Em nhập khẩu nguyên liệu sản xuất rồi tái xuất, có được hoàn thuế không?

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, chúng tôi xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau:

1. Cơ sở pháp lý liên quan đến hoàn thuế nhập khẩu nguyên liệu sản xuất tái xuất

Việc nhập khẩu nguyên liệu để sản xuất rồi tái xuất (xuất khẩu sản phẩm sau khi sử dụng nguyên liệu) là hoạt động phổ biến trong chuỗi cung ứng toàn cầu tại Việt Nam. Quy định về hoàn thuế nhập khẩu (HK) cho trường hợp này được xây dựng dựa trên nguyên tắc khuyến khích xuất khẩu và giảm gánh nặng thuế cho doanh nghiệp. Cụ thể, Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu 2016 (sửa đổi, bổ sung năm 2020) tại Điều 19 quy định rõ các trường hợp được hoàn thuế HK, bao gồm trường hợp doanh nghiệp đã nộp thuế HK đối với nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng hóa xuất khẩu và đã xuất khẩu sản phẩm.

Nghị định 134/2016/NĐ-CP (sửa đổi bởi Nghị định 18/2021/NĐ-CP) tại Điều 17 và Điều 34 hướng dẫn chi tiết thủ tục hoàn thuế HK, nhấn mạnh rằng nguyên liệu nhập khẩu phải được đưa vào sản xuất thực tế và có chứng từ chứng minh tỷ lệ sử dụng cho sản phẩm xuất khẩu. Đối với thuế giá trị gia tăng (GTGT), Luật Thuế GTGT 2008 (sửa đổi, bổ sung) và Luật Thuế GTGT 2024 (có hiệu lực từ 01/7/2025) tại Điều 5 quy định nguyên liệu nhập khẩu để sản xuất, gia công hàng hóa xuất khẩu theo hợp đồng với đối tác nước ngoài thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT. Nếu đã nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu, doanh nghiệp được hoàn lại theo Thông tư 219/2013/TT-BTC (khoản 20 Điều 5).

Từ năm 2025, Công văn 5262/TCHQ-TXNK ngày 29/10/2024 của Tổng cục Hải quan hướng dẫn cụ thể hoàn thuế HK cho nguyên liệu sản xuất sản phẩm gia công đã xuất khẩu, yêu cầu doanh nghiệp cung cấp hợp đồng sản xuất, hóa đơn nhập khẩu và tờ khai hải quan xuất khẩu. Ngoài ra, Nghị định 181/2025/NĐ-CP bổ sung điều kiện hoàn thuế GTGT, loại trừ trường hợp hàng nhập khẩu nguyên trạng tái xuất không qua sản xuất (không áp dụng cho trường hợp của Anh/Chị).

2. Điều kiện để được hoàn thuế nhập khẩu và thuế GTGT

Để đủ điều kiện hoàn thuế, doanh nghiệp cần đáp ứng các yêu cầu sau:

Thứ nhất, đối với thuế HK: Nguyên liệu phải được nhập khẩu chính ngạch, đã nộp thuế HK (không áp dụng cho hàng tạm nhập tái xuất). Phải có hợp đồng sản xuất hoặc gia công với đối tác nước ngoài (hoặc nội địa nếu sản phẩm cuối cùng xuất khẩu), chứng minh nguyên liệu được đưa vào sản xuất. Tỷ lệ hoàn thuế tính theo công thức: Số thuế được hoàn = Thuế HK đã nộp x (Số lượng nguyên liệu sử dụng cho xuất khẩu / Tổng số lượng nhập khẩu). Hàng hóa xuất khẩu phải có tờ khai hải quan xuất khẩu (mã loại hình E62 hoặc tương đương), và thời hạn yêu cầu hoàn thuế không quá 1 năm kể từ ngày thông quan xuất khẩu (theo Điều 34 Nghị định 134/2016/NĐ-CP).

Thứ hai, đối với thuế GTGT: Nguyên liệu nhập khẩu phải thuộc diện không chịu thuế GTGT theo khoản 20 Điều 5 Thông tư 219/2013/TT-BTC, tức là dùng để sản xuất hàng xuất khẩu theo hợp đồng. Nếu đã kê khai và nộp thuế GTGT đầu vào, doanh nghiệp được hoàn theo Điều 13 Luật Thuế GTGT 2024 (hiệu lực 01/7/2025). Điều kiện bao gồm: Hàng tồn kho nguyên liệu cuối kỳ báo cáo ≥ 300 triệu đồng; hoặc số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên. Từ 01/7/2025, hàng nhập khẩu nguyên trạng tái xuất không được hoàn thuế GTGT (theo Nghị định 181/2025/NĐ-CP), nhưng trường hợp sản xuất thì vẫn được áp dụng.

3. Hướng dẫn thực hiện thủ tục hoàn thuế

Quy trình hoàn thuế được thực hiện qua Cổng thông tin một cửa quốc gia (NSW) hoặc trực tiếp tại Chi cục Hải quan nơi đăng ký kinh doanh. Các bước cụ thể như sau:

• Bước 1: Chuẩn bị hồ sơ. Bao gồm: Văn bản đề nghị hoàn thuế (mẫu 01/HTNK theo Thông tư 38/2015/TT-BTC); Tờ khai hải quan nhập khẩu đã quyết toán; Tờ khai xuất khẩu; Hợp đồng sản xuất/gia công; Bảng tính tỷ lệ sử dụng nguyên liệu (mẫu tự lập); Chứng từ nộp thuế HK/GTGT.
• Bước 2: Nộp hồ sơ. Đối với thuế HK: Nộp tại Chi cục Hải quan quản lý xuất khẩu trong vòng 60 ngày kể từ ngày xuất khẩu. Đối với thuế GTGT: Nộp tại Cục Thuế địa phương kèm tờ khai quyết toán (mẫu 01/ĐNHT). Từ 2025, sử dụng hệ thống điện tử eTax và VNACCS để rút ngắn thời gian xử lý xuống còn 30-40 ngày.
• Bước 3: Xử lý và nhận tiền. Cơ quan thuế/hải quan kiểm tra hồ sơ trong 10-20 ngày làm việc. Nếu hợp lệ, hoàn thuế qua tài khoản ngân hàng. Nếu thiếu, doanh nghiệp bổ sung trong 30 ngày. Trường hợp kiểm tra sau hoàn thuế, doanh nghiệp phải cung cấp thêm biên bản đối chiếu số liệu với đối tác.

Công ty Luật ACC sẵn sàng đồng hành cùng Anh/Chị để giải quyết vấn đề này một cách nhanh chóng và hiệu quả. Vui lòng liên hệ ngay để được hỗ trợ!