Các bạn cho mình hỏi, khi nhập khẩu hàng nông sản thì có được miễn thuế không?

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, chúng tôi xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau:

1. Khái quát về quy định thuế nhập khẩu hàng nông sản tại Việt Nam

Theo pháp luật Việt Nam hiện hành, việc nhập khẩu hàng nông sản không được miễn thuế nhập khẩu một cách toàn bộ mà phụ thuộc vào loại hàng hóa cụ thể, nguồn gốc xuất xứ và các hiệp định thương mại quốc tế mà Việt Nam tham gia.

Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu 2016 (sửa đổi, bổ sung năm 2023) và các Nghị định hướng dẫn như Nghị định 26/2023/NĐ-CP quy định Biểu thuế nhập khẩu ưu đãi, là cơ sở pháp lý chính. Hàng nông sản thường được phân loại theo mã HS (Harmonized System) từ chương 1 đến 24 trong Biểu thuế, bao gồm các sản phẩm như rau củ quả (chương 07), ngũ cốc (chương 10), thịt gia cầm (chương 01) hoặc thủy sản (chương 03).

Thuế nhập khẩu áp dụng mức ưu đãi (MFN – Most Favored Nation) từ 0% đến 40%, tùy mặt hàng. Ví dụ, ngô nhập khẩu có thuế suất 2%, lúa mì 0%, đùi gà đông lạnh 10% theo các điều chỉnh gần đây. Từ ngày 31/3/2025, Nghị định 73/2025/NĐ-CP đã giảm thuế cho một số mặt hàng nông sản như quả táo tươi (giảm từ 10% xuống 5%), cherry và nho khô (giảm từ 15% xuống 8%). Tuy nhiên, không có quy định miễn thuế chung cho toàn bộ hàng nông sản, trừ các trường hợp đặc biệt như hàng viện trợ nhân đạo hoặc theo cam kết FTA.

Ngoài thuế nhập khẩu, hàng nông sản nhập khẩu còn chịu Thuế Giá Trị Gia Tăng (GTGT) tại khâu nhập khẩu theo Luật Thuế GTGT 2008 (sửa đổi). Từ 1/7/2025, Luật Thuế GTGT 2024 có hiệu lực, thay đổi đáng kể: sản phẩm nông sản chưa qua chế biến hoặc chỉ sơ chế (như rau củ tươi, thịt tươi) tại khâu nhập khẩu sẽ áp dụng thuế suất 5%, thay vì không chịu thuế như trước đây. Điều này nhằm đồng bộ hóa chính sách thuế, nhưng vẫn hỗ trợ ngành nông nghiệp bằng mức thấp. Các trường hợp miễn GTGT bao gồm hàng hóa ủng hộ phòng chống thiên tai hoặc quà biếu trong định mức.

Tóm lại, nhập khẩu hàng nông sản thường phải nộp thuế, nhưng mức thuế có thể giảm đáng kể nếu chứng minh được nguồn gốc từ các nước có FTA như CPTPP, EVFTA hoặc RCEP, nơi nhiều mặt hàng nông sản được hưởng ưu đãi 0%.

2. Các trường hợp được miễn hoặc giảm thuế nhập khẩu cho hàng nông sản

Mặc dù không miễn thuế hoàn toàn, pháp luật Việt Nam cung cấp nhiều cơ chế giảm thuế để khuyến khích nhập khẩu nguyên liệu phục vụ sản xuất. Đầu tiên, theo Điều 16 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu 2016, hàng hóa thuộc Danh mục miễn thuế bao gồm:

• (i) Hàng hóa tạm nhập tái xuất;
• (ii) Hàng quá cảnh, trung chuyển;
• (iii) Hàng viện trợ không hoàn lại từ chính phủ nước ngoài hoặc tổ chức quốc tế;
• (iv) Hàng hóa mua bán biên giới trong định mức (ví dụ, cư dân biên giới được miễn thuế cho lượng nhỏ nông sản phục vụ tiêu dùng cá nhân).

Đối với hàng nông sản thương mại, miễn thuế chủ yếu áp dụng qua các hiệp định thương mại tự do (FTA). Việt Nam có 17 FTA, trong đó EVFTA (với EU) và CPTPP mang lại lợi ích lớn cho nông sản. Theo Biểu thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt EVFTA (Nghị định 144/2024/NĐ-CP), từ 2025, thịt bò tươi từ EU được miễn thuế 100%, phô mai giảm từ 20% xuống 0% sau 7 năm.

Tương tự, CPTPP miễn thuế cho 95% dòng thuế nông sản từ các nước thành viên như Úc, Canada. Để hưởng ưu đãi, doanh nghiệp phải cung cấp Giấy chứng nhận xuất xứ (C/O) mẫu phù hợp (ví dụ, C/O Form E cho ASEAN).

3. Thủ tục kê khai và nộp thuế khi nhập khẩu hàng nông sản

Để nhập khẩu hàng nông sản, doanh nghiệp cần thực hiện thủ tục hải quan điện tử qua Hệ thống VNACCS/VCIS theo Thông tư 38/2015/TT-BTC (sửa đổi). Các bước chính:

• (i) Chuẩn bị hồ sơ: Hợp đồng ngoại thương, hóa đơn thương mại, vận đơn, C/O (nếu áp dụng ưu đãi), giấy kiểm dịch động/thực vật từ Cục Thú y hoặc Cục Bảo vệ thực vật;
• (ii) Khai báo hải quan: Truy cập Cổng thông tin một cửa quốc gia (NSW), phân loại hàng hóa theo mã HS để tính thuế tự động;
• (iii) Nộp thuế: Thuế nhập khẩu và GTGT được nộp trước khi thông quan, có thể tạm nộp nếu có bảo lãnh ngân hàng.

Thuế được tính theo công thức: Thuế nhập khẩu = Giá CIF x Thuế suất (%); Thuế GTGT = (Giá CIF + Thuế nhập khẩu + Thuế tiêu thụ đặc biệt nếu có) x 5% (đối với nông sản chưa chế biến từ 1/7/2025). Doanh nghiệp có thể hoàn thuế GTGT đầu vào nếu xuất khẩu nông sản sau đó, theo Điều 13 Luật Thuế GTGT 2024. Thời hạn thông quan thường 2-3 ngày nếu hồ sơ đầy đủ, nhưng kiểm dịch có thể kéo dài thêm 5-7 ngày cho hàng tươi sống.

Trong bối cảnh 2025, với Luật Thuế GTGT mới, doanh nghiệp cần cập nhật phần mềm kế toán để kê khai thuế suất 5% cho khâu nhập khẩu. Nếu vi phạm, mức phạt từ 20-100% số thuế trốn tránh theo Luật Quản lý thuế 2019.

Công ty Luật ACC sẵn sàng đồng hành cùng Anh/Chị để giải quyết vấn đề này một cách nhanh chóng và hiệu quả. Vui lòng liên hệ ngay để được hỗ trợ!