Sau đợt kiểm tra nội bộ cuối năm, công ty tôi phát hiện bộ phận kế toán đã quên kê khai một loạt hóa đơn đầu vào liên quan đến chi phí marketing chạy quảng cáo trên nền tảng nước ngoài suốt 3 quý, số tiền không nhỏ và đều thanh toán bằng thẻ công ty, hiện nay nếu thực hiện kê khai bổ sung để khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào thì có bị coi là kê khai sai dẫn đến giảm số thuế phải nộp của các kỳ trước hay không, và phần thuế nhà thầu liên quan đến dịch vụ quảng cáo xuyên biên giới đó có cần nộp bổ sung kèm tiền chậm nộp hay có cơ chế điều chỉnh riêng cho trường hợp tự phát hiện sai sót?

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công Ty Luật ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Kê khai bổ sung khấu trừ thuế GTGT và rủi ro pháp lý

Theo quy định tại Điều 47 Luật Quản lý thuế 2019, người nộp thuế được phép tự điều chỉnh sai sót trong tờ khai thuế trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra, thanh tra. Việc quên kê khai hóa đơn đầu vào chi phí marketing không bị coi là hành vi kê khai sai cố ý nếu công ty chủ động thực hiện bổ sung.

Tuy nhiên, nếu việc điều chỉnh làm giảm số thuế GTGT đã nộp hoặc tăng số thuế phải nộp, công ty phải nộp bổ sung phần chênh lệch kèm theo tiền chậm nộp. Tiền chậm nộp được tính theo mức 0,03%/ngày trên số tiền thuế chậm nộp (tính bằng đồng Việt Nam), tính từ ngày hết hạn nộp thuế của kỳ tương ứng đến ngày nộp bổ sung thực tế (theo Điều 59 Luật Quản lý thuế 2019). Theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP, việc chủ động khắc phục trước khi thanh tra giúp công ty tránh được mức phạt hành chính từ 20% đến 100% số thuế vi phạm.

Quy trình kê khai bổ sung GTGT đầu vào

Để đảm bảo tính hợp lệ cho việc khấu trừ bổ sung, Anh/Chị thực hiện theo các bước sau:

Bước 1: Kiểm tra tính hợp lệ và tổng hợp hồ sơ chứng từ Công ty cần thu thập toàn bộ hóa đơn từ nền tảng nước ngoài (Google Ads, Meta…) và đối soát với sao kê thẻ tín dụng của công ty. Lưu ý rằng giá trị trên hóa đơn ngoại tệ phải được chuyển đổi sang đồng Việt Nam theo tỷ giá tại thời điểm thanh toán để ghi nhận chính xác vào sổ sách. Các hóa đơn này phải đảm bảo chứa đầy đủ thông tin định danh của nhà cung cấp và thông tin doanh nghiệp thụ hưởng để đáp ứng điều kiện khấu trừ thuế đầu vào theo hướng dẫn tại Thông tư 80/2021/TT-BTC.

Bước 2: Lập tờ khai bổ sung trên hệ thống thuế điện tử Sử dụng phần mềm HTKK hoặc trang Thuế điện tử (eTax) để lập tờ khai bổ sung cho từng kỳ bị sai sót (tờ khai mẫu 01/KHBS). Anh/Chị thực hiện điều chỉnh tăng chỉ tiêu thuế GTGT đầu vào được khấu trừ tại kỳ phát sinh hóa đơn, hệ thống sẽ tự động tính toán số tiền thuế chênh lệch. Việc kê khai riêng biệt cho từng quý giúp minh bạch hóa dòng tiền và làm căn cứ pháp lý để xác định chính xác khoảng thời gian tính tiền chậm nộp đối với số thuế điều chỉnh giảm (nếu có).

Bước 3: Nộp tờ khai điều chỉnh và nộp tiền thuế chênh lệch Anh/Chị thực hiện ký số và gửi tờ khai bổ sung qua mạng, sau đó nhanh chóng nộp tiền thuế phát sinh và tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước qua tài khoản kho bạc. Tiền chậm nộp phải được tính toán chính xác dựa trên công thức tại Phụ lục I Nghị định 125/2020/NĐ-CP để tránh việc bị nợ thuế kéo dài trên hệ thống quản lý của cơ quan thuế. Việc hoàn tất nghĩa vụ tài chính ngay sau khi nộp tờ khai bổ sung là minh chứng cho sự tự nguyện khắc phục sai sót, giúp doanh nghiệp duy trì hồ sơ tuân thủ thuế tốt.

Bước 4: Lưu trữ hồ sơ và cập nhật sổ sách kế toán nội bộ Hồ sơ điều chỉnh bao gồm tờ khai bổ sung, bảng giải trình sai sót và biên lai nộp tiền cần được lưu trữ ít nhất 10 năm tại doanh nghiệp theo quy định của Luật Kế toán. Kế toán cần thực hiện bút toán điều chỉnh số dư thuế GTGT trên sổ sách kế toán để khớp với số liệu đã nộp cho cơ quan thuế, đồng thời rút kinh nghiệm quy trình kiểm soát hóa đơn thẻ để tránh lặp lại lỗi quên kê khai. Việc lưu trữ khoa học giúp doanh nghiệp sẵn sàng giải trình khi có đợt thanh tra định kỳ, bảo vệ quyền lợi khấu trừ của đơn vị một cách bền vững.

Thuế nhà thầu đối với dịch vụ quảng cáo xuyên biên giới

Đối với các dịch vụ quảng cáo quốc tế, công ty Việt Nam có trách nhiệm khấu trừ và nộp thay thuế nhà thầu (FCT). Căn cứ Thông tư 103/2014/TT-BTC, mức thuế nhà thầu đối với dịch vụ quảng cáo thông thường bao gồm: 5% thuế GTGT và 5% thuế TNDN (tổng cộng tỷ lệ 10% trên doanh thu thanh toán cho nhà thầu).

Nếu công ty quên kê khai thuế nhà thầu cho 3 quý trước, Anh/Chị cần lập tờ khai bổ sung mẫu 01/NTNN theo hướng dẫn tại Thông tư 80/2021/TT-BTC. Tương tự như thuế GTGT, việc tự phát hiện và nộp bổ sung số thuế này kèm tiền chậm nộp 0,03%/ngày (tính bằng đồng Việt Nam) sẽ giúp doanh nghiệp được miễn phạt hành chính theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP.

Hồ sơ nộp bổ sung thuế nhà thầu cần chuẩn bị:

• Hóa đơn dịch vụ điện tử từ nhà cung cấp nước ngoài.
• Chứng từ thanh toán ngân hàng (sao kê thẻ công ty).
• Tờ khai thuế nhà thầu bổ sung (Mẫu 01/NTNN).
• Biên bản tự kiểm tra nội bộ ghi nhận sai sót và chứng từ nộp tiền vào ngân sách.

Việc tuân thủ kê khai bổ sung giúp công ty tránh rủi ro truy thu, phạt nặng từ cơ quan thuế, đồng thời đảm bảo dòng tiền ổn định và uy tín kinh doanh lâu dài. Đồng thời, đây là cơ hội tối ưu hóa chi phí thuế hợp pháp, giảm thiểu tranh chấp sau này. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công Ty Luật ACC.