Em đang xử lý trường hợp mất hóa đơn đầu vào do thay đổi kế toán, không tìm thấy file dữ liệu hóa đơn điện tử, vậy có phải lập biên bản mất hóa đơn không hay chỉ cần đề nghị nhà cung cấp gửi lại file XML là đủ ạ?

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công Ty Luật ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Quy định pháp lý liên quan đến xử lý mất dữ liệu hóa đơn điện tử đầu vào

Theo quy định tại Luật Quản lý thuế 2019 (Điều 44 về chứng từ kế toán), Nghị định 123/2020/NĐ-CP (Điều 25 về xử lý hóa đơn bị mất, hỏng) và Thông tư 78/2021/TT-BTC (Điều 7 về quản lý dữ liệu hóa đơn điện tử), hóa đơn điện tử đầu vào được lưu trữ dưới dạng dữ liệu XML, và người mua có quyền yêu cầu bên bán cung cấp lại dữ liệu này mà không nhất thiết phải lập biên bản mất ngay lập tức. Việc mất dữ liệu do thay đổi kế toán không làm mất hiệu lực hóa đơn nếu dữ liệu gốc vẫn tồn tại tại bên bán hoặc Tổng cục Thuế. Mục tiêu là khôi phục dữ liệu để đảm bảo tính hợp pháp của chứng từ khấu trừ thuế giá trị gia tăng (GTGT), tránh rủi ro bị cơ quan thuế từ chối khấu trừ.

Quy trình xử lý mất dữ liệu hóa đơn điện tử

Trong trường hợp không tìm thấy file dữ liệu hóa đơn điện tử do thay đổi kế toán, ưu tiên là yêu cầu bên cung cấp (bên bán) gửi lại file XML để khôi phục. Chỉ lập biên bản mất hóa đơn khi không thể lấy lại dữ liệu từ bên bán hoặc các nguồn lưu trữ khác. Quy trình được thực hiện theo các bước sau:

Bước 1: Kiểm tra nội bộ và liên hệ bên bán

Ngay sau khi phát hiện mất dữ liệu, doanh nghiệp cần kiểm tra lại toàn bộ hệ thống lưu trữ nội bộ, bao gồm máy chủ, đám mây hoặc phần mềm kế toán để xác nhận dữ liệu thực sự bị mất. Sau đó, gửi văn bản yêu cầu chính thức đến bên bán, nêu rõ số hóa đơn, ngày lập và lý do cần file XML. Thời hạn yêu cầu là trong vòng 10 ngày kể từ ngày phát hiện mất, theo hướng dẫn tại Thông tư 78/2021/TT-BTC. Việc này giúp khôi phục nhanh chóng mà không phát sinh thủ tục phức tạp, đảm bảo dữ liệu XML được cung cấp dưới dạng file gốc để nhập vào hệ thống kế toán.

Bước 2: Nhận và xác thực dữ liệu XML từ bên bán

Khi nhận file XML, doanh nghiệp phải kiểm tra tính toàn vẹn dữ liệu bằng cách so sánh với thông tin hóa đơn gốc (nếu còn lưu bản in hoặc dữ liệu tóm tắt). File XML phải được ký số điện tử hợp lệ theo Nghị định 123/2020/NĐ-CP. Nếu dữ liệu khớp, lưu trữ ngay vào hệ thống và cập nhật sổ sách kế toán. Bước này thường hoàn thành trong 5-7 ngày làm việc, giúp duy trì tính liên tục của chứng từ mà không cần can thiệp từ cơ quan thuế.

Bước 3: Lập biên bản và báo cáo nếu không lấy được dữ liệu

Nếu bên bán không cung cấp được file XML (ví dụ: họ cũng mất dữ liệu), doanh nghiệp phải lập biên bản mất hóa đơn nội bộ, ghi rõ lý do (thay đổi kế toán dẫn đến mất file), thời gian mất và các biện pháp đã thực hiện. Biên bản cần có chữ ký của lãnh đạo doanh nghiệp và bộ phận kế toán. Sau đó, báo cáo cơ quan thuế quản lý trực tiếp trong vòng 10 ngày theo Điều 25 Nghị định 123/2020/NĐ-CP. Trong trường hợp này, cơ quan thuế có thể yêu cầu bổ sung chứng từ thay thế hoặc kiểm tra tại chỗ, và nếu vi phạm lưu trữ chứng từ, có thể bị phạt từ 4.000.000 đồng đến 8.000.000 đồng theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP.

Hồ sơ cần chuẩn bị

• Văn bản yêu cầu cung cấp file XML gửi bên bán, kèm thông tin hóa đơn cụ thể.
• Biên bản kiểm tra nội bộ về việc mất dữ liệu (nếu cần).
• Bản sao biên bản mất hóa đơn và báo cáo thuế (chỉ áp dụng nếu bước 3).
• File XML nhận được từ bên bán, lưu trữ ít nhất 10 năm theo Luật Quản lý thuế 2019.

Việc tuân thủ quy trình trên giúp doanh nghiệp tránh rủi ro bị loại trừ khấu trừ thuế GTGT, giảm thiểu chi phí phạt hành chính và đảm bảo tính minh bạch trong quản lý chứng từ. Đồng thời, duy trì uy tín với cơ quan thuế, tránh các cuộc thanh tra bất ngờ.

Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công Ty Luật ACC.