Mất hóa đơn giá trị gia tăng là tình huống thường gặp trong hoạt động kinh doanh, có thể gây ra nhiều khó khăn về kê khai thuế và hạch toán kế toán. Việc xử lý kịp thời theo đúng quy định giúp doanh nghiệp tránh các rủi ro phạt vi phạm hành chính. Bài viết sau đây sẽ hướng dẫn chi tiết các bước cần thực hiện khi gặp phải vấn đề này cùng Công ty Luật ACC.
1. Phải làm gì khi mất hóa đơn giá trị gia tăng?
Khi phát hiện mất hóa đơn giá trị gia tăng, doanh nghiệp cần xác định loại hóa đơn hoặc dữ liệu hóa đơn bị mất để áp dụng phương án xử lý phù hợp.
Đối với hóa đơn điện tử, doanh nghiệp cần kiểm tra hệ thống lưu trữ nội bộ, tra cứu trên hệ thống hóa đơn điện tử hoặc Cổng thông tin hóa đơn điện tử của cơ quan thuế để khôi phục dữ liệu. Trường hợp cần thiết, doanh nghiệp có thể liên hệ tổ chức cung cấp giải pháp hóa đơn điện tử hoặc bên bán để được hỗ trợ cung cấp lại dữ liệu. Việc lưu trữ, bảo quản và khai thác dữ liệu hóa đơn điện tử được thực hiện theo quy định pháp luật về hóa đơn, chứng từ, Luật Quản lý thuế 2025 và Nghị định 254/2026/NĐ-CP.
Đối với hóa đơn giấy được lập theo quy định chuyển tiếp hoặc chứng từ kế toán liên quan bị mất, doanh nghiệp cần lập biên bản ghi nhận sự việc, nêu rõ thông tin chứng từ, thời điểm, nguyên nhân và trách nhiệm của cá nhân, bộ phận liên quan để phục vụ việc lưu trữ, giải trình theo Luật Kế toán 2015.
Quy trình xử lý gồm:
Bước 1: Ghi nhận sự việc mất hóa đơn hoặc dữ liệu hóa đơn
Doanh nghiệp lập biên bản ghi nhận việc mất hóa đơn hoặc mất dữ liệu hóa đơn, trong đó nêu rõ số hóa đơn, ký hiệu, ngày lập (nếu xác định được), nguyên nhân và người chịu trách nhiệm để phục vụ công tác quản lý, lưu trữ chứng từ kế toán theo Luật Kế toán 2015.
Bước 2: Khôi phục dữ liệu hóa đơn
Đối với hóa đơn điện tử, doanh nghiệp tra cứu, tải lại dữ liệu từ hệ thống lưu trữ, Cổng thông tin hóa đơn điện tử của cơ quan thuế hoặc liên hệ tổ chức cung cấp giải pháp hóa đơn điện tử, bên bán để được hỗ trợ theo quy định tại Nghị định 254/2026/NĐ-CP.
Bước 3: Lưu giữ hồ sơ liên quan
Doanh nghiệp lưu giữ biên bản, dữ liệu hóa đơn đã khôi phục và các tài liệu liên quan để phục vụ việc kiểm tra, đối chiếu, giải trình khi cơ quan thuế quản lý trực tiếp hoặc cơ quan có thẩm quyền yêu cầu.
2. Các quy định cần tuân thủ khi xử lý hóa đơn bị mất
Theo Luật Kế toán 2015, Luật Quản lý thuế 2025 và Nghị định 254/2026/NĐ-CP, doanh nghiệp có trách nhiệm quản lý, lưu trữ hóa đơn theo đúng thời hạn và bảo đảm dữ liệu hóa đơn điện tử đầy đủ, toàn vẹn, có thể truy cập, khai thác và xuất trình khi cơ quan thuế quản lý trực tiếp hoặc cơ quan có thẩm quyền yêu cầu.
Trường hợp doanh nghiệp có hành vi vi phạm nghĩa vụ quản lý, lưu trữ, sử dụng hoặc cung cấp hóa đơn theo quy định thì có thể bị xử lý vi phạm hành chính theo Nghị định 310/2025/NĐ-CP hoặc quy định xử phạt có liên quan.
Việc không lưu giữ được hóa đơn, chứng từ hợp pháp còn có thể ảnh hưởng đến việc kê khai thuế, hạch toán kế toán và giải trình trong quá trình thanh tra, kiểm tra thuế.
Xem thêm: Mã tra cứu hóa đơn điện tử là gì? Tìm hiểu thêm
3. Hậu quả pháp lý khi không xử lý đúng quy định
Nếu doanh nghiệp không xử lý kịp thời khi mất hóa đơn hoặc mất dữ liệu hóa đơn, việc chứng minh tính hợp pháp của giao dịch và kê khai thuế có thể gặp khó khăn.
Theo Luật Quản lý thuế 2025 và Luật Thuế giá trị gia tăng 2024, trường hợp doanh nghiệp không khôi phục được dữ liệu hóa đơn hoặc không cung cấp được chứng từ hợp pháp khi cơ quan có thẩm quyền yêu cầu thì có thể gặp rủi ro trong việc chứng minh điều kiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng và hạch toán chi phí theo quy định của pháp luật thuế.
Ngoài ra, tùy từng hành vi vi phạm, doanh nghiệp còn có thể bị xử lý vi phạm hành chính theo quy định của Nghị định 310/2025/NĐ-CP và các quy định pháp luật có liên quan.
Xem thêm: So sánh hóa đơn điện tử và hóa đơn giấy chi tiết
4. Lời khuyên thực tế từ chuyên gia pháp lý
Doanh nghiệp nên xây dựng quy trình quản lý hóa đơn, thường xuyên sao lưu dữ liệu và kiểm tra hệ thống lưu trữ nhằm hạn chế rủi ro mất dữ liệu.
Việc sử dụng phần mềm hóa đơn điện tử có chức năng sao lưu, phục hồi dữ liệu và kết hợp lưu trữ trên hệ thống nội bộ hoặc nền tảng điện toán đám mây sẽ giúp doanh nghiệp thuận tiện trong việc tra cứu, quản lý và cung cấp dữ liệu khi cần thiết, phù hợp với yêu cầu về lưu trữ chứng từ điện tử theo Luật Kế toán 2015 và Nghị định 254/2026/NĐ-CP.
Khi phát sinh sự cố, doanh nghiệp cần rà soát hồ sơ và thực hiện việc khôi phục dữ liệu ngay để bảo đảm việc quản lý, lưu trữ hóa đơn theo đúng quy định của pháp luật về thuế và kế toán.
5. Câu hỏi thường gặp
Hóa đơn giá trị gia tăng bị mất có được khấu trừ thuế không?
Trả lời: Có thể, nếu doanh nghiệp chứng minh được giao dịch phát sinh hợp pháp và đáp ứng đầy đủ điều kiện về hóa đơn, chứng từ theo Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 và Luật Quản lý thuế 2025. Trường hợp mất dữ liệu hóa đơn điện tử, doanh nghiệp nên khôi phục dữ liệu từ hệ thống lưu trữ hoặc đề nghị bên bán hỗ trợ cung cấp lại.
Mất hóa đơn điện tử thì xử lý như thế nào?
Trả lời: Doanh nghiệp cần kiểm tra hệ thống lưu trữ, tra cứu trên Cổng thông tin hóa đơn điện tử của cơ quan thuế hoặc liên hệ tổ chức cung cấp giải pháp hóa đơn điện tử, bên bán để được hỗ trợ khôi phục dữ liệu theo Nghị định 254/2026/NĐ-CP.
Có bị phạt khi mất hóa đơn giá trị gia tăng không?
Trả lời: Không phải mọi trường hợp mất hóa đơn hoặc mất dữ liệu hóa đơn đều bị xử phạt. Nếu doanh nghiệp vi phạm quy định về quản lý, lưu trữ hoặc cung cấp hóa đơn theo yêu cầu của cơ quan có thẩm quyền thì có thể bị xử lý vi phạm hành chính theo Nghị định 310/2025/NĐ-CP và các quy định pháp luật có liên quan.
Mất hóa đơn giá trị gia tăng cần được xử lý nhanh chóng và đúng quy định để tránh rủi ro pháp lý. Doanh nghiệp nên chủ động thực hiện các bước trên hoặc liên hệ Công ty Luật ACC để được hỗ trợ chi tiết và kịp thời.
Để lại một bình luận