Doanh nghiệp tôi nhập khẩu nguyên liệu để sản xuất hàng xuất khẩu, được hoàn thuế giá trị gia tăng đầu vào theo quy định, tuy nhiên do thị trường biến động nên một phần nguyên liệu đó được bán lại trong nước thay vì xuất khẩu, vậy phần thuế đã hoàn tương ứng với lượng nguyên liệu bán nội địa có phải nộp lại không, và cách xác định số thuế phải điều chỉnh được tính theo tỷ lệ nào?

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công Ty Luật ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Điều kiện nộp lại thuế giá trị gia tăng (GTGT) đã hoàn

Theo quy định tại Luật Thuế giá trị gia tăng số 13/2008/QH12 (đã được sửa đổi, bổ sung bởi Luật số 48/2024/QH15), doanh nghiệp chỉ được hoàn thuế GTGT đầu vào đối với hàng hóa, dịch vụ thực tế dùng cho sản xuất hàng hóa xuất khẩu. Khi doanh nghiệp thay đổi mục đích sử dụng—chuyển từ sản xuất xuất khẩu sang tiêu thụ nội địa—thì điều kiện hưởng thuế suất $0\%$ và quyền lợi hoàn thuế ban đầu không còn được duy trì đối với phần nguyên liệu đó.

Căn cứ Nghị định 209/2013/NĐ-CP (sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định 12/2015/NĐ-CP), doanh nghiệp có nghĩa vụ tự kê khai và nộp lại số tiền thuế đã hoàn tương ứng với giá trị nguyên liệu chuyển mục đích sử dụng. Việc không chủ động điều chỉnh sẽ dẫn đến rủi ro bị cơ quan thuế truy thu số tiền thuế đã hoàn, đồng thời bị áp dụng hình thức xử phạt vi phạm hành chính và tính tiền chậm nộp theo mức 0,03%/ngày trên số tiền thuế chậm nộp theo quy định tại Thông tư 38/2015/TT-BTC và các văn bản hướng dẫn hiện hành.

Quy trình xác định và điều chỉnh số thuế GTGT

Để đảm bảo tính minh bạch và tuân thủ pháp luật, doanh nghiệp cần thực hiện quy trình điều chỉnh theo các bước sau:

Bước 1: Xác định tỷ lệ và thực hiện kê khai bổ sung thuế GTGT

Doanh nghiệp thực hiện rà soát hệ thống báo cáo quyết toán tình hình sử dụng nguyên liệu, định mức sản xuất và hóa đơn bán ra nội địa để xác định chính xác lượng nguyên liệu không còn dùng cho xuất khẩu. Sau khi có số liệu, kế toán lập Tờ khai bổ sung (Mẫu 01/KHBS) theo hướng dẫn tại Thông tư 80/2021/TT-BTC để điều chỉnh giảm số thuế đã được hoàn trong kỳ phát sinh thay đổi mục đích sử dụng. Việc rà soát kỹ lưỡng tại bước này giúp doanh nghiệp phát hiện sớm các sai sót về số liệu, tạo cơ sở vững chắc cho hồ sơ giải trình và hạn chế tối đa việc bị cơ quan thuế bác bỏ số liệu kê khai bổ sung.

Bước 2: Nộp tiền thuế điều chỉnh và hoàn thiện bộ hồ sơ pháp lý

Doanh nghiệp thực hiện nộp số tiền thuế đã tính toán vào Ngân sách Nhà nước thông qua cổng thanh toán điện tử của Tổng cục Thuế hoặc chuyển khoản vào tài khoản Kho bạc Nhà nước trong thời hạn 10 ngày kể từ ngày phát sinh giao dịch bán nội địa. Đồng thời, doanh nghiệp phải chuẩn bị và lưu trữ bộ hồ sơ chứng minh bao gồm: Tờ khai bổ sung, hóa đơn đầu vào nguyên liệu nhập khẩu, hóa đơn bán nội địa và biên bản kiểm kê hàng tồn kho thực tế. Việc nộp tiền kịp thời kết hợp với bộ hồ sơ chứng từ chặt chẽ không chỉ giúp doanh nghiệp tránh được án phạt chậm nộp mà còn chứng minh tinh thần tự giác tuân thủ, hỗ trợ quá trình hoàn thuế cho các lô hàng tiếp theo diễn ra thuận lợi hơn.

Bước 3: Theo dõi phản hồi và cập nhật hệ thống quản trị thuế

Sau khi nộp hồ sơ, doanh nghiệp cần thường xuyên theo dõi trạng thái tiếp nhận trên hệ thống Thuế điện tử để kịp thời giải trình hoặc bổ sung tài liệu nếu cơ quan thuế có yêu cầu đối soát số liệu thực tế. Nếu có thông báo sai sót hoặc yêu cầu điều chỉnh lại tỷ lệ, doanh nghiệp phải thực hiện bổ sung ngay trong thời hạn yêu cầu để tránh rủi ro bị xử phạt hành chính từ 2.000.000 đồng đến 25.000.000 đồng theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP. Việc duy trì sự phối hợp chặt chẽ với cơ quan thuế tại bước này đảm bảo rằng số liệu thuế của doanh nghiệp được cập nhật chính xác trên hệ thống quốc gia, giảm thiểu khả năng bị thanh tra đột xuất do các lệch lạc dữ liệu kéo dài.

Việc tuân thủ quy định này giúp doanh nghiệp tránh rủi ro truy thu, phạt chậm nộp và duy trì uy tín với cơ quan thuế, đồng thời đảm bảo dòng tiền ổn định cho hoạt động kinh doanh. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công Ty Luật ACC.