Mình nộp quyết toán qua mạng nhưng hệ thống báo lỗi dữ liệu không khớp với cơ quan chi trả, trong khi chứng từ khấu trừ đầy đủ, vậy phải xử lý thế nào để không bị kéo dài thời gian hoàn thuế?

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công Ty Luật ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Nguyên nhân phổ biến dẫn đến dữ liệu không khớp chứng từ

Dữ liệu không khớp chứng từ thường xảy ra trong quá trình khai báo thuế giá trị gia tăng (VAT) hoặc hoàn thuế, chẳng hạn như số liệu trên tờ khai thuế không trùng khớp với hóa đơn đầu vào, chứng từ khấu trừ hoặc dữ liệu từ hệ thống điện tử của cơ quan thuế. Theo Điều 47 Luật Quản lý thuế 2019, tình trạng này có thể dẫn đến từ chối hoàn thuế nếu không được khắc phục kịp thời, gây chậm trễ trong việc nhận lại số tiền thuế đã nộp thừa. Các nguyên nhân chính bao gồm lỗi nhập liệu, hóa đơn không hợp lệ hoặc chậm cập nhật dữ liệu từ nhà cung cấp vào hệ thống Tổng cục Thuế.

Các bước xử lý để tránh chậm hoàn thuế

Để khắc phục dữ liệu không khớp và đảm bảo quy trình hoàn thuế diễn ra suôn sẻ, doanh nghiệp cần thực hiện theo quy trình sau, dựa trên Nghị định 126/2020/NĐ-CP về quản lý thuế (sửa đổi bởi Nghị định 41/2022/NĐ-CP) và Thông tư 80/2021/TT-BTC hướng dẫn hoàn thuế.

Bước 1: Kiểm tra và xác minh dữ liệu

Doanh nghiệp tự kiểm tra chéo giữa dữ liệu trên tờ khai thuế điện tử (qua hệ thống iHTKK hoặc eTax) với chứng từ gốc như hóa đơn GTGT, biên lai khấu trừ thuế. Nếu phát hiện sai sót, lập biên bản nội bộ ghi nhận sự không khớp, kèm theo bằng chứng như ảnh chụp hoặc file scan chứng từ. Việc này giúp xác định nguyên nhân cụ thể, tránh lặp lại lỗi và chuẩn bị cơ sở pháp lý khi cơ quan thuế yêu cầu giải trình, theo quy định tại Điều 50 Luật Quản lý thuế 2019.

Bước 2: Điều chỉnh và bổ sung tờ khai

Nộp tờ khai bổ sung theo mẫu 01/HT-TNCN hoặc tương ứng cho thuế VAT qua cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế trong thời hạn 10 ngày kể từ khi phát hiện sai sót, theo Điều 47 khoản 3 Luật Quản lý thuế 2019. Kèm theo hồ sơ điều chỉnh bao gồm:

• Bản sao chứng từ gốc (hóa đơn, hợp đồng).
• Giải trình lý do không khớp và biện pháp khắc phục.
• Dữ liệu cập nhật từ hệ thống hóa đơn điện tử.

Nếu chậm nộp, có thể bị phạt từ 2.000.000 đồng đến 25.000.000 đồng theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực thuế.

Bước 3: Nộp hồ sơ hoàn thuế và theo dõi

Sau khi điều chỉnh, nộp hồ sơ hoàn thuế theo quy định tại Điều 60 Thông tư 80/2021/TT-BTC, bao gồm:

• Đơn đề nghị hoàn thuế (mẫu 01/ĐNHT).
• Tờ khai thuế bổ sung đã điều chỉnh.
• Chứng từ chứng minh số thuế nộp thừa (sổ sách kế toán, biên bản đối chiếu công nợ).

Cơ quan thuế sẽ xử lý trong 40 ngày (hoàn thuế thông thường) hoặc 60 ngày (hoàn thuế lớn), theo Luật Quản lý thuế 2019. Doanh nghiệp theo dõi tiến độ qua tài khoản eTax để kịp thời bổ sung nếu cần, tránh chậm trễ dẫn đến lãi chậm nộp 0,03%/ngày trên số tiền hoàn.

Lưu ý về trách nhiệm và hậu quả

Doanh nghiệp cần lưu trữ chứng từ đầy đủ ít nhất 10 năm theo Điều 47 Luật Quản lý thuế 2019 để hỗ trợ kiểm tra sau. Nếu dữ liệu không khớp do lỗi cố ý, có thể bị truy thu thuế và phạt từ 20% đến 100% số tiền trốn thuế, theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP. Việc xử lý kịp thời không chỉ tránh chậm hoàn mà còn giảm rủi ro kiểm tra định kỳ từ cơ quan thuế.

Việc tuân thủ đúng quy trình giúp doanh nghiệp nhận hoàn thuế nhanh chóng, tối ưu dòng tiền và tránh các khoản phạt không đáng có. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công Ty Luật ACC.