Tôi đang thắc mắc là nếu hồ sơ hoàn thuế đã được nộp và đang trong quá trình xử lý nhưng sau đó phát hiện thiếu chứng từ khấu trừ thuế thì có thể bổ sung hồ sơ hay phải hủy và nộp lại từ đầu?

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công Ty Luật ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Điều kiện bổ sung chứng từ khấu trừ trong hồ sơ hoàn thuế

Theo quy định tại Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025, hồ sơ hoàn thuế thu nhập doanh nghiệp phải bao gồm đầy đủ các chứng từ chứng minh số thuế đã nộp thừa hoặc các khoản khấu trừ hợp pháp. Nếu hồ sơ ban đầu thiếu chứng từ khấu trừ (như hóa đơn, chứng từ chi phí hợp lý), người nộp thuế vẫn có thể bổ sung sau, miễn là đáp ứng các điều kiện sau:

• Việc bổ sung phải được thực hiện trong thời hạn quy định của cơ quan thuế, thường là trong quá trình kiểm tra hồ sơ hoặc trước khi quyết định hoàn thuế được ban hành.
• Chứng từ khấu trừ phải là hợp pháp, hợp lệ, chưa từng sử dụng cho mục đích khác và liên quan trực tiếp đến kỳ tính thuế yêu cầu hoàn.
• Không áp dụng bổ sung nếu hồ sơ đã được cơ quan thuế từ chối hoàn thuế do vi phạm nghiêm trọng hoặc hết thời hiệu hoàn thuế (thường là 2 năm kể từ ngày hết hạn nộp hồ sơ quyết toán).

Nghị định số 126/2020/NĐ-CP quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý thuế tại Điều 60 và Điều 61 cho phép bổ sung hồ sơ hoàn thuế trong các trường hợp thiếu sót, nhằm đảm bảo quyền lợi của người nộp thuế mà không làm chậm trễ thủ tục.

Hồ sơ cần bổ sung

Khi bổ sung chứng từ khấu trừ, người nộp thuế cần chuẩn bị các tài liệu sau để đảm bảo tính đầy đủ và hợp lệ:

• Bản sao chứng từ khấu trừ gốc (hóa đơn GTGT, biên lai khấu trừ thuế, hợp đồng liên quan) kèm dấu xác nhận của bên thứ ba nếu cần.
• Giấy đề nghị bổ sung hồ sơ hoàn thuế theo mẫu quy định tại Phụ lục của Nghị định 126/2020/NĐ-CP.
• Bảng kê chi tiết các khoản khấu trừ thiếu, giải trình lý do bổ sung muộn (nếu có).
• Các tài liệu chứng minh tính hợp pháp của chứng từ, như báo cáo tài chính hoặc sổ sách kế toán liên quan đến kỳ hoàn thuế.

Lưu ý rằng tất cả chứng từ phải được lưu trữ điện tử hoặc bản giấy theo quy định tại Luật Quản lý thuế 2019, và cơ quan thuế có quyền kiểm tra tính xác thực.

Quy trình bổ sung chứng từ khấu trừ

Quy trình bổ sung được thực hiện theo các bước sau để đảm bảo tuân thủ pháp luật và tránh rủi ro từ chối:

Bước 1: Kiểm tra và chuẩn bị hồ sơ bổ sung

Người nộp thuế tự kiểm tra hồ sơ gốc, xác định các chứng từ khấu trừ thiếu và thu thập đầy đủ tài liệu theo yêu cầu tại Nghị định 126/2020/NĐ-CP. Việc này cần hoàn thành trong vòng 10 ngày kể từ khi nhận thông báo thiếu sót từ cơ quan thuế, nhằm tránh phạt hành chính từ 2.000.000 đồng đến 25.000.000 đồng theo Điều 142 Luật Quản lý thuế 2019. Đồng thời, soạn thảo đơn đề nghị bổ sung kèm giải trình rõ ràng.

Bước 2: Nộp hồ sơ bổ sung cho cơ quan thuế

Hồ sơ được nộp trực tiếp tại Chi cục Thuế quản lý hoặc qua hệ thống điện tử iHTKK/CQT. Thời hạn nộp là 5 ngày làm việc kể từ ngày nhận yêu cầu bổ sung từ cơ quan thuế, theo Điều 60 Nghị định 126/2020/NĐ-CP. Nếu nộp muộn, có thể bị tính lãi chậm nộp theo mức 0,03%/ngày trên số tiền hoàn thuế. Cơ quan thuế sẽ xác nhận nhận hồ sơ ngay lập tức.

Bước 3: Theo dõi và xử lý kết quả

Cơ quan thuế kiểm tra hồ sơ bổ sung trong vòng 10-30 ngày tùy trường hợp phức tạp, theo Luật Thuế TNDN 2025. Nếu chấp nhận, hồ sơ sẽ được cập nhật và tiến hành hoàn thuế; nếu từ chối, người nộp thuế có quyền khiếu nại theo quy định tại Luật Khiếu nại 2011. Trong quá trình này, khuyến nghị lưu giữ biên nhận nộp để theo dõi tiến trình.

Việc bổ sung chứng từ khấu trừ kịp thời giúp tránh rủi ro bị từ chối hoàn thuế, giảm thiểu chi phí phát sinh và đảm bảo dòng tiền cho doanh nghiệp. Tuân thủ quy định không chỉ bảo vệ quyền lợi hợp pháp mà còn tránh các chế tài hành chính nghiêm trọng.

Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công Ty Luật ACC.