Doanh nghiệp tôi đang áp dụng phương pháp khấu trừ thuế giá trị gia tăng, nhưng do hai năm liên tiếp doanh thu thấp nên đang cân nhắc chuyển sang phương pháp trực tiếp trên doanh thu để đơn giản thủ tục, vậy điều kiện để chuyển phương pháp tính thuế là gì, có phải chờ hết chu kỳ ổn định hay được đăng ký lại đầu năm tài chính, và khi chuyển phương pháp thì số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ dở dang xử lý như thế nào?

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công Ty Luật ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Điều kiện chuyển phương pháp tính thuế GTGT

Theo quy định tại Luật Thuế giá trị gia tăng số 13/2008/QH12 (đã được sửa đổi, bổ sung bởi các Luật 31/2013/QH13, 71/2014/QH13), doanh nghiệp đang áp dụng phương pháp khấu trừ có thể chuyển sang phương pháp trực tiếp nếu đáp ứng các điều kiện cụ thể về quy mô doanh thu.

Căn cứ Thông tư 80/2021/TT-BTC, mức doanh thu hàng năm làm căn cứ để áp dụng phương pháp tính thuế là doanh thu từ bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ của năm trước liền kề. Nếu doanh thu năm trước của doanh nghiệp dưới mức 1 tỷ đồng, doanh nghiệp có quyền tự nguyện đăng ký chuyển đổi để đơn giản hóa thủ tục kế toán. Việc chuyển đổi này giúp doanh nghiệp giảm bớt áp lực về việc lưu trữ hóa đơn đầu vào phức tạp và phù hợp hơn với các đơn vị có tỷ lệ chi phí đầu vào thấp hoặc không ổn định.

Thời điểm đăng ký chuyển phương pháp

Doanh nghiệp cần lưu ý thời hạn và quy trình thực hiện để đảm bảo tính liên tục của kỳ kê khai thuế, tránh các rủi ro bị xử phạt hành chính do chậm trễ trong việc đăng ký thay đổi thông tin thuế:

Bước 1: Chuẩn bị bộ hồ sơ đăng ký thay đổi phương pháp tính thuế Doanh nghiệp cần rà soát lại sổ sách kế toán để xác định chính xác tổng doanh thu của năm tài chính hiện tại, từ đó lập văn bản đề nghị chuyển đổi phương pháp tính thuế phù hợp với thực tế kinh doanh. Việc chuẩn bị đầy đủ các tài liệu minh chứng về doanh thu và quyết định nội bộ của ban lãnh đạo sẽ giúp quá trình thẩm định tại cơ quan thuế diễn ra nhanh chóng, tránh trường hợp bị yêu cầu bổ sung hồ sơ nhiều lần. Danh mục hồ sơ cần chuẩn bị bao gồm:

• Tờ khai điều chỉnh, bổ sung thông tin đăng ký thuế (Mẫu 08-MST theo Thông tư 105/2020/TT-BTC);
• Báo cáo kết quả hoạt động kinh doanh của năm gần nhất để chứng minh mức doanh thu;
• Biên bản họp hoặc Quyết định của Hội đồng thành viên/Hội đồng quản trị về việc chuyển đổi phương pháp thuế.

Bước 2: Nộp hồ sơ và theo dõi kết quả phản hồi từ cơ quan quản lý thuế Doanh nghiệp thực hiện nộp hồ sơ qua cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế hoặc nộp trực tiếp tại Bộ phận Một cửa của Chi cục Thuế quản lý trực tiếp chậm nhất là ngày 20/01 của năm bắt đầu áp dụng phương pháp mới. Sau khi tiếp nhận, cơ quan thuế sẽ tiến hành rà soát dữ liệu trên hệ thống để xác nhận điều kiện chuyển đổi và trả kết quả chấp thuận hoặc yêu cầu giải trình trong vòng 03 đến 05 ngày làm việc. Việc chủ động nộp hồ sơ sớm ngay từ đầu tháng 01 giúp doanh nghiệp có thời gian dự phòng để xử lý các vấn đề kỹ thuật trên hệ thống kê khai điện tử, đảm bảo phương pháp mới được kích hoạt đúng kỳ tính thuế đầu tiên của năm tài chính.

Bước 3: Cập nhật hệ thống kế toán và thực hiện áp dụng phương pháp trực tiếp Ngay sau khi nhận được thông báo chấp thuận từ cơ quan thuế, bộ phận kế toán cần tiến hành cập nhật lại phần mềm kê khai, thay đổi mẫu hóa đơn điện tử từ hóa đơn GTGT sang hóa đơn bán hàng theo quy định tại Nghị định 123/2020/NĐ-CP. Doanh nghiệp phải thực hiện chốt sổ sách tại thời điểm chuyển đổi để phân tách rõ ràng nghĩa vụ thuế giữa hai phương pháp, đồng thời thông báo cho các đối tác, khách hàng về việc thay đổi loại hóa đơn sử dụng. Quy trình này đảm bảo việc phát hành hóa đơn và kê khai doanh thu từ đầu năm mới được thống nhất, tránh tình trạng phát hành sai loại hóa đơn dẫn đến rủi ro bị xử phạt vi phạm hành chính về hóa đơn.

Xử lý số thuế GTGT còn được khấu trừ dở dang

Khi chuyển từ phương pháp khấu trừ sang trực tiếp, số thuế đầu vào còn dở dang (chưa khấu trừ hết) sẽ được xử lý theo quy định tại Điều 14 Luật Thuế giá trị gia tăng số 13/2008/QH12 (sửa đổi, bổ sung):

• Tính vào chi phí được trừ: Số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết tại thời điểm chuyển đổi sẽ không được tiếp tục khấu trừ hay hoàn thuế, mà được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp.
• Quy trình ghi nhận: Doanh nghiệp phải kê khai số thuế này vào mục chi phí hợp lý trong kỳ kế toán cuối cùng của năm áp dụng phương pháp khấu trừ để đảm bảo tính chính xác của báo cáo tài chính.
• Lưu ý chứng từ: Tất cả hóa đơn liên quan đến số thuế dở dang phải đảm bảo tính hợp pháp, hợp lệ và được lưu trữ đầy đủ để phục vụ công tác thanh tra, kiểm tra thuế sau này.

Việc tuân thủ đúng quy định về chuyển phương pháp tính thuế GTGT giúp doanh nghiệp giảm thiểu rủi ro pháp lý, tối ưu hóa chi phí quản lý và tránh các khoản phạt không đáng có. Đồng thời, phương pháp trực tiếp phù hợp với doanh nghiệp quy mô nhỏ sẽ đơn giản hóa thủ tục kê khai hàng tháng/quý. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công Ty Luật ACC.