Công ty em ở Hà Nội, năm rồi đầu tư máy móc mới và nhận được ưu đãi miễn thuế TNDN trong 2 năm, vậy khi quyết toán có cần nộp kèm hồ sơ chứng minh không?

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công Ty Luật ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) đối với đầu tư máy móc mới

Theo quy định tại Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025 và các văn bản hướng dẫn, doanh nghiệp đầu tư máy móc, thiết bị mới phục vụ sản xuất kinh doanh có thể được hưởng ưu đãi miễn thuế TNDN trong thời hạn nhất định, chẳng hạn 2 năm đầu nếu thuộc diện ưu đãi cho dự án đầu tư mới tại khu vực địa lý ưu đãi hoặc công nghệ cao. Tại Hà Nội, ưu đãi này thường áp dụng cho các dự án đầu tư vào lĩnh vực công nghệ, sản xuất hiện đại, miễn là đáp ứng điều kiện về quy mô đầu tư và vị trí địa lý theo Nghị định 218/2013/NĐ-CP (sửa đổi bởi Nghị định 12/2015/NĐ-CP). Việc công ty Anh/Chị đã nhận ưu đãi miễn thuế TNDN trong 2 năm cho thấy đã được cơ quan thuế xác nhận ban đầu, nhưng cần duy trì điều kiện để tránh bị thu hồi ưu đãi.

Yêu cầu hồ sơ chứng minh khi quyết toán thuế TNDN

Khi quyết toán thuế TNDN hàng năm, doanh nghiệp bắt buộc phải nộp hồ sơ chứng minh để xác nhận việc hưởng ưu đãi, nhằm tránh rủi ro bị truy thu thuế hoặc phạt hành chính. Cụ thể, theo Thông tư số 80/2021/TT-BTC ngày 29/9/2021 của Bộ Tài chính hướng dẫn khai thuế, tính thuế, quyết toán thuế TNDN, doanh nghiệp phải kê khai và nộp kèm theo tờ khai quyết toán thuế TNDN (mẫu 03/TNDN) các tài liệu chứng minh sau:

• Phụ lục ưu đãi thuế TNDN theo mẫu số 03-2A/TNDN ban hành kèm theo Phụ lục II của Thông tư 80/2021/TT-BTC, trong đó ghi rõ cơ sở hưởng ưu đãi (như đầu tư máy móc mới), thời gian miễn thuế và số thuế được miễn.
• Các chứng từ liên quan đến dự án đầu tư, bao gồm:
• Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc quyết định phê duyệt dự án (nếu có).
• Hóa đơn, chứng từ mua sắm máy móc, thiết bị mới chứng minh giá trị đầu tư.
• Báo cáo tài chính và sổ sách kế toán liên quan đến thu nhập được hưởng ưu đãi.

Nếu không nộp đầy đủ hồ sơ, cơ quan thuế có thể từ chối ưu đãi, dẫn đến truy thu thuế kèm phạt chậm nộp từ 0,03%/ngày trên số thuế chậm nộp (theo Điều 13 Luật Quản lý thuế 2019), với mức phạt hành chính từ 2.000.000 đồng đến 25.000.000 đồng tùy mức độ vi phạm theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP.

Quy trình nộp hồ sơ quyết toán thuế TNDN kèm chứng minh ưu đãi

Để đảm bảo tuân thủ, doanh nghiệp cần thực hiện quyết toán theo các bước sau theo Thông tư 80/2021/TT-BTC:

Bước 1: Chuẩn bị hồ sơ quyết toán

Doanh nghiệp tổng hợp báo cáo tài chính năm, tính toán thu nhập chịu thuế và phần được hưởng ưu đãi miễn thuế TNDN. Kê khai chi tiết vào mẫu 03/TNDN và phụ lục 03-2A/TNDN, đính kèm chứng từ chứng minh đầu tư máy móc (hóa đơn, hợp đồng mua sắm). Thời hạn chuẩn bị là trước ngày cuối cùng của tháng thứ 4 kể từ ngày kết thúc năm tài chính (thường là 31/3 năm sau).

Bước 2: Nộp hồ sơ qua hệ thống điện tử

Sử dụng phần mềm hỗ trợ kê khai thuế (như HTKK hoặc iHTKK) để nộp trực tuyến qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế (etax.gdt.gov.vn). Đảm bảo hồ sơ đầy đủ, ký số điện tử và nộp kèm chứng từ scan rõ nét. Nếu nộp muộn, áp dụng phạt từ 5.000.000 đồng đến 20.000.000 đồng theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP.

Bước 3: Theo dõi và xử lý phản hồi từ cơ quan thuế

Sau khi nộp, cơ quan thuế sẽ kiểm tra hồ sơ trong vòng 10-30 ngày. Nếu cần bổ sung, doanh nghiệp phải hoàn thiện trong thời hạn quy định để tránh bị loại ưu đãi. Trường hợp được chấp nhận, ưu đãi sẽ được ghi nhận trong quyết toán chính thức; nếu bị từ chối, có quyền khiếu nại theo Luật Khiếu nại 2011 (sửa đổi năm 2020).

Việc tuân thủ nghiêm ngặt các quy định trên giúp doanh nghiệp tránh rủi ro pháp lý, tối ưu hóa lợi ích ưu đãi thuế và duy trì uy tín với cơ quan nhà nước. Đồng thời, đảm bảo dòng tiền ổn định cho hoạt động kinh doanh lâu dài. Công ty Luật ACC sẵn sàng đồng hành cùng Anh/Chị để giải quyết vấn đề này một cách nhanh chóng và hiệu quả. Vui lòng liên hệ ngay để được hỗ trợ Công Ty Luật ACC.