Anh chị ơi, công ty em làm mất chứng từ khấu trừ thuế TNCN, giờ xử lý thế nào để quyết toán được?

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, chúng tôi xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau:

1. Hậu quả pháp lý khi mất chứng từ khấu trừ thuế TNCN

Mất chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân (TNCN) có thể gây khó khăn trong việc chứng minh số thuế đã nộp khi quyết toán thuế, dẫn đến rủi ro bị cơ quan thuế từ chối hoàn thuế hoặc khấu trừ. Theo Điều 20 Thông tư 111/2013/TT-BTC (sửa đổi bởi Thông tư 92/2015/TT-BTC), chứng từ khấu trừ thuế là căn cứ quan trọng để cá nhân hoặc tổ chức chứng minh số thuế đã khấu trừ tại nguồn.

Nếu không cung cấp được chứng từ, cơ quan thuế có thể yêu cầu bổ sung hoặc áp dụng mức thuế suất toàn phần, gây thiệt hại tài chính. Ngoài ra, theo Luật Quản lý thuế 2019, việc không lưu giữ chứng từ có thể bị phạt hành chính từ 1-8 triệu đồng (Điều 23 Nghị định 125/2020/NĐ-CP). Tuy nhiên, pháp luật cũng cho phép khắc phục nếu có biện pháp thay thế phù hợp, đặc biệt trong bối cảnh áp dụng hóa đơn điện tử năm 2025 theo Nghị định 181/2025/NĐ-CP.

2. Các bước xử lý khi mất chứng từ khấu trừ thuế TNCN

Khi công ty làm mất chứng từ khấu trừ thuế TNCN, cần thực hiện các bước sau để đảm bảo quyết toán thuế hợp pháp:

• Liên hệ đơn vị chi trả thu nhập: Yêu cầu đơn vị đã khấu trừ thuế (như công ty chứng khoán, tổ chức chi trả lương, hoặc đối tác) cung cấp bản sao chứng từ khấu trừ. Theo khoản 3 Điều 20 Thông tư 111/2013/TT-BTC, đơn vị chi trả có trách nhiệm cấp lại bản sao nếu người nộp thuế yêu cầu.
• Kiểm tra dữ liệu điện tử: Nếu chứng từ được cấp dưới dạng điện tử, kiểm tra hệ thống eTax hoặc email để tìm bản lưu. Nghị định 181/2025/NĐ-CP yêu cầu lưu trữ chứng từ điện tử tối thiểu 10 năm.
• Yêu cầu xác nhận số thuế đã nộp: Nếu không thể cấp lại bản sao, đề nghị đơn vị chi trả cung cấp văn bản xác nhận số thuế TNCN đã khấu trừ, kèm mã số thuế, thời gian nộp và số tiền (theo mẫu tham khảo tại Công văn 17526/BTC-TCT).
• Lập biên bản mất chứng từ: Ghi nhận sự việc mất chứng từ bằng biên bản nội bộ, nêu rõ lý do (mất mát, hư hỏng) và các biện pháp đã thực hiện để khôi phục, nhằm minh bạch khi thanh tra thuế. Ví dụ: Công ty A mất chứng từ khấu trừ thuế TNCN năm 2024, liên hệ công ty chứng khoán B để xin bản sao. Nếu không được, yêu cầu xác nhận số thuế 10 triệu đồng đã nộp và nộp kèm biên bản mất chứng từ khi quyết toán.

3. Thủ tục bổ sung hồ sơ quyết toán thuế TNCN

Để quyết toán thuế TNCN khi mất chứng từ, công ty cần chuẩn bị hồ sơ theo Điều 16 Thông tư 156/2013/TT-BTC (sửa đổi bởi Thông tư 151/2021/TT-BTC):

• Tờ khai quyết toán thuế TNCN (mẫu 05/KK-TNCN cho tổ chức, 02/CNK-TNCN cho cá nhân ủy quyền).
• Bản sao chứng từ khấu trừ (nếu có) hoặc văn bản xác nhận số thuế đã nộp từ đơn vị chi trả.
• Biên bản mất chứng từ và các tài liệu liên quan (hợp đồng, hóa đơn).

Hồ sơ nộp tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp trước ngày 31/3/2026 (đối với cá nhân) hoặc ngày 31/5/2026 (đối với tổ chức) theo niên độ tài chính 2025. Nếu nộp chậm, phạt từ 800.000 đến 8 triệu đồng (Điều 13 Nghị định 125/2020/NĐ-CP). Công ty nên sử dụng cổng eTax để nộp hồ sơ điện tử, đảm bảo lưu trữ dữ liệu số theo quy định mới nhất. Trong trường hợp cơ quan thuế yêu cầu bổ sung, công ty có 3-5 ngày làm việc để hoàn thiện.

4. Lưu ý để tránh rủi ro và đảm bảo tuân thủ

Để tránh rủi ro tương tự trong tương lai, công ty cần:

• Lưu trữ cẩn thận: Chuyển đổi sang lưu trữ điện tử, sử dụng phần mềm quản lý hoặc sao lưu đám mây, tuân thủ Nghị định 181/2025/NĐ-CP về hóa đơn, chứng từ điện tử.
• Đào tạo nhân sự: Hướng dẫn nhân viên kế toán về quy trình lưu trữ và kiểm tra chứng từ định kỳ.
• Kiểm tra đối soát: Thường xuyên đối chiếu số liệu thuế với đơn vị chi trả trước khi quyết toán.
• Tư vấn pháp lý sớm: Liên hệ đơn vị tư vấn như Công ty Luật ACC ngay khi phát hiện mất chứng từ để xử lý kịp thời.

Nếu cơ quan thuế thanh tra, việc cung cấp văn bản xác nhận hoặc bản sao chứng từ sẽ được chấp nhận nếu hợp lệ, nhưng cần đảm bảo tính minh bạch và đầy đủ. Trường hợp phức tạp (ví dụ: đơn vị chi trả giải thể), công ty có thể đề nghị cơ quan thuế tra cứu dữ liệu nộp thuế qua mã số thuế.

Lưu ý: Phạt chậm nộp thuế là 0,03%/ngày (Điều 59 Luật Quản lý thuế 2019), nên cần xử lý nhanh chóng.

Công ty Luật ACC sẵn sàng đồng hành cùng Anh/Chị để giải quyết vấn đề này một cách nhanh chóng và hiệu quả. Vui lòng liên hệ ngay để được hỗ trợ!