Doanh nghiệp FDI của em vừa nhập dây chuyền sản xuất, khai sai mã HS code nên thuế nhập khẩu bị tính cao hơn. Giờ phát hiện, có được hoàn lại phần chênh lệch không, hay mất luôn ạ?

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công Ty Luật ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Điều kiện hoàn thuế phần chênh lệch thuế nhập khẩu

Theo quy định tại Luật Quản lý thuế 2019, doanh nghiệp được hoàn thuế nếu chứng minh được đã nộp thừa thuế do khai sai mã HS code dẫn đến tính thuế suất cao hơn mức thực tế áp dụng. Cụ thể, Điều 60 của Luật này quy định nguyên tắc hoàn thuế đối với các khoản thu ngân sách nhà nước, bao gồm trường hợp nộp thừa phát sinh từ sai sót trong khai báo hải quan. Nghị định số 126/2020/NĐ-CP ngày 19/10/2020 của Chính phủ (Điều 28) hướng dẫn chi tiết, yêu cầu doanh nghiệp phải phát hiện và tự giác kê khai điều chỉnh trong thời hạn 10 năm kể từ ngày hết hạn nộp hồ sơ khai thuế. Trường hợp của doanh nghiệp FDI nhập dây chuyền sản xuất, nếu mã HS code đúng phải chịu thuế suất thấp hơn (ví dụ: từ 10% xuống 5%), phần chênh lệch sẽ được xem xét hoàn nếu không có yếu tố trốn thuế cố ý. Cơ quan thuế sẽ kiểm tra tính chính xác của mã HS code mới dựa trên mô tả hàng hóa và các tài liệu chứng minh.

Hồ sơ hoàn thuế

Để yêu cầu hoàn phần chênh lệch thuế, doanh nghiệp cần chuẩn bị hồ sơ đầy đủ theo Điều 29 Nghị định 126/2020/NĐ-CP, bao gồm:

• Văn bản đề nghị hoàn thuế (theo mẫu số 01/HT ban hành kèm Nghị định), nêu rõ lý do khai sai mã HS code và số tiền chênh lệch cụ thể.
• Bản sao tờ khai hải quan đã quyết toán, kèm chứng từ nộp thuế nhập khẩu gốc.
• Tài liệu chứng minh mã HS code đúng (như giấy chứng nhận xuất xứ, hợp đồng mua bán, catalog sản phẩm dây chuyền sản xuất, và ý kiến tham vấn mã HS từ Tổng cục Hải quan nếu có).
• Báo cáo điều chỉnh khai thuế (theo mẫu 01/KK), chứng minh số thuế nộp thừa.
• Các chứng từ liên quan khác như biên bản kiểm tra hàng hóa hoặc xác nhận từ cơ quan hải quan về sai sót.

Quy trình hoàn thuế

Quy trình hoàn thuế được thực hiện theo các bước sau, tuân thủ Điều 30 đến Điều 35 Nghị định 126/2020/NĐ-CP và Luật Quản lý thuế 2019, nhằm đảm bảo tính minh bạch và kịp thời cho doanh nghiệp FDI.

Bước 1: Chuẩn bị và nộp hồ sơ

Doanh nghiệp tự kiểm tra, điều chỉnh khai thuế tại Chi cục Hải quan nơi đăng ký tờ khai (hoặc Cục Hải quan tỉnh/thành phố). Nộp hồ sơ hoàn thuế trực tiếp hoặc qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế trong vòng 3 năm kể từ ngày phát hiện sai sót, nhưng không quá 10 năm từ hạn nộp thuế gốc. Cơ quan hải quan sẽ tiếp nhận và cấp giấy biên nhận trong vòng 3 ngày làm việc. Việc này giúp tránh phạt chậm nộp điều chỉnh, vốn có thể lên đến 20% số thuế chênh lệch nếu chậm trễ.

Bước 2: Xử lý hồ sơ và kiểm tra

Cơ quan thuế có 40 ngày (đối với hoàn thuế dưới 100 triệu đồng) hoặc 60 ngày (trên 100 triệu đồng) để kiểm tra hồ sơ, xác minh mã HS code mới qua hệ thống quản lý rủi ro hải quan. Nếu cần, họ sẽ tổ chức kiểm tra thực tế hàng hóa hoặc yêu cầu bổ sung tài liệu trong 10 ngày. Doanh nghiệp phải phối hợp cung cấp thông tin để tránh từ chối hoàn thuế. Trong trường hợp phát hiện sai sót không cố ý, không áp dụng phạt vi phạm hành chính theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP.

Bước 3: Quyết định hoàn thuế và thực hiện

Sau kiểm tra, cơ quan thuế ban hành quyết định hoàn thuế bằng văn bản, kèm số tiền cụ thể (ví dụ: chênh lệch 500.000.000 đồng). Hoàn thuế được thực hiện trong 30 ngày kể từ quyết định, ưu tiên hoàn trực tiếp vào tài khoản ngân hàng của doanh nghiệp. Nếu từ chối, doanh nghiệp có quyền khiếu nại theo Điều 114 Luật Quản lý thuế. Toàn bộ quy trình không phát sinh phí nộp hồ sơ, nhưng nếu có chậm trễ từ phía cơ quan nhà nước, doanh nghiệp được bù đắp lãi chậm hoàn theo mức lãi suất ngân hàng.

Việc tuân thủ đúng quy định không chỉ giúp doanh nghiệp FDI thu hồi vốn nhanh chóng mà còn tránh rủi ro pháp lý lâu dài, duy trì uy tín kinh doanh tại Việt Nam. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công Ty Luật ACC.