Công ty em thành lập 10 năm, 04 năm đầu là chuyên về mảng phần mềm và sau em làm thêm mảng dịch vụ. Em có lấy hóa đơn từ 1 công ty khác nhưng họ đã ngưng hoạt động vào tháng 8/2024 nhưng không thông báo cho em vì em chỉ lấy hóa đơn năm đó thôi. Tại thời điểm đó, họ là xưởng, em có đặt hàng và làm hợp đồng, chuyển tiền. Giờ em chuẩn bị quyết toán xin giải thể thì phát hiện ra vấn đề này. Giờ bên công ty em có bị phạt không ạ? Em lo lắm, tổng doanh thu em làm với họ năm đó là gần 300 triệu cả thuế giá trị gia tăng 10%. Em rà soát chứng từ bị thiếu hợp đồng 3 cái.

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công Ty Luật ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

1. Nguyên tắc "Thời điểm vàng" của hóa đơn

Theo Thông tư 219/2013/TT-BTC và Nghị định 123/2020/NĐ-CP, tính hợp pháp của hóa đơn được quyết định tại thời điểm lập.

• Trường hợp An toàn: Nếu tại thời điểm xuất hóa đơn (trước tháng 8/2024), nhà cung cấp vẫn đang hoạt động bình thường (không thuộc danh sách bỏ trốn, tạm ngừng kinh doanh), thì hóa đơn đó vẫn có giá trị khấu trừ. Việc họ ngừng hoạt động sau đó (tháng 8/2024) không làm mất đi tính hợp pháp của giao dịch đã hoàn thành trong quá khứ.
• Trường hợp Rủi ro: Nếu hóa đơn được lập trong thời gian nhà cung cấp đã thông báo ngừng hoạt động hoặc đang bị cơ quan thuế cưỡng chế hóa đơn, thì toàn bộ 300 triệu đồng chi phí và 30 triệu đồng tiền thuế GTGT sẽ bị loại bỏ ngay lập tức.

Lưu ý về 3 hợp đồng thiếu: Với giá trị giao dịch lớn (300 triệu đồng), việc thiếu hợp đồng là một điểm yếu chí mạng. Cơ quan thuế thường mặc định "không hợp đồng + nhà cung cấp đóng cửa = giao dịch khống". Anh/Chị cần tìm ngay các Phiếu đặt hàng (Purchase Order) hoặc Email xác nhận đơn hàng để thay thế.

2. Trách nhiệm khi quyết toán thuế và giải thể doanh nghiệp

Khi chuẩn bị quyết toán thuế để xin giải thể theo Luật Doanh nghiệp 2020 (Điều 207 quy định về thủ tục giải thể), công ty phải hoàn tất quyết toán với cơ quan thuế, bao gồm kiểm tra toàn bộ chứng từ đầu vào từ các năm hoạt động (bao gồm 10 năm qua, với 4 năm đầu tập trung phần mềm và sau đó mở rộng dịch vụ). Việc phát hiện vấn đề hóa đơn từ nhà cung cấp ngưng hoạt động tại giai đoạn này là cơ hội để tự kiểm tra và điều chỉnh tờ khai thuế trước khi nộp hồ sơ giải thể. Nếu cơ quan thuế xác định hóa đơn không hợp pháp hoặc giao dịch không thực tế, công ty có thể bị xử phạt vi phạm hành chính theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP, với mức phạt cụ thể như sau:

• Phạt từ 20% đến 100% số tiền thuế GTGT đã khấu trừ sai (tức từ 6 triệu đồng đến 30 triệu đồng cho khoản 30 triệu đồng GTGT trong trường hợp này).
• Phạt bổ sung từ 2.000.000 đồng đến 25.000.000 đồng nếu sử dụng hóa đơn không đúng quy định hoặc không lưu trữ chứng từ đầy đủ.
• Trường hợp nghiêm trọng (như nghi ngờ giao dịch "ma"), có thể bị truy cứu trách nhiệm hình sự theo Bộ luật Hình sự 2015 (sửa đổi, bổ sung 2017) nếu có dấu hiệu trốn thuế vượt 100 triệu đồng.

Vì công ty đã có chứng từ chuyển tiền và hợp đồng đặt hàng (dù thiếu 3 hợp đồng), rủi ro phạt có thể giảm nếu bổ sung kịp thời các chứng từ thay thế như biên bản nghiệm thu, email trao đổi hoặc xác nhận từ bên thứ ba.

3. Lộ trình xử lý để giải thể suôn sẻ

Để quy trình giải thể theo Luật Doanh nghiệp 2020 không bị tắc nghẽn tại khâu thuế, Anh/Chị nên thực hiện các bước sau:

Bước 1: Kiểm tra trạng thái nhà cung cấp trên cổng thông tin quốc gia Anh/Chị cần truy cập trang web của Tổng cục Thuế để tra cứu lịch sử hoạt động của nhà cung cấp đó. Đoạn văn giải thích này nhấn mạnh rằng việc in và lưu trữ thông báo "Người nộp thuế đang hoạt động" tại thời điểm Anh/Chị giao dịch là bằng chứng quan trọng nhất để chứng minh mình là bên mua hàng ngay tình. Nếu kết quả tra cứu cho thấy họ chỉ mới ngừng hoạt động sau khi đã xuất hóa đơn cho Anh/Chị, thì về mặt pháp lý, giao dịch của Anh/Chị hoàn toàn hợp lệ và cơ quan thuế không có căn cứ để loại bỏ chi phí nếu Anh/Chị xuất trình đủ chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.

Bước 2: Củng cố hồ sơ chứng minh giao dịch thực tế (Gói bằng chứng) Anh/Chị phải tập hợp tất cả các chứng từ liên quan như sao kê ngân hàng cho khoản chi 330 triệu đồng, biên bản bàn giao sản phẩm phần mềm, và các tài liệu trao đổi công việc qua email. Đoạn văn giải thích này làm rõ rằng trong trường hợp thiếu 3 hợp đồng, các tài liệu phụ trợ này sẽ đóng vai trò là "chứng từ thay thế" để chứng minh hàng hóa/dịch vụ đã thực sự đi vào công ty và phục vụ cho việc kinh doanh. Việc chứng minh được có "vật chất thật" (phần mềm thực tế đang sử dụng hoặc dịch vụ đã nghiệm thu) là yếu tố quyết định để cơ quan thuế chấp nhận hóa đơn dù nhà cung cấp không còn tồn tại để đối chiếu.

Bước 3: Chủ động kê khai điều chỉnh và giải trình trước khi quyết toán Trước khi nộp hồ sơ xin giải thể, Anh/Chị nên chủ động gửi văn bản giải trình kèm bộ hồ sơ bằng chứng về các hóa đơn của nhà cung cấp đã ngừng hoạt động này cho cán bộ quản lý thuế. Đoạn văn giải thích này lưu ý rằng việc chủ động cung cấp thông tin cho thấy thái độ cầu thị và minh bạch của doanh nghiệp, giúp giảm thiểu đáng kể nguy cơ bị áp mức phạt cao nhất theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP. Nếu cảm thấy rủi ro giải trình không thành công là quá cao, Anh/Chị có thể lựa chọn nộp tờ khai điều chỉnh giảm thuế GTGT và tăng thuế TNDN tương ứng để "làm sạch" sổ sách, đảm bảo thủ tục giải thể được thực hiện nhanh chóng mà không bị thanh tra kéo dài.

Việc tuân thủ đầy đủ các quy định trên giúp doanh nghiệp tránh rủi ro pháp lý, đảm bảo giải thể suôn sẻ và bảo vệ quyền lợi của cổ đông. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công Ty Luật ACC.

Xem thêm: Cả nhà ơi, tổng thu nhập chịu thuế trên tờ khai quý có trừ các loại bảo hiểm xã hội bảo hiểm y tế không?

Xem thêm: Mọi người hỗ trợ em. Em đã nộp quyết toán thuế thu nhập cá nhân năm hai nghìn không trăm hai mươi lăm đã được chấp nhận. Giờ người lao động đăng ký người phụ thuộc thì em nộp bổ sung như thế nào ạ!