Việc hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư ngành nghề kinh doanh có điều kiện nhưng chưa được cấp giấy phép hoạt động thì có bị từ chối hồ sơ không?

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công Ty Luật ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Điều kiện hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư

Theo quy định tại Điều 13 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024, doanh nghiệp được hoàn thuế GTGT đối với hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho dự án đầu tư mới nếu dự án đó thuộc diện được cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư (GCNĐKĐT) theo Luật Đầu tư 2025. Cụ thể, dự án phải đáp ứng các tiêu chí như tổng đầu tư từ 6.000.000.000 đồng trở lên (không bao gồm vốn nhà đầu tư nước ngoài), sử dụng công nghệ cao hoặc thuộc lĩnh vực ưu đãi đầu tư. Việc hoàn thuế nhằm hỗ trợ dòng tiền cho doanh nghiệp trong giai đoạn đầu tư ban đầu, nhưng dự án phải chứng minh tính hợp pháp và khả năng hoạt động thực tế. Nếu dự án liên quan đến ngành nghề kinh doanh có điều kiện, cơ quan thuế sẽ kiểm tra tính đầy đủ của các giấy tờ liên quan để đảm bảo dự án không vi phạm quy định pháp luật.

Xem thêm: Em muốn hỏi về thuế thu nhập cá nhân đối với nghệ sĩ và KOL, năm qua em có nhận đóng quảng cáo cho một vài nhãn hàng và họ tính thuế của em theo mức 10% trên mỗi hợp đồng, nhưng thực tế để có được những hình ảnh đó em phải thuê ekip, trang điểm, trang phục rất tốn kém, em muốn hỏi là những chi phí này có được trừ ra trước khi tính thuế không hay nhà nước chỉ tính thuế trên tổng số tiền em nhận được từ nhãn hàng mà không quan tâm đến chi phí đầu tư của em?

Yêu cầu pháp lý đối với ngành nghề kinh doanh có điều kiện

Luật Đầu tư 2025 tại Điều 7 và Phụ lục IV quy định các ngành nghề kinh doanh có điều kiện (như giáo dục, y tế, bất động sản, an ninh mạng) yêu cầu phải có giấy phép hoạt động cụ thể trước khi triển khai hoạt động kinh doanh. Nghị định 181/2025/NĐ-CP hướng dẫn thi hành Luật Đầu tư, nhấn mạnh rằng dự án đầu tư vào các ngành này phải hoàn tất thủ tục cấp giấy phép con (ví dụ: Giấy phép kinh doanh dịch vụ) sau khi có GCNĐKĐT, nhưng trước khi đưa vào hoạt động. Trong trường hợp dự án chưa được cấp giấy phép hoạt động, điều này có thể dẫn đến việc cơ quan thuế đánh giá dự án chưa đủ điều kiện để hoàn thuế GTGT, vì hoàn thuế chỉ áp dụng cho các hoạt động đầu tư hợp pháp và có triển vọng hoạt động bền vững. Doanh nghiệp cần bổ sung giấy phép này để chứng minh dự án không bị đình chỉ hoặc vô hiệu hóa theo quy định.

Rủi ro từ chối hồ sơ hoàn thuế và cách xử lý

Xem thêm: Dạ cho em hỏi là công ty em kinh doanh dịch vụ phần mềm, hiện tại bên em đang xuất khẩu phần mềm ra nước ngoài nên được áp dụng thuế suất GTGT 0%, tuy nhiên cơ quan thuế khi xuống kiểm tra lại bảo là dịch vụ của bên em không đáp ứng đủ điều kiện về tiêu dùng ngoài lãnh thổ Việt Nam vì phần mềm này vẫn có thể truy cập được từ trong nước, họ đòi truy thu 10% thuế GTGT cho toàn bộ doanh thu xuất khẩu của năm ngoái, em phải chuẩn bị những bằng chứng gì để bảo vệ quan điểm là dịch vụ xuất khẩu của mình ạ?

Hồ sơ hoàn thuế GTGT có thể bị từ chối nếu thiếu giấy phép hoạt động đối với ngành nghề kinh doanh có điều kiện, theo hướng dẫn tại Nghị định 181/2025/NĐ-CP và Thông tư hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng 2024. Cơ quan thuế sẽ kiểm tra tính hợp lệ của dự án, và nếu phát hiện dự án chưa hoàn tất thủ tục cấp phép, họ có quyền từ chối để tránh hoàn thuế cho các hoạt động tiềm ẩn rủi ro pháp lý. Trong thực tiễn, tỷ lệ từ chối có thể lên đến 30-50% đối với các hồ sơ không đầy đủ, dẫn đến doanh nghiệp phải nộp bổ sung hoặc khiếu nại. Để tránh rủi ro, doanh nghiệp nên chuẩn bị hồ sơ đầy đủ, bao gồm:

• GCNĐKĐT theo Luật Đầu tư 2020;
• Giấy phép hoạt động ngành nghề có điều kiện (nếu áp dụng);
• Tờ khai hoàn thuế GTGT và chứng từ khấu trừ theo mẫu quy định tại Luật Thuế giá trị gia tăng 2024;
• Báo cáo tình hình sử dụng vốn đầu tư và kế hoạch hoạt động dự án.

Nếu hồ sơ bị từ chối, doanh nghiệp có quyền khiếu nại theo quy định tại Luật Khiếu nại 2011 (sửa đổi, bổ sung 2020), với thời hạn 90 ngày kể từ ngày nhận quyết định từ chối.

Việc tuân thủ đầy đủ các quy định pháp luật không chỉ giúp tránh rủi ro từ chối hồ sơ mà còn đảm bảo dòng tiền ổn định cho dự án đầu tư, giảm thiểu chi phí phát sinh từ khiếu nại hoặc phạt hành chính (từ 2.000.000 đồng đến 50.000.000 đồng theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP về xử phạt vi phạm hành chính thuế). Đồng thời, điều này góp phần nâng cao uy tín doanh nghiệp trước cơ quan nhà nước. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công Ty Luật ACC.