Doanh nghiệp em thuê một căn nhà của cá nhân làm văn phòng với giá 25 triệu/tháng, hợp đồng ghi rõ bên công ty sẽ nộp thuế thay cho chủ nhà, vậy trong trường hợp này công ty phải khấu trừ và nộp những loại thuế nào thay cho cá nhân cho thuê, gồm thuế giá trị gia tăng, thuế thu nhập cá nhân và lệ phí môn bài hay chỉ một số loại nhất định, và khi tính chi phí được trừ cho thuế thu nhập doanh nghiệp có cần chứng từ gì kèm theo ạ?

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công ty Luật ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Các loại thuế doanh nghiệp phải khấu trừ và nộp thay

Theo quy định tại Thông tư 40/2021/TT-BTC hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 và Luật Quản lý thuế 2019, khi doanh thu cho thuê tài sản từ 100 triệu đồng/năm trở lên, doanh nghiệp có trách nhiệm khấu trừ và nộp thay các loại thuế sau:

• Thuế GTGT: Doanh nghiệp khấu trừ 5% trên doanh thu tính thuế. Theo quy định mới nhất, hoạt động cho thuê tài sản của cá nhân áp dụng mức thuế suất này nhằm đảm bảo tính thống nhất trong việc điều tiết thuế đối với dịch vụ tiêu dùng tại Việt Nam.
• Thuế TNCN: Doanh nghiệp khấu trừ 5% trên doanh thu tính thuế. Đây là loại thuế trực thu đánh vào thu nhập từ việc cho thuê tài sản của cá nhân cư trú theo quy định của Luật Thuế thu nhập cá nhân 2007 (đã sửa đổi, bổ sung).
• Lệ phí môn bài: Căn cứ Nghị định 139/2016/NĐ-CP (sửa đổi bởi Nghị định 22/2020/NĐ-CP), cá nhân cho thuê tài sản có doanh thu trên 100 triệu đồng/năm thuộc đối tượng nộp lệ phí môn bài. Tuy nhiên, mức thu phụ thuộc vào doanh thu (ví dụ: doanh thu trên 300 đến 500 triệu đồng/năm nộp 500.000 đồng/năm). Thông thường, doanh nghiệp có thể nộp thay khoản này nếu hợp đồng thỏa thuận doanh nghiệp chịu trách nhiệm về mọi loại thuế, phí.

Quy trình thực hiện khấu trừ và nộp thuế thay

Doanh nghiệp cần thực hiện theo các bước cụ thể sau để đảm bảo tuân thủ quy định của cơ quan Thuế:

Bước 1: Xác định ngưỡng doanh thu và số thuế phải khấu trừ Doanh nghiệp tiến hành kiểm tra tổng doanh thu cho thuê trong năm dương lịch của cá nhân. Với mức thuê 25 triệu đồng/tháng, tổng doanh thu là 300 triệu đồng, vượt ngưỡng 100 triệu đồng nên doanh nghiệp thực hiện khấu trừ tổng cộng 10% (5% GTGT và 5% TNCN) trên mỗi kỳ thanh toán. Việc xác định đúng ngay từ đầu giúp doanh nghiệp chủ động giữ lại phần tiền thuế để nộp vào ngân sách, tránh việc đã thanh toán toàn bộ cho chủ nhà dẫn đến khó khăn trong việc thu hồi lại tiền thuế để nộp thay sau này.

Bước 2: Lập và cấp chứng từ khấu trừ thuế cho cá nhân Sau khi giữ lại tiền thuế, doanh nghiệp có trách nhiệm lập chứng từ khấu trừ thuế TNCN và GTGT theo mẫu quy định tại Thông tư 80/2021/TT-BTC để giao cho bên cho thuê. Chứng từ này là bằng chứng pháp lý quan trọng để cá nhân cho thuê tài sản thực hiện quyết toán thuế hoặc chứng minh nghĩa vụ thuế đã hoàn thành với cơ quan chức năng khi cần thiết. Doanh nghiệp cần lưu ý ghi đầy đủ thông tin về mã số thuế của cá nhân, số tiền thanh toán thực tế và số thuế đã khấu trừ để đảm bảo tính minh bạch và khớp số liệu trên hệ thống thuế điện tử.

Bước 3: Thực hiện kê khai và nộp thuế vào ngân sách nhà nước Doanh nghiệp sử dụng mã số thuế của cá nhân (hoặc mã số thuế của doanh nghiệp nộp thay) để lập tờ khai mẫu 01/CNKD và nộp tiền thuế vào ngân sách nhà nước. Thời hạn nộp hồ sơ khai thuế và nộp thuế chậm nhất là ngày thứ 20 của tháng tiếp theo (nếu khai theo tháng) hoặc ngày cuối cùng của tháng đầu tiên quý tiếp theo (nếu khai theo quý). Việc nộp thuế đúng hạn giúp doanh nghiệp bảo vệ quyền lợi khấu trừ chi phí và tránh bị tính tiền chậm nộp, đồng thời giúp chủ nhà hoàn thành nghĩa vụ công dân đối với nhà nước một cách thuận lợi nhất.

Bước 4: Lưu trữ và đối soát hồ sơ chứng từ nộp thuế Toàn bộ chứng từ nộp tiền vào kho bạc hoặc giấy nộp tiền điện tử phải được kế toán doanh nghiệp lưu giữ cẩn thận cùng với hợp đồng thuê nhà để phục vụ công tác thanh tra, quyết toán thuế TNDN sau này. Theo Luật Quản lý thuế 2019, hồ sơ này phải được lưu trữ ít nhất 10 năm tại trụ sở doanh nghiệp. Việc lưu trữ khoa học không chỉ giúp doanh nghiệp giải trình nhanh chóng khi có yêu cầu từ cơ quan thuế mà còn là căn cứ để điều chỉnh các khoản chênh lệch nếu có sự thay đổi về chính sách giá thuê hoặc thời hạn hợp đồng trong tương lai.

Chứng từ để tính chi phí được trừ khi xác định thuế TNDN

Để khoản tiền thuê 25 triệu đồng/tháng được tính vào chi phí hợp lý khi xác định thuế TNDN (thuế suất 20% theo Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2008 sửa đổi), doanh nghiệp cần bộ chứng từ sau:

• Hợp đồng thuê nhà: Phải ghi rõ giá thuê, mục đích thuê làm văn phòng và thỏa thuận doanh nghiệp nộp thuế thay.
• Chứng từ thanh toán: Ưu tiên chuyển khoản qua ngân hàng từ tài khoản doanh nghiệp sang tài khoản chủ nhà để đảm bảo tính xác thực.
• Chứng từ nộp thuế thay: Giấy nộp tiền vào ngân sách nhà nước ghi tên cá nhân cho thuê nhưng do doanh nghiệp nộp.
• Chứng từ khấu trừ thuế: Bản sao chứng từ đã cấp cho chủ nhà ở Bước 2.

Việc tuân thủ các quy định trên giúp doanh nghiệp tránh rủi ro bị truy thu thuế, phạt chậm nộp (0,03%/ngày theo Điều 59 Luật Quản lý thuế 2019) và đảm bảo chi phí được khấu trừ hợp pháp, tối ưu hóa nghĩa vụ thuế. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công ty Luật ACC.