Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công Ty Luật ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.
Điều kiện khấu trừ và hoàn thuế trong hoạt động cộng tác giữa hai công ty
Theo quy định tại Luật số 37/2006/QH11 về Thuế thu nhập doanh nghiệp (đã được sửa đổi, bổ sung), khi hai công ty thực hiện hoạt động cộng tác (hợp tác kinh doanh, chia sẻ doanh thu hoặc chi phí), các khoản chi phí hợp lý, hợp lệ chỉ được khấu trừ khi có chứng từ đầy đủ chứng minh giao dịch thực tế. Nếu không khấu trừ thuế tại nguồn (ví dụ: thuế thu nhập cá nhân hoặc thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ), doanh nghiệp vẫn phải kê khai và nộp thuế đầy đủ. Việc hoàn thuế thu nhập doanh nghiệp chỉ áp dụng cho trường hợp nộp thừa, với điều kiện doanh nghiệp có lỗ lũy kế hoặc đầu tư dự án mới, và phải tuân thủ nguyên tắc minh bạch chứng từ để tránh rủi ro kiểm tra thuế.
Đối với thuế giá trị gia tăng (GTGT), Nghị định số 181/2025/NĐ-CP của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật Thuế GTGT, hoạt động cộng tác giữa hai công ty được coi là giao dịch nội bộ nếu không phát sinh hóa đơn riêng. Nếu không khấu trừ thuế đầu vào (do thiếu chứng từ hợp lệ), việc hoàn thuế GTGT chỉ thực hiện khi số thuế đầu vào lớn hơn đầu ra và doanh nghiệp đáp ứng điều kiện xuất khẩu hoặc dự án đầu tư ưu đãi. Trong trường hợp này, hoàn thuế luôn yêu cầu chứng từ để chứng minh khoản thuế đã nộp thừa, tránh tình trạng lạm dụng hoàn thuế.
Chứng từ cần thiết cho việc hoàn thuế
Việc hoàn thuế (cả thuế thu nhập doanh nghiệp và GTGT) trong hoạt động cộng tác giữa hai công ty bắt buộc phải có chứng từ đầy đủ, ngay cả khi không khấu trừ thuế tại nguồn. Các chứng từ chính bao gồm:
- Hóa đơn GTGT hoặc chứng từ tương đương chứng minh giao dịch cộng tác (theo Nghị định 181/2025/NĐ-CP), phải ghi rõ nội dung hợp tác, giá trị giao dịch và thuế suất áp dụng.
- Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt (chuyển khoản ngân hàng, ủy nhiệm chi) để chứng minh chi phí thực tế, theo quy định tại Điều 6 Luật số 37/2006/QH11.
- Tờ khai thuế hàng quý/tháng và quyết toán thuế năm, kèm biên lai nộp thuế chứng minh số tiền đã nộp thừa (theo mẫu quy định tại Thông tư hướng dẫn thi hành các luật thuế liên quan).
- Hợp đồng cộng tác giữa hai công ty, nêu rõ trách nhiệm thuế và phân chia doanh thu/chi phí, để làm cơ sở pháp lý cho việc kê khai khấu trừ hoặc hoàn thuế.
- Báo cáo tài chính kiểm toán (nếu doanh nghiệp lớn) hoặc sổ sách kế toán chứng minh lỗ lũy kế dẫn đến hoàn thuế thu nhập doanh nghiệp.
Nếu thiếu chứng từ, cơ quan thuế sẽ từ chối hoàn thuế và có thể áp dụng phạt chậm nộp từ 0,03%/ngày trên số tiền hoàn (tối thiểu 2.000.000 đồng), theo quy định tại Luật Quản lý thuế 2019.
Quy trình hoàn thuế khi không khấu trừ
Vì hoạt động cộng tác thường liên quan đến thủ tục hoàn thuế GTGT hoặc thu nhập doanh nghiệp, quy trình được thực hiện theo các bước sau để đảm bảo tính hợp lệ chứng từ:
Bước 1: Kê khai và nộp hồ sơ tạm thời
Doanh nghiệp lập tờ khai hoàn thuế theo mẫu 01/HT-GTGT (cho GTGT) hoặc 01/HT-TNDN (cho thu nhập doanh nghiệp), kèm chứng từ giao dịch cộng tác và biên lai nộp thuế thừa. Hồ sơ nộp tại Chi cục Thuế quản lý trong vòng 30 ngày kể từ khi phát hiện nộp thừa, theo Nghị định 181/2025/NĐ-CP. Bước này giúp cơ quan thuế xác nhận số dư thuế có thể hoàn.
Bước 2: Kiểm tra và xác minh chứng từ
Cơ quan thuế kiểm tra hồ sơ trong 40 ngày (GTGT) hoặc 60 ngày (thu nhập doanh nghiệp), yêu cầu bổ sung nếu chứng từ cộng tác thiếu (ví dụ: hợp đồng không rõ ràng). Doanh nghiệp phải cung cấp thêm sổ sách kế toán để chứng minh không khấu trừ là hợp lý, tránh trường hợp bị coi là trốn thuế.
Bước 3: Quyết định hoàn thuế và nhận tiền
Nếu hồ sơ hợp lệ, Cục Thuế ban hành quyết định hoàn thuế trong 10 ngày sau kiểm tra, chuyển khoản hoàn vào tài khoản doanh nghiệp. Nếu từ chối, doanh nghiệp có quyền khiếu nại theo Luật Khiếu nại 2011. Toàn bộ quy trình đảm bảo chứng từ là yếu tố quyết định, theo Luật số 37/2006/QH11.
Giới thiệu về dịch vụ Thuế tại Công ty Luật ACC
ACC cung cấp dịch vụ liên quan đến thuế đa dạng , từ những việc vận hành hàng ngày đến các vấn đề pháp lý phức tạp.
Giải pháp Thuế toàn diện cho Doanh nghiệp:
– Tư vấn Thuế chuyên sâu: Cập nhật và áp dụng chuẩn xác các quy định về VAT, TNDN, TNCN, giúp doanh nghiệp luôn đi đúng luật.
– Đại diện làm việc với Cơ quan Thuế: Thay mặt doanh nghiệp giải trình, bảo vệ quyền lợi tối đa trong các đợt thanh tra, kiểm tra thuế.
– Hoàn thuế nhanh gọn: Xử lý hồ sơ hoàn thuế GTGT, dự án đầu tư chuyên nghiệp, giúp khơi thông dòng tiền bị ứ đọng.
– Tối ưu hóa số thuế phải nộp: Vận dụng thông minh các chính sách miễn, giảm và ưu đãi thuế để tiết kiệm chi phí hợp pháp.
💎 Tại sao chọn Luật ACC?
– Bảo vệ doanh nghiệp an toàn tuyệt đối trước rủi ro hậu kiểm.
– Đội ngũ chuyên gia xử lý hồ sơ quyết liệt, bám sát địa phương.
– Chi phí minh bạch: Hiệu quả vượt trội so với mức đầu tư.
Tuân thủ quy định về chứng từ giúp doanh nghiệp tránh phạt hành chính (từ 20% đến 100% số thuế trốn) và tối ưu hóa dòng tiền từ hoàn thuế. Việc chuẩn bị hồ sơ đầy đủ còn hỗ trợ minh bạch trong kiểm toán sau này. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công Ty Luật ACC.
Để lại một bình luận