Em đang tìm hiểu về hoàn thuế xuất khẩu, bên em bán nông sản ra nước ngoài, có đầy đủ hợp đồng và tờ khai hải quan, nhưng do bên logistics thanh toán chậm nên chưa có chứng từ ngân hàng, liệu có được hoàn thuế trước không hay phải có đủ chứng từ thanh toán mới giải quyết?

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công Ty Luật ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Điều kiện hoàn thuế GTGT cho hàng hóa xuất khẩu

Theo quy định tại Luật Thuế giá trị gia tăng 2008 và Thông tư 219/2013/TT-BTC hướng dẫn thi hành, doanh nghiệp xuất khẩu nông sản được hoàn thuế GTGT đầu vào nếu đáp ứng các điều kiện cơ bản sau:

• Hàng hóa phải thuộc diện xuất khẩu, có tờ khai hải quan xác nhận xuất khẩu (mã loại hình E31 hoặc tương đương).
• Doanh nghiệp có hóa đơn GTGT đầu vào hợp pháp liên quan đến sản xuất, kinh doanh hàng hóa xuất khẩu.
• Tổng số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên trong kỳ tính thuế.

Nông sản xuất khẩu được áp dụng mức thuế suất 0% cho thuế GTGT đầu ra, và hoàn thuế đầu vào nhằm hỗ trợ doanh nghiệp giảm chi phí, thúc đẩy xuất khẩu.

Yêu cầu về chứng từ thanh toán qua ngân hàng

Theo Thông tư 194/2010/TT-BTC và Thông tư 219/2013/TT-BTC (Điều 14), để được hoàn thuế GTGT đầu vào đối với hàng hóa xuất khẩu, doanh nghiệp phải có chứng từ thanh toán qua ngân hàng cho giá trị hàng hóa từ 20 triệu đồng trở lên. Chứng từ này bao gồm:

• Giấy báo nợ/giấy báo có từ ngân hàng của bên bán và bên mua.
• Hợp đồng ngoại thương quy định hình thức thanh toán qua ngân hàng.
• Tờ khai hải quan và hợp đồng mua bán đã cung cấp.

Nguyên tắc này nhằm đảm bảo tính minh bạch và chống thất thu thuế, trừ trường hợp ngoại lệ được quy định.

Trường hợp chưa có chứng từ thanh toán do chậm thanh toán từ logistics

Trong trường hợp doanh nghiệp đã có hợp đồng xuất khẩu và tờ khai hải quan nhưng chưa nhận được chứng từ thanh toán qua ngân hàng do bên logistics chậm thanh toán, doanh nghiệp vẫn có thể được khấu trừ và hoàn thuế GTGT đầu vào tạm thời nếu đáp ứng thời hạn theo hợp đồng. Cụ thể:

• Theo Thông tư 219/2013/TT-BTC (Khoản 3 Điều 14), nếu đến thời hạn thanh toán theo hợp đồng mà chưa có chứng từ ngân hàng, doanh nghiệp được khấu trừ thuế đầu vào ngay dựa trên hợp đồng và tờ khai hải quan. Hồ sơ hoàn thuế lúc này bao gồm:

• Tờ khai thuế GTGT theo mẫu.
• Hợp đồng xuất khẩu và phụ lục.
• Tờ khai hải quan (bản sao có xác nhận).
• Bảng kê hóa đơn đầu vào chưa khấu trừ.

• Khi nhận thanh toán thực tế (dù qua ngân hàng hay tiền mặt), nếu thanh toán bằng tiền mặt và không có chứng từ ngân hàng, doanh nghiệp phải điều chỉnh giảm số thuế GTGT đã khấu trừ tương ứng trong kỳ kê khai tiếp theo (theo Thông tư 194/2010/TT-BTC).
• Quy trình nộp hồ sơ hoàn thuế được thực hiện tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp:

Bước 1: Chuẩn bị hồ sơ

Doanh nghiệp tổng hợp đầy đủ hợp đồng, tờ khai hải quan và hóa đơn đầu vào, kèm cam kết về tình trạng thanh toán chưa nhận được. Hồ sơ phải nộp trong thời hạn 12 tháng kể từ ngày xuất khẩu.

Bước 2: Nộp hồ sơ và kê khai

Nộp hồ sơ tại Chi cục Thuế hoặc Cục Thuế nơi đăng ký kinh doanh, đồng thời kê khai vào tờ khai thuế GTGT tháng/quý. Cơ quan thuế sẽ kiểm tra và xác nhận hoàn thuế trong vòng 40 ngày (đối với hồ sơ hợp lệ).

Bước 3: Theo dõi và điều chỉnh

Sau khi nhận thanh toán, cập nhật chứng từ và điều chỉnh thuế nếu cần qua tờ khai bổ sung. Nếu chậm nộp hồ sơ, có thể bị phạt từ 2.000.000 đồng đến 25.000.000 đồng theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP.

Lưu ý, nếu giá trị thanh toán dưới 20 triệu đồng, không bắt buộc chứng từ ngân hàng, nhưng trường hợp của Anh/Chị có thể vượt mức này nên cần theo dõi chặt chẽ để tránh rủi ro điều chỉnh sau.

Việc tuân thủ đúng quy định về hoàn thuế không chỉ giúp doanh nghiệp thu hồi vốn nhanh chóng mà còn tránh các khoản phạt hành chính và rủi ro kiểm tra sau. Đồng thời, đảm bảo dòng tiền ổn định cho hoạt động xuất khẩu nông sản. Công ty Luật ACC sẵn sàng đồng hành cùng Anh/Chị để giải quyết vấn đề này một cách nhanh chóng và hiệu quả. Vui lòng liên hệ ngay để được hỗ trợ Công Ty Luật ACC.