Cứu mình với mọi người ơi! Mình đã kiểm tra lại toàn bộ các tờ khai và đối chiếu số liệu từ tháng một đến tháng mười hai đều khớp một trăm phần trăm, đã nhờ kế toán kiểm tra chéo hai ba lần, sổ kế toán cũng khớp hoàn toàn; người phụ thuộc chỉ có ba người là đăng ký từ năm trước, năm nay mình chỉ bổ sung lại và đã kiểm tra trên etax rồi, tổng danh sách chỉ có ba mươi tám người. Mình cũng đã tra cứu mã số thuế của một số nhân sự mới trên trang thuế và đều hợp lệ. Tuy nhiên khi nộp thì bị từ chối với lý do người nộp thuế kê khai thuế thu nhập cá nhân đã khấu trừ trong năm khác số cơ quan thuế tổng hợp, mà không biết số cơ quan thuế tổng hợp là bao nhiêu để đối chiếu. Mình gọi điện lên cơ quan thuế thì không ai bắt máy, nhắn tin cho cán bộ quản lý cũng không phản hồi, lên trực tiếp thì không được hướng dẫn cụ thể. Hiện mình đang quản lý bảy công ty, trước ngày mười lăm tháng ba mình đã nộp bản nháp thì các công ty khác đều được chấp nhận, nhưng giờ nộp bổ sung lại thì bị từ chối với cùng lỗi như trên. Thậm chí có một công ty chỉ có một nhân sự, mình nộp lại và tích ủy quyền cũng vẫn bị lỗi tương tự. Có trường hợp mình nộp bản nháp từ ngày năm tháng ba với số liệu chưa chuẩn lại được chấp nhận, còn bây giờ số liệu đã đúng thì lại không được duyệt, vậy giờ mình nên xử lý như thế nào ạ?

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công Ty Luật ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Nguyên nhân có thể dẫn đến từ chối hồ sơ kê khai thuế thu nhập cá nhân

Lỗi "người nộp thuế kê khai thuế thu nhập cá nhân đã khấu trừ trong năm khác số cơ quan thuế tổng hợp" thường xảy ra khi dữ liệu khấu trừ thuế thu nhập cá nhân (TNCN) mà doanh nghiệp kê khai không khớp với dữ liệu tổng hợp từ hệ thống quản lý thuế của cơ quan thuế. Dữ liệu tổng hợp này bao gồm thông tin khấu trừ từ các nguồn khác nhau, như dữ liệu từ các đơn vị chi trả thu nhập khác (nếu người nộp thuế có nhiều nguồn thu), dữ liệu từ các kỳ kê khai trước, hoặc dữ liệu tự động tổng hợp từ hệ thống eTax dựa trên mã số thuế cá nhân. Theo Điều 44 Luật Quản lý thuế 2019, cơ quan thuế có quyền kiểm tra và từ chối hồ sơ nếu phát hiện sự không nhất quán, nhằm đảm bảo tính chính xác của dữ liệu thuế. Thông tư 80/2021/TT-BTC tại Điều 18 quy định chi tiết về việc kê khai và quyết toán TNCN, yêu cầu doanh nghiệp phải đối chiếu đầy đủ dữ liệu khấu trừ với thông tin từ cơ quan thuế để tránh sai sót.

Trong trường hợp của Anh/Chị, dù dữ liệu nội bộ khớp và mã số thuế hợp lệ, sự không khớp có thể do hệ thống eTax cập nhật dữ liệu từ các nguồn bên ngoài (như thu nhập từ công ty khác hoặc điều chỉnh từ năm trước), dẫn đến bản nháp ban đầu được chấp nhận tạm thời nhưng bản chính thức bị từ chối khi hệ thống kiểm tra sâu hơn.

Để xác định số cơ quan thuế tổng hợp, Anh/Chị cần yêu cầu cơ quan thuế cung cấp dữ liệu đối chiếu cụ thể, vì hệ thống eTax không tự động hiển thị số liệu này cho người nộp thuế. Theo Quy trình xử lý hồ sơ thuế điện tử ban hành kèm theo Quyết định 1780/QĐ-TCT năm 2021 của Tổng cục Thuế, người nộp thuế có quyền truy vấn thông tin để làm rõ sự không khớp. Dưới đây là các bước thực hiện kiểm tra:

Bước 1: Truy vấn thông tin trên hệ thống eTax

Đăng nhập tài khoản eTax của doanh nghiệp, chọn chức năng "Tra cứu thông tin người nộp thuế" hoặc "Đối chiếu dữ liệu TNCN" tại mục Quyết toán thuế. Hệ thống sẽ hiển thị dữ liệu tổng hợp sơ bộ về khấu trừ TNCN của từng cá nhân dựa trên mã số thuế. Nếu không thấy số liệu chi tiết, ghi nhận mã lỗi từ chối để làm cơ sở liên hệ. Bước này giúp xác định sơ bộ sự chênh lệch mà không cần hỗ trợ bên ngoài, theo quy định tại Điều 50 Luật Quản lý thuế 2019 về quyền truy cập thông tin thuế.

Xem thêm: Cả nhà ơi, tổng thu nhập chịu thuế trên tờ khai quý có trừ các loại bảo hiểm xã hội bảo hiểm y tế không?

Bước 2: Liên hệ cơ quan thuế để yêu cầu dữ liệu đối chiếu

Gửi công văn chính thức (qua đường bưu điện hoặc eTax) đến Chi cục Thuế quản lý trực tiếp, yêu cầu cung cấp biên bản đối chiếu dữ liệu TNCN theo mẫu tại Phụ lục II Thông tư 80/2021/TT-BTC. Nội dung công văn cần nêu rõ mã số thuế doanh nghiệp, kỳ quyết toán, và lý do từ chối cụ thể. Cơ quan thuế phải phản hồi trong vòng 3-5 ngày làm việc theo Điều 61 Luật Quản lý thuế 2019. Nếu gọi điện hoặc nhắn tin không phản hồi, ưu tiên gửi công văn để có cơ sở pháp lý theo dõi; trường hợp khẩn cấp trước hạn 15/3, có thể ủy quyền cho đại diện pháp lý đến trực tiếp.

Bước 3: Kiểm tra chéo dữ liệu nội bộ với dữ liệu nhận được

Sau khi nhận dữ liệu từ cơ quan thuế, đối chiếu từng cá nhân: tổng thu nhập, số thuế đã khấu trừ, và người phụ thuộc (giới hạn 38 người như Anh/Chị kê khai). Nếu phát hiện sai sót (ví dụ: dữ liệu từ nguồn thu nhập khác của nhân viên), điều chỉnh tờ khai 05/QTT-TNCN theo hướng dẫn tại Điều 19 Thông tư 80/2021/TT-BTC. Với trường hợp công ty chỉ có 1 nhân sự, kiểm tra xem cá nhân đó có thu nhập từ nơi khác không, vì hệ thống tổng hợp toàn bộ dữ liệu quốc gia.

Quy trình nộp bổ sung hồ sơ sau khi khắc phục

Khi dữ liệu đã khớp, Anh/Chị có thể nộp bổ sung mà không lo từ chối lặp lại. Theo Quy trình xử lý hồ sơ thuế điện tử, việc nộp bản nháp được chấp nhận ban đầu là do kiểm tra sơ bộ, nhưng bản chính thức yêu cầu khớp 100% với dữ liệu hệ thống. Nếu nộp ủy quyền cho công ty chỉ 1 nhân sự vẫn lỗi, có thể do ủy quyền chưa đầy đủ hoặc dữ liệu cá nhân chưa cập nhật.

Bước 1: Chuẩn bị hồ sơ bổ sung

Xem thêm: Anh chị cho em hỏi về đăng ký người phụ thuộc tại công ty. Năm hai nghìn không trăm hai mươi ba, đã đăng ký ghi nhận người phụ thuộc tại đơn vị để quyết toán năm hai nghìn không trăm hai mươi ba, có kết quả cơ quan thuế trả về rồi. Bây giờ để đảm bảo, thì em đăng ký hết toàn bộ lại công ty cho năm hai nghìn không trăm hai mươi lăm. Thì trên hệ thống thuế có ghi nhận người phụ thuộc đó đã đăng ký một lần vào năm hai nghìn không trăm hai mươi ba không ạ, hay là chỉ ghi nhận lần đăng ký mới nhất là năm hai nghìn không trăm hai mươi lăm. Em cảm ơn anh chị.

• Tờ khai quyết toán thuế TNCN (mẫu 05/QTT-TNCN) đã điều chỉnh.
• Phụ lục bảng kê chi tiết khấu trừ (mẫu 05-1/BK-TNCN) với dữ liệu đối chiếu từ cơ quan thuế.
• Giấy ủy quyền (nếu nộp thay) theo mẫu tại Thông tư 80/2021/TT-BTC, kèm CMND/CCCD người được ủy quyền.
• Bản sao dữ liệu tổng hợp từ cơ quan thuế (nếu có).

Đảm bảo tất cả dữ liệu khớp với hệ thống eTax trước khi nộp, tránh trường hợp bản nháp ok nhưng chính thức lỗi.

Bước 2: Nộp hồ sơ qua eTax

Chọn chức năng "Nộp bổ sung" tại eTax, tích chọn "Bổ sung hồ sơ bị từ chối" và đính kèm lý do khắc phục. Hệ thống sẽ xử lý trong 1-3 ngày làm việc; nếu vẫn từ chối, ghi nhận thông báo để khiếu nại. Theo Điều 58 Luật Quản lý thuế 2019, nộp bổ sung không bị phạt nếu trước hạn quy định.

Bước 3: Theo dõi và khiếu nại nếu cần

Sử dụng chức năng "Tra cứu tình trạng hồ sơ" trên eTax để theo dõi. Nếu từ chối lần nữa, gửi đơn khiếu nại đến Cục Thuế tỉnh trong 30 ngày theo Điều 109 Luật Quản lý thuế 2019, kèm chứng cứ đối chiếu. Phạt chậm nộp có thể từ 5% số thuế chậm (tối thiểu 2.000.000 đồng) theo Điều 200 Luật Quản lý thuế 2019, nên ưu tiên khắc phục nhanh.

Việc tuân thủ đúng quy trình không chỉ giúp hồ sơ được chấp nhận mà còn tránh rủi ro phạt hành chính và đảm bảo doanh nghiệp hoạt động hợp pháp. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công Ty Luật ACC.