Tôi làm kế toán cho công ty dịch vụ logistics, có rất nhiều hóa đơn đầu vào là phí cầu đường, phí hải quan. Những chứng từ này không có VAT, vậy khi quyết toán thuế có được tính chi phí hợp lệ không ạ?

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công Ty Luật ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Điều kiện để chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp

Theo quy định tại Điều 4 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025, các khoản chi phí được trừ phải đáp ứng ba điều kiện chính:

(i) Phục vụ trực tiếp cho hoạt động sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp;

(ii) Có hóa đơn, chứng từ hợp pháp theo quy định của pháp luật;

(iii) Không thuộc các khoản chi phí không được trừ quy định tại Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp và Nghị định 320/2025/NĐ-CP.

Nếu không đáp ứng các điều kiện này, chi phí sẽ không được khấu trừ, dẫn đến tăng thu nhập chịu thuế và có thể bị cơ quan thuế loại trừ khi quyết toán.

Trong trường hợp của Anh/Chị, phí cầu đường và phí hải quan là các khoản chi phí liên quan đến hoạt động logistics, nên có thể được xem xét trừ nếu chứng minh được tính hợp lý và có chứng từ phù hợp.

Áp dụng cụ thể đối với phí cầu đường và phí hải quan không có VAT

Phí cầu đường (như phí sử dụng đường bộ, phí BOT) và phí hải quan (như phí thông quan, phí giám định hàng hóa) thường là các khoản thu của cơ quan nhà nước hoặc đơn vị được ủy quyền, không chịu thuế giá trị gia tăng (VAT) theo quy định tại Điều 5 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024.

Tuy nhiên, theo Khoản 2.5 Điều 6 Thông tư 78/2014/TT-BTC, các khoản nộp ngân sách nhà nước, phí và lệ phí theo quy định pháp luật (bao gồm phí cầu đường theo Nghị định 18/2012/NĐ-CP về quỹ bảo trì đường bộ và phí hải quan theo Luật Hải quan 2014) được coi là chi phí được trừ nếu chúng phục vụ trực tiếp cho hoạt động sản xuất, kinh doanh.

Do đó, những chứng từ này vẫn được tính là chi phí hợp lệ khi quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp, miễn là không vượt quá mức hợp lý và có đầy đủ hồ sơ chứng minh. Ví dụ, nếu phí cầu đường phát sinh từ việc vận chuyển hàng hóa cho khách hàng, chúng sẽ được chấp nhận trừ toàn bộ giá trị ghi trên biên lai thu phí.

Yêu cầu về chứng từ và hồ sơ chứng minh

Để đảm bảo chi phí được cơ quan thuế chấp nhận, doanh nghiệp cần chuẩn bị hồ sơ đầy đủ theo quy định tại Khoản 1 Điều 6 Thông tư 78/2014/TT-BTC. Các chứng từ cụ thể bao gồm:

• Biên lai thu phí cầu đường do cơ quan quản lý đường bộ hoặc đơn vị thu phí phát hành, ghi rõ số tiền, ngày tháng, biển số phương tiện và mục đích sử dụng.
• Biên lai hoặc quyết định thu phí hải quan do Tổng cục Hải quan ban hành, kèm theo tờ khai hải quan và hợp đồng vận chuyển liên quan.
• Hợp đồng dịch vụ logistics, bảng kê chi phí vận hành và báo cáo tài chính nội bộ để chứng minh tính liên quan đến hoạt động kinh doanh.

Nếu thiếu chứng từ, chi phí có thể bị loại trừ, dẫn đến truy thu thuế và phạt hành chính từ 20% đến 100% số thuế thiếu theo Điều 142 Luật Quản lý thuế 2019, với mức phạt cụ thể từ 2.000.000 đồng đến 100.000.000 đồng tùy theo mức độ vi phạm.

Doanh nghiệp nên lưu trữ chứng từ gốc ít nhất 10 năm theo quy định tại Điều 55 Luật Quản lý thuế 2019 để phục vụ kiểm tra sau quyết toán.

Việc tuân thủ đúng quy định về chi phí được trừ giúp doanh nghiệp tối ưu hóa nghĩa vụ thuế, tránh rủi ro truy thu và phạt, đồng thời nâng cao tính minh bạch trong quản lý tài chính. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công Ty Luật ACC.