Các bạn cho em hỏi, công ty ở Cần Thơ kê khai sai thuế GTGT, giờ bổ sung thế nào?

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, chúng tôi xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau:

1. Xác định loại sai sót và thời điểm phát hiện

Khi công ty tại Cần Thơ phát hiện kê khai sai thuế giá trị gia tăng (GTGT), việc đầu tiên cần làm là xác định rõ bản chất sai sót. Theo Luật Quản lý thuế 2019 (sửa đổi, bổ sung năm 2024) và Nghị định 70/2025/NĐ-CP, sai sót có thể bao gồm: kê khai thiếu hóa đơn đầu ra (tăng nghĩa vụ thuế), kê khai thừa hóa đơn đầu vào (giảm khấu trừ sai), sai số liệu số học, hoặc nhầm lẫn thuế suất. Ví dụ, nếu quên kê khai một hóa đơn bán hàng tháng 1/2025, đây là sai sót đầu ra cần bổ sung tại chính kỳ đó.

Thời điểm phát hiện rất quan trọng. Nếu phát hiện trước khi cơ quan thuế (Cục Thuế Cần Thơ) công bố quyết định thanh tra hoặc kiểm tra, công ty được phép tự nguyện kê khai bổ sung mà không bị phạt vi phạm hành chính về hành vi trốn thuế.

Theo Điều 47 Luật Quản lý thuế, thời hạn bổ sung không giới hạn, nhưng phải nộp ngay số thuế chênh lệch (nếu tăng) kèm tiền chậm nộp tính từ ngày hết hạn nộp tờ khai gốc. Nếu phát hiện sau quyết định thanh tra, phải chờ kết thúc để điều chỉnh theo biên bản. Tại Cần Thơ, doanh nghiệp nên kiểm tra ngay hệ thống iHTKK hoặc eTax để rà soát dữ liệu, tránh để sai sót tích tụ dẫn đến rủi ro cao hơn.

2. Các bước thực hiện kê khai bổ sung

Quy trình bổ sung được hướng dẫn chi tiết tại Thông tư 80/2021/TT-BTC (sửa đổi bởi Thông tư 40/2025/TT-BTC, hiệu lực từ 01/7/2025). Các bước cụ thể như sau:

• Thứ nhất, truy cập phần mềm Hỗ trợ kê khai (HTKK) phiên bản mới nhất hoặc Cổng thông tin điện tử Tổng cục Thuế (etax.thue.gdt.gov.vn). Chọn kỳ tính thuế có sai sót (ví dụ: tháng 01/2025), sau đó lập tờ khai bổ sung sử dụng mẫu 01/GTGT (bổ sung). Nhập mã giao dịch điện tử của tờ khai gốc từ thông báo chấp nhận hồ sơ (mẫu 01-2/TB-TĐT theo Thông tư 19/2021/TT-BTC).
• Thứ hai, điều chỉnh các chỉ tiêu sai: Đối với sai sót đầu ra (thiếu kê khai), tăng giá trị tại dòng [22] hoặc [30] và thuế GTGT đầu ra tại [38]. Với đầu vào thừa, giảm tại [40] và thuế khấu trừ [41]. Nếu sai sót làm tăng nghĩa vụ thuế, tính tiền chậm nộp theo mức 0,03%/ngày trên số thuế chậm nộp (Điều 59 Luật Quản lý thuế). Sử dụng tab "Tờ khai bổ sung (01-KHBS)" để liên kết với tờ khai gốc.
• Thứ ba, lập bản giải trình khai bổ sung theo mẫu 01-1/KHBS, ghi rõ lý do cho từng chỉ tiêu thay đổi (không chỉ chung chung như trước, mà cụ thể theo Thông tư 80). Ví dụ: "Sai sót do nhầm lẫn số học tại hóa đơn số 001, ngày 15/01/2025".
• Thứ tư, nộp hồ sơ điện tử qua eTax, kèm chứng từ liên quan (hóa đơn gốc, biên bản điều chỉnh nếu có). Sau nộp, kiểm tra thông báo tiếp nhận qua email đăng ký. Tại Cần Thơ, nếu gặp lỗi kỹ thuật, liên hệ Chi cục Thuế quận/huyện quản lý để hỗ trợ trực tiếp.

Lưu ý, nếu sai sót liên quan hóa đơn điện tử, phải cập nhật theo Nghị định 70/2025/NĐ-CP, đảm bảo dữ liệu hóa đơn được chuyển đồng thời đến cơ quan thuế.

3. Xử lý nghĩa vụ tài chính và rủi ro pháp lý

Khi bổ sung, nếu số thuế GTGT phải nộp tăng (ví dụ: từ 100 triệu lên 120 triệu), công ty phải nộp ngay chênh lệch 20 triệu kèm tiền chậm nộp (tính từ ngày 20 của tháng sau kỳ tính thuế). Ngược lại, nếu giảm nghĩa vụ (khấu trừ tăng), số thuế nộp thừa sẽ được hoàn hoặc khấu trừ kỳ sau, nhưng phải chứng minh bằng chứng từ hợp lệ.

Về rủi ro, theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP (sửa đổi 2025), nếu tự nguyện bổ sung trước thanh tra, chỉ phạt chậm nộp mà không phạt vi phạm khai sai (mức 20% số thuế khai thiếu nếu bị phát hiện sau). Tuy nhiên, nếu cơ quan thuế Cần Thơ kiểm tra và phát hiện cố tình sai sót, có thể phạt 1-3 lần số thuế trốn, kèm truy thu.

Doanh nghiệp nên lưu trữ đầy đủ hồ sơ 10 năm để đối phó kiểm tra. Tại địa phương như Cần Thơ, với nhiều doanh nghiệp nhỏ, cơ quan thuế thường ưu tiên hướng dẫn trước khi xử phạt, nhưng vẫn cần hành động nhanh để tránh lãi phạt tích lũy.

Công ty Luật ACC sẵn sàng đồng hành cùng Anh/Chị để giải quyết vấn đề này một cách nhanh chóng và hiệu quả. Vui lòng liên hệ ngay để được hỗ trợ!