Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công Ty Luật ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.
Điều kiện hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư
Theo quy định tại Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 (Điều 13), doanh nghiệp mới thành lập được hơn một năm như trường hợp của Anh/Chị có thể được hoàn thuế GTGT đầu vào nếu số thuế khấu trừ tồn đọng lớn hơn 300 triệu đồng và liên quan đến dự án đầu tư mới. Cụ thể, dự án phải thuộc diện đầu tư tạo tài sản cố định (như máy móc thiết bị) và doanh nghiệp chưa đưa vào sử dụng hoặc khai thác. Nghị định 181/2025/NĐ-CP (Điều 8) bổ sung rằng hoàn thuế chỉ áp dụng khi doanh nghiệp chứng minh được tính hợp lý của chi phí đầu tư, không có dấu hiệu trốn thuế hoặc gian lận hóa đơn. Nếu số thuế tồn đọng phát sinh từ chi phí hợp lý, doanh nghiệp cần đảm bảo tỷ lệ hoàn không vượt quá số thuế đầu vào thực tế đã nộp. Việc kiểm tra trước hoàn sau theo Thông tư 69/2025/TT-BTC nhằm loại trừ các khoản chi phí không hợp lệ, do đó doanh nghiệp phải chuẩn bị đầy đủ chứng từ để tránh bị từ chối.
Hồ sơ cần chuẩn bị để hoàn thuế
Để nộp hồ sơ hoàn thuế GTGT, doanh nghiệp cần lập bộ hồ sơ theo mẫu quy định tại Thông tư 69/2025/TT-BTC (Phụ lục II), bao gồm các tài liệu sau:
- Tờ khai hoàn thuế GTGT theo mẫu 01/HT-GTGT, kèm quyết định đầu tư dự án và giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh.
- Bảng kê hóa đơn, chứng từ khấu trừ thuế GTGT đầu vào liên quan đến máy móc thiết bị (phải là hóa đơn điện tử hợp lệ theo Nghị định 181/2025/NĐ-CP).
- Báo cáo tài chính quý gần nhất, chứng minh số thuế tồn đọng và tình hình sử dụng tài sản đầu tư.
- Giấy tờ chứng minh tính hợp lý của chi phí, như hợp đồng mua bán thiết bị, biên bản nghiệm thu và biên bản bàn giao tài sản.
- Cam kết không gian lận thuế theo mẫu của cơ quan thuế.
Hồ sơ phải được nộp trực tiếp hoặc qua hệ thống điện tử tại Chi cục Thuế quản lý, với thời hạn tối đa 12 tháng kể từ ngày phát sinh số thuế tồn đọng.
Quy trình hoàn thuế GTGT và thanh tra kiểm tra
Quy trình hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư được thực hiện theo Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 (Điều 14) và Thông tư 69/2025/TT-BTC, với trọng tâm là kiểm tra trước khi hoàn để đảm bảo tính minh bạch. Doanh nghiệp cần lưu ý quy trình thanh tra khắt khe, có thể kéo dài 30-60 ngày, nhằm phát hiện sai sót kế toán dẫn đến loại bỏ chi phí.
Bước 1: Nộp hồ sơ hoàn thuế
Doanh nghiệp lập và nộp hồ sơ tại cơ quan thuế địa phương trong vòng 10 ngày sau khi kết thúc kỳ tính thuế có số tồn đọng. Cơ quan thuế sẽ tiếp nhận và kiểm tra sơ bộ tính đầy đủ của hồ sơ trong 3 ngày làm việc. Nếu hồ sơ hợp lệ, doanh nghiệp sẽ nhận biên nhận và chờ kiểm tra chi tiết; nếu thiếu, phải bổ sung trong 5 ngày để tránh bị từ chối.
Bước 2: Kiểm tra và thanh tra trước hoàn
Cơ quan thuế tiến hành kiểm tra tại chỗ hoặc hồ sơ trong 20-30 ngày, tập trung vào tính hợp lý của hóa đơn đầu vào và sổ sách kế toán. Theo Nghị định 181/2025/NĐ-CP, thanh tra có quyền yêu cầu giải trình các khoản chi phí lớn như máy móc thiết bị, kiểm tra nguồn gốc chứng từ và đối chiếu với báo cáo tài chính. Nếu phát hiện sai sót, doanh nghiệp phải điều chỉnh ngay; trường hợp nghi ngờ gian lận, có thể bị tạm dừng hoàn và chuyển thanh tra chuyên sâu.
Bước 3: Quyết định hoàn thuế và nhận tiền
Sau kiểm tra, cơ quan thuế ban hành quyết định hoàn thuế trong 10 ngày nếu đủ điều kiện, với số tiền hoàn bằng số thuế tồn đọng hợp lý. Doanh nghiệp nhận tiền qua tài khoản ngân hàng trong 5 ngày làm việc. Nếu bị từ chối một phần chi phí, có quyền khiếu nại theo Luật Khiếu nại 2011 (sửa đổi 2020).
Lưu ý về sổ sách kế toán để tránh loại bỏ chi phí hợp lý
Để tránh rủi ro bị loại bỏ chi phí trong quá trình thanh tra, doanh nghiệp cần chú trọng các điểm yếu thường gặp trong sổ sách kế toán theo Thông tư 69/2025/TT-BTC (Điều 10) và Luật Kế toán 2015.
Đầu tiên, đảm bảo hóa đơn GTGT đầu vào phải có đầy đủ thông tin (tên hàng hóa, mã số thuế người bán, chữ ký điện tử) và được ghi nhận đúng kỳ kế toán, tránh tình trạng hóa đơn giả mạo hoặc không khớp với hợp đồng mua sắm máy móc.
Thứ hai, phân bổ chi phí đầu tư chính xác theo nguyên tắc phù hợp (matching principle), ví dụ: khấu hao tài sản cố định phải dựa trên thời gian sử dụng thực tế, không ghi nhận chi phí khấu hao trước khi đưa vào sử dụng.
Thứ ba, duy trì sổ cái chi tiết cho từng khoản đầu tư lớn, kèm chứng từ gốc như biên bản kiểm kê tài sản, để chứng minh tính hợp lý và không có dấu hiệu thổi phồng giá trị.
Cuối cùng, tránh sai sót phổ biến như không đối chiếu số liệu giữa sổ sách nội bộ và tờ khai thuế, hoặc thiếu chữ ký phê duyệt của lãnh đạo, vì những điểm này thường dẫn đến loại trừ 20-50% chi phí theo thực tiễn thanh tra. Doanh nghiệp nên sử dụng phần mềm kế toán chuẩn (như Misa hoặc Fast) để giảm lỗi và dễ dàng xuất báo cáo khi cần.
Giới thiệu về dịch vụ Thuế tại Công ty Luật ACC
ACC cung cấp dịch vụ liên quan đến thuế đa dạng , từ những việc vận hành hàng ngày đến các vấn đề pháp lý phức tạp.
Giải pháp Thuế toàn diện cho Doanh nghiệp:
– Tư vấn Thuế chuyên sâu: Cập nhật và áp dụng chuẩn xác các quy định về VAT, TNDN, TNCN, giúp doanh nghiệp luôn đi đúng luật.
– Đại diện làm việc với Cơ quan Thuế: Thay mặt doanh nghiệp giải trình, bảo vệ quyền lợi tối đa trong các đợt thanh tra, kiểm tra thuế.
– Hoàn thuế nhanh gọn: Xử lý hồ sơ hoàn thuế GTGT, dự án đầu tư chuyên nghiệp, giúp khơi thông dòng tiền bị ứ đọng.
– Tối ưu hóa số thuế phải nộp: Vận dụng thông minh các chính sách miễn, giảm và ưu đãi thuế để tiết kiệm chi phí hợp pháp.
💎 Tại sao chọn Luật ACC?
– Bảo vệ doanh nghiệp an toàn tuyệt đối trước rủi ro hậu kiểm.
– Đội ngũ chuyên gia xử lý hồ sơ quyết liệt, bám sát địa phương.
– Chi phí minh bạch: Hiệu quả vượt trội so với mức đầu tư.
Việc tuân thủ nghiêm ngặt các quy định về hoàn thuế GTGT giúp doanh nghiệp tối ưu hóa dòng tiền, giảm gánh nặng tài chính từ chi phí đầu tư lớn và tránh các khoản phạt hành chính từ 2.000.000 đồng đến 50.000.000 đồng theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP (sửa đổi). Đồng thời, sổ sách kế toán chuẩn mực sẽ hỗ trợ doanh nghiệp vượt qua thanh tra một cách suôn sẻ, bảo vệ quyền lợi hợp pháp. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công Ty Luật ACC.
Để lại một bình luận