Trong quá trình chuẩn bị hồ sơ hoàn thuế thì mình phát hiện một chứng từ khấu trừ thuế bị thất lạc bản gốc chỉ còn file scan lưu trong email nên mình đang khá lo không biết cơ quan thuế có chấp nhận bản scan này khi nộp hồ sơ quyết toán không?

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công Ty Luật ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Quy định pháp lý liên quan

Theo quy định tại Thông tư số 80/2021/TT-BTC (sửa đổi, bổ sung bởi Thông tư 94/2025/TT-BTC) và Nghị định số 126/2020/NĐ-CP (sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định 373/2025/NĐ-CP), chứng từ khấu trừ thuế (như chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân) là tài liệu quan trọng trong hồ sơ quyết toán thuế.

Trong trường hợp bản gốc bị thất lạc, cơ quan thuế cho phép sử dụng bản sao hoặc dữ liệu điện tử (bao gồm file scan) để thay thế, miễn là đảm bảo tính toàn vẹn, tính xác thực và có thể xác minh được nguồn gốc. Cụ thể, Thông tư số 80/2021/TT-BTC (sửa đổi, bổ sung bởi Thông tư 94/2025/TT-BTC) quy định về việc sử dụng chứng từ điện tử hoặc bản sao điện tử trong quản lý thuế, áp dụng cho các trường hợp thất lạc bản gốc, nhằm hỗ trợ người nộp thuế trong quá trình quyết toán.

Điều kiện chấp nhận bản scan chứng từ

Cơ quan thuế có thể chấp nhận file scan lưu trong email làm chứng từ thay thế khi nộp hồ sơ quyết toán thuế, nhưng phải đáp ứng các điều kiện sau để tránh rủi ro từ chối hoặc yêu cầu bổ sung:

• File scan phải rõ nét, đầy đủ thông tin (tên người khấu trừ, số thuế, ngày tháng, chữ ký điện tử nếu có), và không bị chỉnh sửa.
• Có bằng chứng xác thực nguồn gốc, chẳng hạn như email gốc kèm thời gian gửi/nhận, hoặc xác nhận từ bên khấu trừ thuế (doanh nghiệp đã khấu trừ).
• Người nộp thuế cần giải trình lý do thất lạc bản gốc (ví dụ: hỏng hóc, mất mát do sự cố), kèm theo cam kết chịu trách nhiệm về tính chính xác của bản scan.

Nếu không đáp ứng, cơ quan thuế có thể yêu cầu bổ sung bản gốc hoặc chứng từ thay thế theo Nghị định 126/2020/NĐ-CP (sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định 373/2025/NĐ-CP), dẫn đến chậm trễ quyết toán hoặc xử phạt hành chính từ 2.000.000 đồng đến 25.000.000 đồng tùy mức độ vi phạm.

Để tăng khả năng chấp nhận bản scan, Anh/Chị nên thực hiện theo quy trình sau, dựa trên hướng dẫn tại Thông tư số 80/2021/TT-BTC (sửa đổi, bổ sung bởi Thông tư 94/2025/TT-BTC):

Bước 1: Kiểm tra và chuẩn bị bản scan

Thu thập file scan từ email, đảm bảo định dạng PDF hoặc hình ảnh chất lượng cao. In bản scan ra giấy nếu cần nộp trực tiếp, và soạn giải trình thất lạc bản gốc (mẫu tự do, nêu rõ lý do, thời gian phát hiện). Liên hệ bên khấu trừ để lấy xác nhận bổ sung nếu có thể, giúp chứng minh tính hợp lệ.

Bước 2: Bổ sung vào hồ sơ quyết toán

Tích hợp bản scan vào bộ hồ sơ quyết toán thuế theo quy định tại Thông tư số 80/2021/TT-BTC (sửa đổi, bổ sung bởi Thông tư 94/2025/TT-BTC). Hồ sơ cần bao gồm:

• Tờ khai quyết toán thuế (mẫu 02/QTT-TNCN hoặc tương ứng).
• Bản scan chứng từ khấu trừ kèm giải trình thất lạc.
• Các chứng từ khác liên quan (hóa đơn, hợp đồng).
• Cam kết của người nộp thuế về tính chính xác (theo mẫu tại Phụ lục Thông tư).

Bước 3: Nộp hồ sơ và theo dõi

Nộp hồ sơ qua hệ thống điện tử (iHTKK hoặc eTax) hoặc trực tiếp tại cơ quan thuế quản lý. Sau nộp, theo dõi phản hồi trong 10-30 ngày làm việc; nếu bị yêu cầu bổ sung, cung cấp thêm bằng chứng xác minh (như log email). Trong trường hợp tranh chấp, có thể khiếu nại theo Điều 114 Luật Quản lý thuế năm 2019 (sửa đổi, bổ sung năm 2024) để bảo vệ quyền lợi.

Việc tuân thủ các quy định này giúp đảm bảo hồ sơ quyết toán được chấp nhận nhanh chóng, tránh phạt chậm nộp hoặc truy thu thuế, đồng thời giảm thiểu rủi ro pháp lý cho người nộp thuế. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công Ty Luật ACC.