Dạ cho em hỏi công ty em nhập khẩu hàng hóa từ Trung Quốc, đã nộp thuế nhập khẩu và thuế GTGT khâu nhập khẩu đầy đủ, nhưng khi về đến kho phát hiện một phần hàng bị lỗi phải trả lại cho nhà cung cấp nước ngoài, vậy phần thuế đã nộp có được hoàn lại không, thủ tục hoàn thuế cần những hồ sơ gì, có bắt buộc phải có xác nhận của hải quan cửa khẩu hay chỉ cần hợp đồng và biên bản trả hàng là đủ ạ?

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công Ty Luật ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Điều kiện hoàn thuế

Theo quy định tại Luật Thuế giá trị gia tăng số 13/2008/QH12 (sửa đổi, bổ sung năm 2024) và Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu số 107/2016/QH13, doanh nghiệp được hoàn thuế nhập khẩu (thuế NK) và thuế giá trị gia tăng (GTGT) khâu nhập khẩu đối với phần hàng hóa bị lỗi và trả lại nhà cung cấp nước ngoài, nếu hàng hóa đó được xác định là không sử dụng tại Việt Nam và được tái xuất trở lại. Cụ thể, Thông tư 38/2015/TT-BTC (sửa đổi, bổ sung bởi Thông tư 39/2018/TT-BTC) quy định tại Điều 18 rằng, trường hợp hàng nhập khẩu bị lỗi kỹ thuật, chất lượng không đúng hợp đồng, doanh nghiệp có quyền trả lại và yêu cầu hoàn thuế nếu chứng minh được hàng đã được xuất khẩu trở lại hoặc tiêu hủy dưới sự giám sát của cơ quan hải quan. Việc hoàn thuế chỉ áp dụng cho phần giá trị hàng lỗi tương ứng với số thuế đã nộp, không bao gồm các khoản phí khác như phí vận chuyển nội địa.

Hồ sơ hoàn thuế

Để thực hiện hoàn thuế, doanh nghiệp cần chuẩn bị đầy đủ hồ sơ theo quy định tại Điều 19 Thông tư 38/2015/TT-BTC và Điều 28 Luật Thuế GTGT 2024. Các tài liệu chính bao gồm:

• Tờ khai hải quan nhập khẩu gốc (bản sao có chứng thực) và biên lai nộp thuế NK, GTGT khâu nhập khẩu.
• Hợp đồng mua bán hàng hóa với nhà cung cấp nước ngoài (bản sao công chứng, kèm phụ lục nếu có quy định về trả hàng lỗi).
• Biên bản kiểm tra, xác nhận hàng hóa bị lỗi (do doanh nghiệp tự lập hoặc có sự tham gia của bên thứ ba độc lập, kèm ảnh chụp hoặc báo cáo kiểm định chất lượng).
• Chứng từ vận chuyển trả hàng (hóa đơn vận chuyển quốc tế, vận đơn xuất khẩu tái xuất).
• Tờ khai hải quan tái xuất hàng hóa (xác nhận bởi hải quan cửa khẩu nơi tái xuất).
• Quyết định xử lý hàng lỗi của doanh nghiệp và thông báo cho cơ quan hải quan (nếu áp dụng).
• Đơn đề nghị hoàn thuế gửi Chi cục Thuế quản lý trực tiếp (theo mẫu tại Phụ lục II Thông tư 38/2015/TT-BTC).

Lưu ý, hồ sơ phải được nộp trong thời hạn 12 tháng kể từ ngày thông quan hàng hóa nhập khẩu ban đầu, theo Điều 20 Thông tư 38/2015/TT-BTC.

Quy trình hoàn thuế

Quy trình hoàn thuế được thực hiện theo các bước sau, dựa trên hướng dẫn tại Thông tư 38/2015/TT-BTC và Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu:

Bước 1: Kiểm tra và xử lý hàng lỗi

Doanh nghiệp tiến hành kiểm tra hàng hóa tại kho, lập biên bản lỗi và thông báo cho nhà cung cấp nước ngoài trong thời hạn quy định tại hợp đồng (thường 30-60 ngày). Đồng thời, liên hệ Chi cục Hải quan nơi thông quan để xin hướng dẫn tái xuất, đảm bảo hàng không được sử dụng hoặc phân phối tại Việt Nam. Bước này giúp xác định rõ phần giá trị hàng lỗi để tính toán số thuế hoàn (ví dụ: nếu giá trị hàng lỗi là 100 triệu đồng, thuế NK 10% và GTGT 10% sẽ được hoàn tương ứng 20 triệu đồng).

Bước 2: Thực hiện tái xuất hàng hóa

Doanh nghiệp lập tờ khai hải quan tái xuất tại cửa khẩu hải quan (theo mẫu HQ/2015-TX), nộp phí thủ tục hải quan (khoảng 200.000 – 500.000 đồng tùy trường hợp). Hải quan sẽ kiểm tra thực tế hàng hóa và cấp xác nhận tái xuất trên tờ khai. Nếu hàng được gửi trả qua đường bưu điện hoặc vận chuyển quốc tế, cần chứng từ theo dõi lô hàng đến nhà cung cấp. Xác nhận của hải quan cửa khẩu là bắt buộc, không chỉ dựa vào hợp đồng và biên bản trả hàng, để tránh rủi ro từ chối hoàn thuế do thiếu chứng cứ tái xuất thực tế.

Bước 3: Nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế

Sau khi có xác nhận tái xuất (trong vòng 30 ngày), doanh nghiệp nộp hồ sơ đầy đủ tại Chi cục Thuế quận/huyện nơi đăng ký kinh doanh. Cơ quan thuế sẽ kiểm tra hồ sơ trong 40 ngày (theo Điều 60 Luật Quản lý thuế 2019), xác minh tính chính xác và ra quyết định hoàn thuế. Nếu hồ sơ hợp lệ, số tiền hoàn sẽ được chuyển khoản vào tài khoản doanh nghiệp trong 30 ngày tiếp theo, không tính lãi chậm trả.

Bước 4: Theo dõi và khiếu nại nếu cần

Doanh nghiệp theo dõi tiến trình qua cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế. Nếu bị từ chối (ví dụ: do thiếu xác nhận hải quan), có quyền khiếu nại theo Luật Khiếu nại 2011, với mức phạt hành chính nếu chậm nộp hồ sơ từ 2.000.000 đồng đến 20.000.000 đồng tùy mức độ.

Việc tuân thủ đúng quy trình giúp doanh nghiệp tránh rủi ro pháp lý, tối ưu hóa chi phí và đảm bảo dòng tiền ổn định. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công Ty Luật ACC.