Trong lúc chuẩn bị hồ sơ hoàn thuế thì tôi phát hiện một chứng từ khấu trừ thuế bị mất bản gốc chỉ còn bản scan, không biết cơ quan thuế có chấp nhận bản scan khi nộp hồ sơ không?

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công Ty Luật ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Quy định về chứng từ khấu trừ thuế trong hồ sơ hoàn thuế

Theo quy định tại Thông tư 80/2021/TT-BTC hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế, chứng từ khấu trừ thuế là tài liệu bắt buộc phải có trong hồ sơ quyết toán thuế, nhằm chứng minh các khoản khấu trừ hợp pháp. Thông tư này quy định chứng từ phải đảm bảo tính nguyên vẹn, đầy đủ thông tin và được lưu trữ dưới dạng bản gốc hoặc bản sao hợp lệ. Nếu mất bản gốc, cơ quan thuế không tự động chấp nhận bản scan đơn thuần mà yêu cầu bổ sung các biện pháp xác thực để tránh rủi ro gian lận.

Điều kiện chấp nhận bản scan của chứng từ

Bản scan có thể được chấp nhận tạm thời trong hồ sơ hoàn thuế nếu đáp ứng các điều kiện sau, theo hướng dẫn tại Thông tư 99/2025/TT-BTC về chế độ kế toán doanh nghiệp:

• Bản scan phải giữ nguyên tính toàn vẹn, không bị chỉnh sửa, với đầy đủ nội dung như số hiệu chứng từ, ngày tháng, chữ ký và dấu xác nhận của bên khấu trừ.
• Phải kèm theo giải trình bằng văn bản về lý do mất bản gốc (ví dụ: hư hỏng, thất lạc), nêu rõ nguồn gốc chứng từ và cam kết tính xác thực.
• Cơ quan thuế có quyền yêu cầu bổ sung bản sao có chứng thực từ cơ quan có thẩm quyền (như công chứng viên hoặc cơ quan thuế nơi cấp chứng từ gốc) hoặc bản gốc thay thế nếu phát hiện nghi vấn.

Nếu không đáp ứng, hồ sơ có thể bị từ chối, dẫn đến chậm trễ hoàn thuế hoặc xử phạt hành chính từ 2.000.000 đồng đến 20.000.000 đồng theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực thuế.

Quy trình xử lý chứng từ mất bản gốc

Để đảm bảo hồ sơ được chấp nhận, Anh/Chị cần thực hiện theo các bước sau, dựa trên Thông tư 80/2021/TT-BTC:

Bước 1: Kiểm tra và chuẩn bị bản scan

Thu thập bản scan chất lượng cao, in ra giấy và ký xác nhận của người đại diện doanh nghiệp về tính chính xác. Đồng thời, soạn giải trình mất bản gốc, nêu rõ thời gian, lý do và các chứng cứ hỗ trợ (như biên bản kiểm kê chứng từ).

Bước 2: Liên hệ bên khấu trừ để xin cấp lại

Gửi yêu cầu chính thức đến đơn vị đã khấu trừ thuế (ví dụ: nhà cung cấp hoặc đối tác) để xin cấp bản sao hoặc bản gốc thay thế. Nếu là chứng từ từ cơ quan nhà nước, liên hệ trực tiếp cơ quan đó để được hướng dẫn cấp lại theo quy định tại Thông tư 99/2025/TT-BTC.

Bước 3: Công chứng bản sao nếu cần

Mang bản scan đến văn phòng công chứng để chứng thực, đảm bảo bản sao có giá trị pháp lý tương đương bản gốc. Chi phí công chứng thường khoảng 50.000 đồng đến 200.000 đồng tùy loại chứng từ.

Bước 4: Nộp hồ sơ bổ sung cho cơ quan thuế

Nộp kèm bản scan đã chứng thực vào hồ sơ hoàn thuế qua hệ thống iHTKK hoặc trực tiếp tại Chi cục Thuế. Cơ quan thuế sẽ kiểm tra trong vòng 10-30 ngày và thông báo bổ sung nếu cần, theo quy trình tại Thông tư 80/2021/TT-BTC.

Hồ sơ cần chuẩn bị bổ sung

• Giải trình mất bản gốc (bản gốc, có chữ ký số hoặc chữ ký tay).
• Bản scan chứng từ khấu trừ thuế (in ấn rõ nét).
• Bản sao chứng từ có công chứng (nếu yêu cầu).
• Các tài liệu chứng minh giao dịch liên quan (hợp đồng, hóa đơn gốc khác).

Việc tuân thủ các quy định này giúp tránh rủi ro từ chối hồ sơ, đảm bảo quyền lợi hoàn thuế kịp thời và giảm thiểu chi phí phát sinh do chậm trễ. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công Ty Luật ACC.