Mình đang gặp vướng mắc về hóa đơn đầu vào của doanh nghiệp do bên cung cấp vật tư cho công ty mình vừa bị cơ quan thuế thông báo là doanh nghiệp bỏ trốn khỏi địa chỉ kinh doanh, trong khi hàng hóa mình đã nhận và thanh toán chuyển khoản đầy đủ từ năm ngoái rồi, bây giờ kế toán bảo là những hóa đơn này có nguy cơ bị loại khỏi chi phí hợp lý khi quyết toán thuế cuối năm, có cách nào để mình chứng minh giao dịch này là thật và bảo vệ được số tiền thuế giá trị gia tăng đã khấu trừ không?

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công Ty Luật ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Điều kiện chứng minh giao dịch hợp pháp và chi phí hợp lý

Khi nhà cung cấp bị cơ quan thuế thông báo không còn hoạt động tại địa chỉ đăng ký (bỏ trốn), các hóa đơn đầu vào do đơn vị này phát hành sẽ rơi vào nhóm rủi ro cao. Tuy nhiên, doanh nghiệp không bị tự động loại trừ chi phí nếu chứng minh được giao dịch có thật.

• Cơ sở pháp lý về chi phí: Theo quy định tại Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025, chi phí của doanh nghiệp được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế nếu đáp ứng đủ các điều kiện: thực tế phát sinh liên quan đến hoạt động sản xuất, kinh doanh; có đủ hóa đơn, chứng từ hợp pháp; có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hóa đơn từ 20 triệu đồng trở lên.
• Cơ sở pháp lý về hóa đơn: Theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP và Thông tư 39/2014/TT-BTC (sửa đổi, bổ sung), nếu thời điểm lập hóa đơn diễn ra trước ngày cơ quan thuế ban hành thông báo nhà cung cấp bỏ trốn,doanh nghiệp mua hàng có quyền chứng minh tính thực tế của giao dịch để bảo vệ quyền lợi khấu trừ thuế GTGT đầu vào và tính chi phí hợp lý khi xác định thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN).

Hồ sơ chứng minh giao dịch thực tế cần chuẩn bị

Để không bị cơ quan thuế loại trừ hóa đơn và ấn định hành vi sử dụng hóa đơn bất hợp pháp, doanh nghiệp cần chủ động lưu trữ bộ hồ sơ chứng minh khách quan sau (mỗi mục một dòng):

• Hợp đồng mua bán hàng hóa, kinh doanh vật tư ký kết giữa hai bên.
• Biên bản giao nhận hàng hóa, phiếu nhập kho có đầy đủ chữ ký của các bên liên quan.
• Chứng từ thanh toán chuyển khoản qua ngân hàng (Ủy nhiệm chi, sao kê tài khoản từ tài khoản doanh nghiệp mua sang tài khoản đăng ký thuế của nhà cung cấp).
• Chứng từ vận chuyển (Hợp đồng vận chuyển, biên lai giao hàng, mã vận đơn của bên chuyển phát độc lập nếu có) để chứng minh có sự dịch chuyển hàng hóa thực tế.
• Hồ sơ chứng minh quá trình tiêu hao, sử dụng vật tư, hàng hóa đó vào hoạt động sản xuất kinh doanh trực tiếp của doanh nghiệp.

Quy trình 3 bước bảo vệ chi phí hợp lý và khấu trừ GTGT khi quyết toán thuế

Doanh nghiệp thực hiện trình tự sau để bảo vệ số liệu kê khai tài chính trong kỳ quyết toán năm 2026:

Bước 1: Kiểm tra, hệ thống hóa nội bộ và bổ sung hồ sơ chứng từ Ngay sau khi nhận thông báo rà soát hoặc phát hiện nhà cung cấp bỏ trốn, doanh nghiệp lập tức cô lập các hóa đơn liên quan để kiểm tra tính toàn vẹn. Đoạn văn giải thích 3-5 dòng này hướng dẫn doanh nghiệp tập hợp toàn bộ hợp đồng, phiếu nhập kho và chứng từ chuyển khoản ngân hàng của các hóa đơn đó thành một bộ hồ sơ riêng biệt. Căn cứ theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP, việc rà soát sớm giúp doanh nghiệp kịp thời phát hiện các điểm thiếu sót về chữ ký hoặc mâu thuẫn ngày tháng để liên hệ các bên độc lập (như ngân hàng, đơn vị vận chuyển) xin sao lục bổ sung. Sự chủ động này tạo ra một cơ sở dữ liệu chứng cứ vững chắc, sẵn sàng cung cấp ngay cho cơ quan quản lý thuế khi có yêu cầu kiểm tra thực tế tại trụ sở.

Bước 2: Kê khai nghĩa vụ thuế và lập giải trình minh bạch trên tờ khai Doanh nghiệp tiến hành nộp tờ khai quyết toán thuế TNDN mẫu 03/TNDN và tờ khai thuế GTGT mẫu 01/GTGT thông qua hệ thống Thuế điện tử eTax của Tổng cục Thuế. Đoạn văn giải thích 3-5 dòng này lưu ý Anh/Chị vẫn thực hiện kê khai các hóa đơn này vào phần chi phí được trừ và thuế đầu vào được khấu trừ bình thường nếu giao dịch là hoàn toàn có thật. Tại phần thuyết minh báo cáo tài chính hoặc văn bản đính kèm, doanh nghiệp chủ động giải trình rõ trạng thái của các hóa đơn này kèm theo cam kết chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chân thật của gói mua sắm. Việc kê khai minh bạch và đúng hạn giúp doanh nghiệp ghi nhận số liệu nhất quán trên hệ thống, hạn chế tối đa các nghi vấn trục lợi từ phía đoàn thanh tra.

Bước 3: Nộp hồ sơ giải trình bổ sung hoặc thực hiện khiếu nại hành chính Trường hợp cơ quan thuế ra văn bản tạm loại trừ các hóa đơn này và truy thu thuế, doanh nghiệp lập tức nộp bộ hồ sơ chứng minh thực tế đã chuẩn bị kèm theo đơn giải trình chi tiết trong vòng 10 ngày. Đoạn văn giải thích 3-5 dòng này hướng dẫn nếu cơ quan thuế vẫn từ chối, doanh nghiệp gửi đơn khiếu nại lên Cục Thuế hoặc khởi kiện ra Tòa án hành chính theo quy định tại Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14. Việc chứng minh thành công giúp doanh nghiệp bảo vệ được chi phí, tránh bị phạt hành chính từ 20% đến 100% số thuế bị truy thu (tức từ 20.000.000 đồng đến 100.000.000 đồng nếu truy thu 100.000.000 đồng tiền thuế) và tiền phạt chậm nộp 0,03%/ngày (ví dụ: phát sinh thêm 30.000 đồng/ngày nếu chậm nộp 100.000.000 đồng). Quy trình xử lý này có thể kéo dài từ 1 đến 3 tháng nhưng là công cụ pháp lý tối ưu để bảo vệ dòng tiền lành mạnh của tổ chức.

Việc tuân thủ các quy định trên giúp doanh nghiệp bảo vệ quyền lợi hợp pháp, giảm thiểu rủi ro tài chính và duy trì uy tín với cơ quan thuế. Đồng thời, nó đảm bảo dòng tiền ổn định thông qua khấu trừ GTGT đúng hạn. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công Ty Luật ACC.