Mọi người ơi, công ty em được cấp giấy phép đầu tư, có ưu đãi miễn thuế TNDN 4 năm đầu, nhưng em không biết phải làm thủ tục gì để hưởng ưu đãi, ai chỉ giúp em với ạ?

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công Ty Luật ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Điều kiện hưởng ưu đãi miễn thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) 4 năm đầu

Theo quy định tại Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 67/2025/QH15 (hiệu lực từ 01/10/2025, áp dụng cho kỳ tính thuế năm 2025 trở đi) và Nghị định số 320/2025/NĐ-CP ngày 15/12/2025 hướng dẫn thi hành, ưu đãi miễn thuế TNDN tối đa 4 năm (và giảm 50% số thuế phải nộp tối đa 9 năm tiếp theo) áp dụng cho các dự án đầu tư mới thuộc diện ưu đãi cao nhất. Doanh nghiệp phải đáp ứng đầy đủ các điều kiện sau:

• Dự án đầu tư mới phải thuộc một trong các trường hợp ưu đãi cao tại Điều 13 Luật Thuế TNDN 2025, bao gồm:

• Lĩnh vực công nghệ cao, nghiên cứu phát triển công nghệ, ứng dụng công nghệ cao, công nghệ số, năng lượng tái tạo/clean.
• Dự án hạ tầng quan trọng (sân bay, cảng biển, đường sắt, hệ thống điện-nước…).
• Dự án quy mô lớn (vốn tối thiểu theo quy định, thường từ hàng nghìn tỷ đồng) hoặc có tác động lan tỏa mạnh về kinh tế-xã hội.
• Địa bàn ưu đãi đặc biệt (khu kinh tế, khu công nghệ cao, khu công nghệ số tập trung, địa bàn khó khăn/đặc biệt khó khăn).

• Dự án phải được cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư (hoặc văn bản chấp thuận chủ trương đầu tư) xác nhận thuộc diện ưu đãi thuế (theo Luật Đầu tư 2020).
• Thu nhập chịu thuế phải phát sinh trực tiếp từ hoạt động của dự án ưu đãi; doanh nghiệp phải hạch toán riêng thu nhập ưu đãi và không ưu đãi (nếu không hạch toán riêng được thì xác định theo tỷ lệ doanh thu/chi phí).
• Doanh nghiệp thực hiện đúng chế độ kế toán, hóa đơn chứng từ và kê khai nộp thuế theo phương pháp khấu trừ.
• Không thuộc các trường hợp bị loại trừ ưu đãi (ví dụ: chuyển nhượng dự án bất động sản không phục vụ sản xuất kinh doanh ưu đãi, vi phạm pháp luật đầu tư, hoặc dự án kế thừa từ sáp nhập/chia tách không đáp ứng điều kiện mới).

Quy trình thủ tục để hưởng ưu đãi

Quy trình thủ tục để hưởng ưu đãi miễn/giảm thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN)

Theo Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 67/2025/QH15 (hiệu lực từ 01/10/2025, áp dụng cho kỳ tính thuế năm 2025 trở đi) và Nghị định số 320/2025/NĐ-CP ngày 15/12/2025 hướng dẫn thi hành, việc hưởng ưu đãi thuế TNDN (bao gồm miễn thuế tối đa 4 năm và giảm 50% số thuế phải nộp tối đa 9 năm tiếp theo) không yêu cầu thủ tục đăng ký riêng biệt hoặc xác nhận trước từ cơ quan thuế. Ưu đãi được áp dụng trực tiếp khi doanh nghiệp đáp ứng điều kiện và tự kê khai đúng quy định. Doanh nghiệp chịu trách nhiệm chứng minh khi cơ quan thuế kiểm tra, thanh tra hoặc quyết toán.

Bước 1: Xác định điều kiện hưởng ưu đãi và chuẩn bị chứng từ

• Rà soát Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư (hoặc văn bản chấp thuận chủ trương đầu tư) để xác định dự án thuộc diện ưu đãi cao (công nghệ cao, hạ tầng quan trọng, quy mô lớn, địa bàn khó khăn/đặc biệt khó khăn theo Nghị định 320/2025/NĐ-CP).
• Thu thập chứng từ chứng minh: Hạch toán riêng thu nhập từ dự án ưu đãi (nếu không hạch toán riêng được thì xác định theo tỷ lệ doanh thu/chi phí hợp lý).
• Đảm bảo thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn chứng từ và kê khai thuế theo phương pháp khấu trừ (Điều 18 Luật Thuế TNDN 2025).
• Nếu dự án thay đổi (mở rộng, chuyển nhượng), báo cáo cơ quan đăng ký đầu tư để điều chỉnh giấy chứng nhận, tránh mất ưu đãi.

Bước 2: Kê khai tạm tính thuế TNDN hàng quý

• Trong tờ khai tạm tính thuế TNDN quý (mẫu 01A/TNDN hoặc tương đương), tự áp dụng ưu đãi bằng cách kê khai riêng thu nhập ưu đãi và tính miễn/giảm thuế tương ứng.
• Không cần gửi hồ sơ riêng cho ưu đãi tại bước này.

Bước 3: Kê khai và quyết toán thuế TNDN hàng năm

• Nộp tờ khai quyết toán thuế TNDN (mẫu 03/TNDN) chậm nhất ngày cuối cùng của tháng thứ 3 sau năm tài chính (ví dụ: năm 2025 nộp trước 31/03/2026).
• Kê khai riêng thu nhập từ dự án ưu đãi tại các phụ lục kèm theo:

• Phụ lục ưu đãi thuế TNDN đối với dự án đầu tư mới (mẫu 03-3A/TNDN hoặc các mẫu liên quan theo hướng dẫn mới nhất từ Bộ Tài chính).
• Ghi chú rõ mức miễn/giảm thuế áp dụng.

• Cơ quan thuế sẽ kiểm tra và xác nhận ưu đãi trong quá trình quyết toán hoặc thanh tra. Nếu sai sót, doanh nghiệp phải điều chỉnh và nộp bổ sung (có thể bị phạt chậm nộp theo Luật Quản lý thuế 2019).

Bước 4: Lưu trữ hồ sơ và báo cáo khi cần

• Lưu trữ toàn bộ hồ sơ liên quan (Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, báo cáo tài chính, chứng từ hạch toán riêng) ít nhất 10 năm để phục vụ thanh tra.
• Nếu có thay đổi dự án (mở rộng, chuyển địa điểm), báo cáo bổ sung cho cơ quan thuế để duy trì ưu đãi liên tục.
• Thời gian hưởng ưu đãi tính từ năm đầu tiên có thu nhập chịu thuế (hoặc từ năm thứ 4 nếu chưa có thu nhập trong 3 năm đầu có doanh thu).

Hồ sơ cần chuẩn bị

Để thực hiện thủ tục, doanh nghiệp cần chuẩn bị các tài liệu sau theo quy định tại Nghị định số 320/2025/NĐ-CP:

• Bản sao Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc Giấy phép đầu tư (có xác nhận của cơ quan cấp).
• Quyết định phê duyệt dự án đầu tư từ cơ quan có thẩm quyền (nếu áp dụng).
• Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh và đăng ký thuế.
• Báo cáo tình hình thực hiện dự án (nếu yêu cầu bổ sung từ cơ quan thuế).
• Tờ khai đăng ký ưu đãi thuế (theo mẫu của Tổng cục Thuế).

Hồ sơ nộp bản chính hoặc bản sao công chứng, kèm theo đơn đề nghị đăng ký ưu đãi.

Việc tuân thủ đúng quy trình giúp doanh nghiệp tránh rủi ro truy thu thuế, tối ưu hóa chi phí và tận dụng tối đa ưu đãi đầu tư. Đồng thời, đảm bảo tính minh bạch trong quản lý tài chính, góp phần vào sự phát triển bền vững của dự án. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công Ty Luật ACC.