Một doanh nghiệp thương mại do sai sót đã kê khai nhầm thuế suất 8% thay vì 10% trong giai đoạn không còn được giảm thuế, khi phát hiện ra thì đã qua hai kỳ kê khai, vậy việc lập tờ khai bổ sung có kéo theo tiền phạt hành chính hay chỉ tính tiền chậm nộp phần chênh lệch, và khách hàng đã khấu trừ thuế theo mức 8% thì có phải điều chỉnh lại hay không?

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công Ty Luật ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Việc lập tờ khai bổ sung và các khoản tiền phát sinh

Theo quy định tại Điều 47 Luật Quản lý thuế 2019, người nộp thuế được phép khai bổ sung hồ sơ khai thuế nếu phát hiện sai sót trong vòng 10 năm kể từ ngày hết hạn nộp hồ sơ khai thuế. Trong trường hợp doanh nghiệp tự phát hiện và lập tờ khai bổ sung trước khi cơ quan thuế tiến hành thanh tra, kiểm tra hoặc đã quá thời hạn kiểm tra nhưng chưa phát hiện sai sót, thì không bị áp dụng hình thức xử phạt vi phạm hành chính về hành vi kê khai sai lệch số tiền thuế. Thay vào đó, doanh nghiệp chỉ phải nộp đủ số tiền thuế chênh lệch (từ 8% lên 10%) và tính tiền chậm nộp theo mức 0,03%/ngày trên số tiền thuế chậm nộp, tính từ ngày hết hạn nộp thuế đến ngày nộp bổ sung (theo Điều 59 Luật Quản lý thuế 2019 và Điều 34 Nghị định 125/2020/NĐ-CP).

Nếu việc kê khai sai đã qua hai kỳ kê khai và cơ quan thuế chưa kiểm tra, doanh nghiệp cần lập tờ khai bổ sung cho từng kỳ tương ứng. Quy trình thực hiện như sau:

Bước 1: Chuẩn bị hồ sơ bổ sung

Doanh nghiệp rà soát lại số liệu kê khai sai, tính toán chính xác số thuế chênh lệch và tiền chậm nộp. Hồ sơ bao gồm:

• Tờ khai thuế bổ sung theo mẫu quy định tại Thông tư 80/2021/TT-BTC (Phụ lục phù hợp với loại thuế GTGT).
• Biên bản họp nội bộ hoặc tài liệu chứng minh sai sót (nếu cần).
• Các chứng từ liên quan đến hóa đơn, chứng từ kế toán chứng minh mức thuế suất đúng là 10%.

Bước 2: Nộp tờ khai bổ sung

Nộp trực tiếp tại cơ quan thuế quản lý hoặc qua hệ thống điện tử (iHTKK hoặc eTax) trong thời hạn 10 ngày kể từ ngày phát hiện sai sót. Đồng thời, nộp ngay số tiền thuế chênh lệch và tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước qua tài khoản kho bạc hoặc ngân hàng thương mại.

Bước 3: Theo dõi và hoàn tất

Cơ quan thuế sẽ tiếp nhận và xử lý tờ khai bổ sung mà không áp dụng phạt hành chính nếu tuân thủ đúng quy định. Doanh nghiệp lưu giữ hồ sơ để đối chiếu nếu có kiểm tra sau này.

Lưu ý, nếu cơ quan thuế đã kiểm tra và phát hiện sai sót trước khi doanh nghiệp tự bổ sung, thì có thể bị phạt từ 20% số tiền thuế kê khai thiếu (theo Điều 142 Nghị định 125/2020/NĐ-CP), với mức phạt cụ thể từ 2.000.000 đồng đến 100.000.000 đồng tùy theo số lượng kỳ kê khai sai và mức độ vi phạm.

Điều chỉnh khấu trừ thuế đầu vào của khách hàng

Khi doanh nghiệp lập tờ khai bổ sung và điều chỉnh thuế đầu ra từ 8% lên 10%, các hóa đơn GTGT đã xuất với mức 8% cần được điều chỉnh theo quy định tại Điều 19 Thông tư 39/2014/TT-BTC (sửa đổi, bổ sung bởi Thông tư 80/2021/TT-BTC). Doanh nghiệp phải lập biên bản điều chỉnh hóa đơn, sau đó xuất hóa đơn điều chỉnh tăng thuế GTGT tương ứng và thông báo cho khách hàng trong vòng 3 ngày kể từ ngày lập biên bản.

Khách hàng đã khấu trừ thuế đầu vào theo mức 8% trên hóa đơn gốc sẽ phải điều chỉnh lại để khấu trừ thêm phần chênh lệch 2%, dựa trên hóa đơn điều chỉnh. Nếu không điều chỉnh, khách hàng có thể bị từ chối khấu trừ phần chênh lệch khi cơ quan thuế kiểm tra. Quy trình điều chỉnh cho khách hàng bao gồm:

• Nhận thông báo và hóa đơn điều chỉnh từ doanh nghiệp.
• Lập tờ khai bổ sung thuế GTGT của kỳ tương ứng để tăng khấu trừ đầu vào.
• Nộp tờ khai bổ sung theo quy trình tương tự như trên, chỉ tính tiền chậm nộp nếu áp dụng (nếu khách hàng tự phát hiện).

Việc này đảm bảo tính chính xác của hệ thống khấu trừ thuế GTGT theo Luật Quản lý thuế 2019, tránh rủi ro bị truy thu sau này.

Việc tuân thủ kịp thời các quy định về khai bổ sung giúp doanh nghiệp tránh các khoản phạt hành chính lớn, duy trì uy tín với cơ quan thuế và đối tác, đồng thời tối ưu hóa dòng tiền qua khấu trừ chính xác. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công Ty Luật ACC.