Công ty em có mua hóa đơn đầu vào của một nhà cung cấp sau này bị đưa vào danh sách rủi ro. Thời điểm mua có hàng hóa thật đầy đủ chứng từ thanh toán. Giờ thuế gọi lên làm việc và có xu hướng loại toàn bộ chi phí đó. Trong tình huống này doanh nghiệp có cơ hội bảo vệ quyền lợi không ạ?

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công ty Luật ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Cơ sở pháp lý về tính hợp lệ của hóa đơn đầu vào

Theo quy định tại Luật Thuế giá trị gia tăng 2024, hóa đơn đầu vào được khấu trừ thuế nếu đáp ứng điều kiện: hóa đơn phải hợp pháp, hợp lệ theo quy định về hóa đơn điện tử tại Nghị định 123/2020/NĐ-CP; có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với giao dịch từ 20 triệu đồng trở lên theo Điều 15 Nghị định 123/2020/NĐ-CP; và phản ánh đúng giao dịch mua bán hàng hóa, dịch vụ thực tế. Trong trường hợp nhà cung cấp bị đưa vào danh sách rủi ro về thuế theo Phụ lục I Nghị định 41/2018/NĐ-CP (sửa đổi bởi Nghị định 126/2020/NĐ-CP), cơ quan thuế có quyền kiểm tra nhưng không tự động loại bỏ toàn bộ chi phí nếu doanh nghiệp chứng minh được tính thực tế của giao dịch. Doanh nghiệp có cơ hội bảo vệ quyền lợi bằng cách cung cấp bằng chứng chứng minh hàng hóa đã nhận, thanh toán đã thực hiện, dựa trên nguyên tắc "người nộp thuế có quyền chứng minh" tại Điều 50 Luật Quản lý thuế 2019.

Quyền bảo vệ quyền lợi của doanh nghiệp

Doanh nghiệp có quyền khiếu nại quyết định của cơ quan thuế nếu họ loại bỏ chi phí mà không có cơ sở, theo Điều 101 Luật Quản lý thuế 2019, với thời hạn khiếu nại là 30 ngày kể từ ngày nhận thông báo. Việc có hàng hóa thực tế và chứng từ đầy đủ là yếu tố then chốt để bảo vệ, vì pháp luật không quy định loại trừ chi phí chỉ dựa trên tình trạng rủi ro của nhà cung cấp mà phải chứng minh giao dịch giả mạo. Nếu cơ quan thuế chứng minh được hóa đơn khống hoặc gian lận, doanh nghiệp có thể bị truy thu thuế và phạt từ 20% đến 100% số thuế trốn theo Điều 142 Luật Quản lý thuế 2019, nhưng nếu doanh nghiệp chứng minh được tính hợp pháp, toàn bộ chi phí vẫn được chấp nhận khấu trừ. Trong thực tiễn, nhiều trường hợp doanh nghiệp đã thành công bảo vệ bằng cách cung cấp biên bản kiểm kê hàng hóa, hợp đồng mua bán và sao kê ngân hàng.

Hồ sơ cần chuẩn bị để bảo vệ

Để bảo vệ quyền lợi khi làm việc với cơ quan thuế, doanh nghiệp cần chuẩn bị đầy đủ hồ sơ chứng minh giao dịch thực tế, bao gồm:

• Hóa đơn đầu vào hợp lệ (hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế hoặc không mã theo quy định).
• Hợp đồng mua bán hàng hóa/dịch vụ với nhà cung cấp, kèm phụ lục nếu có.
• Chứng từ thanh toán (chuyển khoản ngân hàng, sao kê tài khoản chứng minh nguồn gốc tiền).
• Biên bản giao nhận hàng hóa, kiểm kê tồn kho tại thời điểm mua (ảnh chụp, video hoặc biên bản nội bộ).
• Giấy tờ chứng minh sử dụng hàng hóa (hóa đơn đầu ra bán hàng, báo cáo sản xuất nếu áp dụng).
• Các chứng cứ bổ sung như vận đơn, biên lai vận chuyển hoặc xác nhận từ bên thứ ba nếu cần.

Quy trình làm việc với cơ quan thuế

Khi cơ quan thuế gọi lên làm việc và có xu hướng loại chi phí, doanh nghiệp nên chủ động cung cấp hồ sơ để chứng minh, theo quy trình sau:

Bước 1: Chuẩn bị và tham gia buổi làm việc ban đầu

Doanh nghiệp cần cử đại diện có thẩm quyền (giám đốc hoặc kế toán trưởng) tham gia buổi làm việc với cơ quan thuế, mang theo bản sao hồ sơ chứng minh giao dịch thực tế. Tại đây, trình bày rõ ràng các bằng chứng như hợp đồng, chứng từ thanh toán và biên bản giao nhận, nhấn mạnh rằng giao dịch diễn ra trước khi nhà cung cấp bị liệt vào danh sách rủi ro. Buổi làm việc thường kéo dài 1-2 giờ, và doanh nghiệp có quyền ghi âm hoặc ghi chép để bảo vệ quyền lợi theo Điều 50 Luật Quản lý thuế 2019. Nếu cơ quan thuế yêu cầu bổ sung, cam kết cung cấp trong thời hạn hợp lý (thường 5-10 ngày).

Bước 2: Nộp văn bản giải trình và hồ sơ bổ sung

Sau buổi làm việc, doanh nghiệp soạn văn bản giải trình chính thức gửi cơ quan thuế trong vòng 5 ngày, trích dẫn cơ sở pháp lý như Điều 15 Luật Thuế GTGT và Nghị định 123/2020/NĐ-CP, kèm toàn bộ hồ sơ gốc hoặc bản sao công chứng. Văn bản cần nêu rõ lý do giao dịch hợp pháp, tính thực tế của hàng hóa và đề nghị chấp nhận khấu trừ chi phí. Cơ quan thuế sẽ xem xét trong 10-30 ngày theo quy định kiểm tra tại chỗ tại Điều 108 Luật Quản lý thuế 2019, và có thể yêu cầu kiểm tra bổ sung nếu cần.

Bước 3: Khiếu nại nếu quyết định bất lợi

Nếu cơ quan thuế vẫn loại chi phí, doanh nghiệp khiếu nại lên cấp trên trực tiếp (Cục Thuế tỉnh/thành phố) trong 30 ngày theo Điều 101 Luật Quản lý thuế 2019, kèm đầy đủ bằng chứng. Quy trình khiếu nại bao gồm nộp đơn, cơ quan giải quyết trong 30-45 ngày, và nếu cần có thể khởi kiện hành chính tại Tòa án theo Bộ luật Tố tụng hành chính 2015. Trong quá trình này, doanh nghiệp có thể tạm dừng nộp phạt nếu chứng minh được tranh chấp hợp lý, giúp giảm thiểu thiệt hại tài chính.

Việc tuân thủ nghiêm ngặt quy định về hóa đơn và chứng từ không chỉ giúp doanh nghiệp tránh rủi ro thuế mà còn bảo vệ uy tín kinh doanh lâu dài, đảm bảo dòng tiền ổn định. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công ty Luật ACC.