Có anh/chị nào đã xuất chứng từ khấu trừ thuế cho cá nhân đã quyết toán thuế nhưng phát hiện ra 2 nguồn thu nhập không, hướng dẫn giúp em với ạ, em có hỏi bên thuế mà họ nói khó hiểu quá em chưa hiểu.

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công Ty Luật ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Cơ sở pháp lý về chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân (TNCN)

Chứng từ khấu trừ thuế TNCN là tài liệu do tổ chức chi trả thu nhập cấp cho cá nhân để chứng minh số thuế đã khấu trừ tại nguồn, theo quy định tại Điều 25 Luật Quản lý thuế 2019 và Điều 13 Thông tư 111/2013/TT-BTC. Tài liệu này giúp cá nhân quyết toán thuế TNCN hàng năm, đặc biệt khi có nhiều nguồn thu nhập từ các tổ chức khác nhau. Nếu cá nhân đã quyết toán thuế nhưng tổ chức phát hiện thêm nguồn thu nhập chưa được khấu trừ hoặc khai báo, cần xử lý bổ sung để tránh vi phạm nghĩa vụ thuế, tránh phạt hành chính từ 2.000.000 đồng đến 25.000.000 đồng theo Điều 142 Luật Quản lý thuế 2019.

Xử lý khi phát hiện thêm nguồn thu nhập sau khi cá nhân đã quyết toán thuế

Khi cá nhân đã nộp quyết toán thuế TNCN (theo Điều 44 Luật Quản lý thuế 2019 và Điều 28 Thông tư 111/2013/TT-BTC) nhưng tổ chức chi trả phát hiện có thêm nguồn thu nhập (ví dụ: thu nhập từ hợp đồng lao động, dịch vụ hoặc kinh doanh), tổ chức phải xuất chứng từ khấu trừ thuế bổ sung nếu thu nhập đó thuộc diện khấu trừ tại nguồn (từ 10% đến 20% tùy loại thu nhập theo Điều 25 Thông tư 111/2013/TT-BTC). Đồng thời, cá nhân phải thực hiện khai bổ sung quyết toán thuế trong thời hạn 10 năm kể từ ngày hết hạn nộp hồ sơ quyết toán, theo Điều 47 Luật Quản lý thuế 2019 và Thông tư 32/2025/TT-BTC. Việc này đảm bảo tính chính xác của hồ sơ thuế, tránh truy thu thuế kèm lãi chậm nộp (0,03%/ngày theo Điều 59 Luật Quản lý thuế 2019).

Xem thêm: Em được thừa kế tài sản là tiền mặt từ người thân ở nước ngoài chuyển về, nhưng khi nhận tiền thì ngân hàng yêu cầu chứng minh nguồn gốc để tránh rủi ro thuế, trong khi chỉ có giấy tờ thừa kế ở nước ngoài, vậy có đủ căn cứ không ạ?

Quy trình xuất chứng từ khấu trừ thuế và khai bổ sung quyết toán

Vì tình huống liên quan đến phát hiện thêm nguồn thu nhập sau quyết toán, quy trình xử lý được thực hiện theo các bước sau để đảm bảo tuân thủ pháp luật.

Bước 1: Xác định và khấu trừ thuế bổ sung

Tổ chức chi trả thu nhập kiểm tra lại hợp đồng và giao dịch để xác định nguồn thu nhập mới, tính toán số thuế phải khấu trừ theo mức quy định tại Thông tư 111/2013/TT-BTC (ví dụ: 10% đối với thu nhập từ chuyển nhượng chứng khoán). Nếu chưa khấu trừ, tổ chức tạm khấu trừ và thông báo cho cá nhân trong vòng 10 ngày kể từ ngày phát hiện, đồng thời lưu trữ chứng từ gốc để làm cơ sở xuất chứng từ khấu trừ. Bước này giúp tránh trách nhiệm pháp lý cho tổ chức theo Điều 25 Luật Quản lý thuế 2019.

Bước 2: Xuất chứng từ khấu trừ thuế bổ sung

Xem thêm: Sau khi chuyển đổi từ hộ kinh doanh lên doanh nghiệp, bên thuế yêu cầu quyết toán lại giai đoạn trước chuyển đổi vì cho rằng doanh thu thực tế cao hơn mức khoán, trong khi thời điểm đó không có hóa đơn đầu ra, vậy việc xác định doanh thu dựa trên căn cứ nào?

Tổ chức lập và cấp chứng từ khấu trừ thuế (mẫu 16/TH-TNCN theo Phụ lục Thông tư 111/2013/TT-BTC) cho cá nhân trong thời hạn 10 ngày kể từ ngày khấu trừ, ghi rõ số thu nhập bổ sung và số thuế đã khấu trừ. Chứng từ phải được ký điện tử nếu sử dụng hệ thống thuế điện tử theo Thông tư 32/2025/TT-BTC. Cá nhân nhận chứng từ để làm cơ sở khai bổ sung, đảm bảo tính minh bạch và tránh tranh chấp sau này.

Bước 3: Cá nhân khai bổ sung quyết toán thuế

Cá nhân sử dụng chứng từ bổ sung để lập tờ khai quyết toán thuế TNCN (mẫu 02/QTT-TNCN) và nộp cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp trong thời hạn 10 ngày kể từ ngày nhận chứng từ, theo Điều 47 Luật Quản lý thuế 2019. Nếu phát hiện sai sót dẫn đến thiếu thuế, cá nhân tự tính và nộp bổ sung số thuế còn thiếu kèm lãi chậm nộp. Hồ sơ bao gồm:

• Tờ khai quyết toán thuế bổ sung.
• Chứng từ khấu trừ thuế bổ sung từ tổ chức chi trả.
• Các chứng từ liên quan đến nguồn thu nhập mới (hợp đồng, hóa đơn).

Quy trình này có thể thực hiện trực tuyến qua Cổng thông tin điện tử Tổng cục Thuế để rút ngắn thời gian.

Bước 4: Nộp và theo dõi hồ sơ

Sau khi nộp, cá nhân theo dõi kết quả xử lý qua tài khoản thuế điện tử. Nếu cơ quan thuế chấp nhận, quyết toán được điều chỉnh; nếu có truy thu, cá nhân phải nộp trong thời hạn quy định để tránh phạt thêm từ 20% đến 100% số thuế thiếu theo Điều 142 Luật Quản lý thuế 2019. Tổ chức chi trả cũng báo cáo bổ sung theo quý hoặc năm nếu cần.

Việc tuân thủ quy trình trên giúp cá nhân và tổ chức tránh rủi ro pháp lý, đảm bảo quyền lợi khấu trừ thuế hợp lý và giảm thiểu chi phí phát sinh từ phạt chậm nộp. Đồng thời, nó góp phần nâng cao tính minh bạch trong quản lý thuế TNCN. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công Ty Luật ACC.