định về chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân

Theo quy định tại Thông tư 32/2025/TT-BTC hướng dẫn thực hiện một số điều của Luật Quản lý thuế 2019 và Nghị định số 126/2020/NĐ-CP, chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân (TNCN) là tài liệu bắt buộc phải được lập đầy đủ, chính xác để chứng minh việc khấu trừ và nộp thuế thay cho người nộp thuế. Chứng từ này phải ghi rõ thông tin của người nhận thu nhập, bao gồm họ tên, địa chỉ và mã số thuế (MST) cá nhân. MST cá nhân đóng vai trò quan trọng để cơ quan thuế xác định và theo dõi đúng đối tượng nộp thuế, đảm bảo tính minh bạch trong hệ thống kê khai điện tử.

Tính hợp lệ của chứng từ khi ghi sai mã số thuế cá nhân

Chứng từ khấu trừ thuế TNCN ghi sai MST cá nhân sẽ không được coi là hợp lệ nếu sai sót dẫn đến việc kê khai, nộp thuế không chính xác hoặc không thể đối chiếu được với hồ sơ thuế của cá nhân đó, theo Thông tư 32/2025/TT-BTC. Cụ thể, nếu MST sai khiến cơ quan thuế không thể ghi nhận đúng khoản khấu trừ vào tài khoản thuế của người nộp, chứng từ có thể bị từ chối công nhận, dẫn đến rủi ro cho cả bên khấu trừ và bên bị khấu trừ. Trong trường hợp sai sót không ảnh hưởng đến tổng số thuế nộp (ví dụ: chỉ sai một chữ số nhưng vẫn tra cứu được), cơ quan thuế có thể chấp nhận sau khi kiểm tra bổ sung, nhưng vẫn khuyến nghị điều chỉnh để tránh tranh chấp sau này.

Hậu quả pháp lý và mức xử phạt

Việc sử dụng chứng từ không hợp lệ do ghi sai MST có thể dẫn đến xử phạt hành chính theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP, với mức phạt từ 2.000.000 đồng đến 8.000.000 đồng đối với hành vi lập chứng từ không đầy đủ thông tin. Ngoài ra, bên khấu trừ có thể bị truy thu thuế kèm lãi chậm nộp (0,03%/ngày) nếu phát hiện sai sót trong quyết toán thuế. Người nộp thuế cá nhân cũng có thể gặp khó khăn trong việc quyết toán thuế TNCN, dẫn đến phải tự chịu trách nhiệm kê khai lại và có nguy cơ bị phạt chậm nộp từ 5.000.000 đồng đến 25.000.000 đồng tùy mức độ.

Quy trình khắc phục chứng từ ghi sai mã số thuế

Nếu phát hiện chứng từ khấu trừ thuế ghi sai MST, bên khấu trừ cần thực hiện điều chỉnh kịp thời để đảm bảo tính hợp lệ. Quy trình được hướng dẫn tại Điều 14 Thông tư 32/2025/TT-BTC như sau:

Bước 1: Kiểm tra và xác nhận sai sót

Bên khấu trừ rà soát lại chứng từ gốc, đối chiếu với thông tin MST chính xác từ người nộp thuế (có thể yêu cầu cung cấp Giấy xác nhận MST từ cơ quan thuế). Việc này giúp xác định mức độ ảnh hưởng, chẳng hạn như sai sót có dẫn đến kê khai sai không. Thời hạn kiểm tra nên thực hiện ngay khi phát hiện, ưu tiên trước kỳ quyết toán thuế hàng quý hoặc hàng năm để tránh tích lũy lỗi.

Bước 2: Lập biên bản điều chỉnh và chứng từ mới

Lập biên bản ghi nhận sai sót, ký xác nhận giữa bên khấu trừ và người nộp thuế. Sau đó, lập chứng từ khấu trừ mới với MST đúng, đồng thời hủy hoặc điều chỉnh chứng từ cũ theo mẫu tại Phụ lục Thông tư 32/2025/TT-BTC. Chứng từ mới phải được lập trong vòng 10 ngày kể từ ngày phát hiện sai sót và gửi cho người nộp thuế để họ cập nhật hồ sơ cá nhân.

Bước 3: Kê khai bổ sung và nộp cho cơ quan thuế

Cập nhật kê khai bổ sung vào tờ khai thuế TNCN (mẫu 02/QTT-TNCN) qua hệ thống iHTKK hoặc eTax, kèm theo chứng từ điều chỉnh và biên bản. Nộp hồ sơ bổ sung trong thời hạn 10 ngày kể từ ngày lập chứng từ mới. Cơ quan thuế sẽ kiểm tra và xác nhận, nếu hợp lệ sẽ ghi nhận vào tài khoản thuế của cá nhân, tránh các khoản phạt phát sinh.

Việc tuân thủ đúng quy định về chứng từ khấu trừ thuế giúp doanh nghiệp và cá nhân tránh rủi ro pháp lý, đảm bảo quyền lợi khấu trừ và quyết toán thuế chính xác, đồng thời giảm thiểu chi phí xử phạt không đáng có. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công Ty Luật ACC.