Cá nhân tôi trong năm vừa rồi làm việc tại hai công ty khác nhau và cả hai nơi đều khấu trừ thuế theo biểu lũy tiến, khi cộng lại thì số thuế đã nộp khá cao, vậy khi quyết toán có thể được hoàn lại phần nộp thừa không?

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công Ty Luật ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Điều kiện hoàn thuế thu nhập doanh nghiệp

Theo quy định tại Nghị định 320/2025/NĐ-CP và Thông tư 78/2014/TT-BTC hướng dẫn thi hành, doanh nghiệp được hoàn thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) nếu sau khi quyết toán thuế phát sinh số thuế nộp thừa. Cụ thể, số thuế nộp thừa bao gồm phần tạm nộp trong kỳ hoặc các khoản khấu trừ, khấu hao vượt quá số thuế phải nộp thực tế theo tờ khai quyết toán.

Tuy nhiên, các văn bản này không quy định trực tiếp về trường hợp hai công ty cùng thực hiện khấu trừ thuế lũy tiến (thường áp dụng cho thuế thu nhập cá nhân, trong khi TNDN áp dụng mức thuế suất cố định 20%). Do đó, nếu hai công ty là các thực thể độc lập cùng tạm nộp thuế TNDN cho một giao dịch hoặc dự án chung, việc hoàn thừa sẽ được xem xét dựa trên nguyên tắc chung: tổng số tạm nộp vượt quá nghĩa vụ thuế thực tế sau quyết toán. Doanh nghiệp cần chứng minh được số nộp thừa thông qua hồ sơ kế toán và quyết toán thuế, đồng thời không thuộc các trường hợp bị từ chối hoàn như đang có nợ thuế hoặc vi phạm hành chính về thuế.

Áp dụng cho trường hợp hai công ty cùng khấu trừ

Trong tình huống hai công ty cùng khấu trừ (tạm nộp) thuế, nếu chúng là các bên liên quan (ví dụ: công ty mẹ-con hoặc đối tác hợp đồng), số thuế nộp thừa có thể được hoàn cho một bên đại diện sau khi tổng hợp quyết toán, theo Nghị định 320/2025/NĐ-CP. Nếu hai công ty độc lập, mỗi bên phải tự quyết toán và yêu cầu hoàn riêng lẻ nếu phát sinh thừa, trừ khi có thỏa thuận ủy quyền hoặc hợp nhất hồ sơ. Lưu ý rằng thuế TNDN không áp dụng cơ chế lũy tiến như thuế thu nhập cá nhân, nên "khấu trừ thuế lũy tiến" ở đây có thể ám chỉ tạm nộp theo tiến độ dự án. Việc hoàn thừa chỉ được thực hiện nếu tổng tạm nộp (từ cả hai công ty) vượt quá thu nhập chịu thuế sau khi trừ chi phí hợp lý, và không bị khấu trừ vào các khoản nợ thuế khác. Nếu không chứng minh được mối liên hệ giữa hai công ty, cơ quan thuế có thể từ chối hoàn chung, dẫn đến mỗi bên chỉ được hoàn phần thừa riêng.

Quy trình yêu cầu hoàn thuế TNDN

Bước 1: Chuẩn bị hồ sơ quyết toán thuế

Doanh nghiệp tiến hành quyết toán thuế TNDN hàng năm theo quy định tại Thông tư 78/2014/TT-BTC, bao gồm lập tờ khai quyết toán (mẫu 03/TNDN) và xác định số thuế nộp thừa. Hồ sơ cần bao gồm báo cáo tài chính, sổ sách kế toán chứng minh thu nhập chịu thuế và tạm nộp, đặc biệt là tài liệu chứng minh khấu trừ từ hai công ty (hợp đồng, biên bản tạm nộp). Thời hạn quyết toán là 90 ngày kể từ ngày kết thúc năm tài chính.

Bước 2: Nộp hồ sơ yêu cầu hoàn thuế

Sau quyết toán, nếu phát sinh thừa, nộp hồ sơ hoàn thuế tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp theo Điều 60 Luật Quản lý thuế 2019. Hồ sơ bao gồm:

• Tờ khai hoàn thuế (mẫu 01/HT-TNDN).
• Quyết toán thuế TNDN và các chứng từ tạm nộp từ hai công ty.
• Giấy ủy quyền nếu một bên đại diện nộp thay.

Cơ quan thuế kiểm tra trong 40 ngày (hoàn nhanh) hoặc 60 ngày (hoàn thường), và hoàn tiền trực tiếp vào tài khoản ngân hàng nếu đủ điều kiện.

Bước 3: Theo dõi và nhận hoàn thuế

Doanh nghiệp theo dõi tiến trình qua cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế. Nếu bị từ chối, có quyền khiếu nại theo Luật Khiếu nại 2011. Trường hợp hai công ty cùng khấu trừ, cần phối hợp cung cấp thêm chứng cứ liên kết để tránh chậm trễ, với mức lãi chậm hoàn là 0,03%/ngày theo Điều 59 Luật Quản lý thuế.

Tuân thủ quy trình hoàn thuế giúp doanh nghiệp tránh các khoản phạt hành chính từ 20% đến 100% số thuế nộp thiếu (theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP), đồng thời đảm bảo dòng tiền ổn định và tối ưu hóa chi phí thuế. Việc áp dụng đúng quy định cũng giảm rủi ro kiểm tra sau từ cơ quan thuế, bảo vệ quyền lợi kinh doanh lâu dài. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công Ty Luật ACC.