Công ty em làm hồ sơ hoàn thuế GTGT bị cơ quan thuế từ chối do hồ sơ thiếu chứng từ thanh toán, có cách nào bổ sung và xin lại không ạ?

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công Ty Luật ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Quy định về chứng từ thanh toán trong hồ sơ hoàn thuế GTGT

Theo quy định tại Khoản 3 Điều 15 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31 tháng 12 năm 2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng, để được hoàn thuế GTGT, doanh nghiệp phải cung cấp đầy đủ chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với các hóa đơn GTGT có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên (trừ trường hợp đặc biệt được quy định). Việc thiếu chứng từ này là cơ sở phổ biến dẫn đến từ chối hoàn thuế, theo Điều 60 Luật Quản lý thuế 2019. Nghị định số 101/2014/NĐ-CP ngày 30 tháng 10 năm 2014 của Chính phủ cũng quy định chi tiết về việc kiểm tra, xác minh hồ sơ hoàn thuế, nhấn mạnh yêu cầu chứng từ thanh toán phải hợp lệ, kịp thời và phù hợp với hóa đơn.

Các trường hợp được bổ sung chứng từ thanh toán

Doanh nghiệp có quyền bổ sung chứng từ thanh toán nếu chúng được thực hiện sau khi lập hóa đơn nhưng trước thời điểm cơ quan thuế ra quyết định từ chối hoàn thuế, miễn là chứng từ chứng minh giao dịch thực tế và không vi phạm thời hạn kê khai. Cụ thể:

• Chứng từ thanh toán phải là lệnh chuyển khoản ngân hàng, ủy nhiệm chi hoặc các hình thức không dùng tiền mặt khác, theo Khoản 3 Điều 15 Thông tư 219/2013/TT-BTC.
• Nếu chứng từ ban đầu thiếu do lỗi kỹ thuật hoặc chậm trễ, doanh nghiệp có thể bổ sung sao cho tổng giá trị thanh toán khớp với hóa đơn GTGT.
• Không được bổ sung nếu giao dịch đã hết thời hiệu kê khai (thường 10 năm theo Điều 110 Bộ luật Dân sự 2015) hoặc chứng từ giả mạo, dẫn đến xử phạt vi phạm hành chính từ 20% đến 100% số tiền thuế theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP.

Quy trình bổ sung hồ sơ và xin hoàn thuế lại

Việc bổ sung và nộp lại hồ sơ hoàn thuế được thực hiện theo quy trình sau, dựa trên Điều 60 Luật Quản lý thuế (sửa đổi bởi Luật 106/2016/QH13) và Điều 18 Nghị định 101/2014/NĐ-CP, nhằm đảm bảo tính minh bạch và kịp thời.

Bước 1: Chuẩn bị chứng từ bổ sung

Doanh nghiệp thu thập và hoàn thiện chứng từ thanh toán thiếu, bao gồm sao y công chứng lệnh chuyển khoản ngân hàng hoặc biên lai thanh toán. Đảm bảo chứng từ có đầy đủ thông tin người bán, người mua, số tiền, ngày tháng khớp với hóa đơn GTGT. Nếu cần, yêu cầu ngân hàng xác nhận giao dịch để tăng tính pháp lý, tránh tranh chấp sau này.

Bước 2: Soạn văn bản bổ sung hồ sơ

Lập văn bản đề nghị bổ sung hồ sơ hoàn thuế, nêu rõ lý do thiếu chứng từ ban đầu (ví dụ: chậm thanh toán do đối tác), liệt kê các chứng từ mới đính kèm và trích dẫn cơ sở pháp lý (Thông tư 219/2013/TT-BTC). Văn bản phải được ký bởi người đại diện pháp luật của doanh nghiệp, kèm theo bản sao quyết định từ chối hoàn thuế trước đó.

Bước 3: Nộp hồ sơ bổ sung đến cơ quan thuế

Nộp trực tiếp hoặc qua hệ thống điện tử iHTKK tại cơ quan Thuế quản lý trực tiếp, trong thời hạn 10 ngày kể từ khi nhận quyết định từ chối (theo Điều 60 Luật Quản lý thuế). Hồ sơ bao gồm:

• Văn bản đề nghị bổ sung.
• Chứng từ thanh toán gốc hoặc sao y.
• Hóa đơn GTGT liên quan (bản sao nếu đã nộp trước).
• Giấy ủy quyền nếu ủy thác nộp.

Cơ quan thuế sẽ kiểm tra trong 3-5 ngày làm việc và thông báo kết quả; nếu chấp nhận, tiến hành hoàn thuế theo quy trình thông thường.

Bước 4: Theo dõi và khiếu nại nếu cần

Nếu cơ quan thuế tiếp tục từ chối, doanh nghiệp có quyền khiếu nại lần đầu trong 30 ngày theo Điều 101 Luật Quản lý thuế. Theo dõi tiến trình qua cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế để đảm bảo không chậm trễ, tránh phát sinh lãi chậm nộp nếu có hoàn thuế sau.

Việc tuân thủ đúng quy định giúp doanh nghiệp tránh rủi ro bị truy thu thuế, phạt hành chính và duy trì dòng tiền ổn định. Đồng thời, nâng cao uy tín với cơ quan thuế, tạo điều kiện thuận lợi cho các hồ sơ hoàn thuế sau. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công Ty Luật ACC.