Một doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực y tế có cung cấp cả dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng và dịch vụ không chịu thuế, kế toán đang lúng túng trong việc phân bổ thuế giá trị gia tăng đầu vào dùng chung cho cả hai hoạt động, nếu không tách riêng được thì tỷ lệ phân bổ được xác định theo doanh thu hay theo phương pháp nào khác, và khi quyết toán nếu cơ quan thuế không chấp nhận cách phân bổ thì doanh nghiệp có bị truy thu toàn bộ phần thuế đã khấu trừ không đúng hay chỉ điều chỉnh phần chênh lệch?

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công Ty Luật ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Phân bổ thuế GTGT đầu vào dùng chung cho hoạt động y tế

Theo quy định tại Luật Thuế giá trị gia tăng số 13/2008/QH12 (sửa đổi, bổ sung), dịch vụ y tế thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT (theo Điều 5). Tuy nhiên, nếu doanh nghiệp y tế có phát sinh các hoạt động kinh doanh khác chịu thuế (như bán thuốc, thực phẩm chức năng hoặc dịch vụ thẩm mỹ), doanh nghiệp phải thực hiện phân bổ thuế GTGT đầu vào dùng chung cho cả hai hoạt động.

Xem thêm: Việc hoàn thuế thu nhập cá nhân có thời hạn bao nhiêu năm, nếu từ năm 2020 đến giờ tôi chưa bao giờ làm quyết toán thì bây giờ tôi có thể làm bù cho cả 5 năm qua để nhận lại tiền không?

Nguyên tắc khấu trừ quy định tại Điều 14 Nghị định 209/2013/NĐ-CP nêu rõ:

• Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ dùng chung cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế thì chỉ được khấu trừ số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT.
• Doanh nghiệp phải hạch toán riêng thuế GTGT đầu vào được khấu trừ và không được khấu trừ; trường hợp không hạch toán riêng được thì thuế đầu vào được khấu trừ tính theo tỷ lệ (%) giữa doanh thu chịu thuế GTGT so với tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra.

Hậu quả pháp lý khi cơ quan thuế điều chỉnh phân bổ

Trong quá trình thanh tra, quyết toán, nếu cơ quan thuế xác định doanh nghiệp phân bổ sai tỷ lệ hoặc khấu trừ vào cả phần dịch vụ y tế không chịu thuế, doanh nghiệp sẽ phải đối mặt với các hệ quả sau theo Luật Quản lý thuế 2019 và Nghị định 125/2020/NĐ-CP:

Xem thêm: Chi phí tiếp khách của doanh nghiệp hiện nay có bị khống chế mức trần 15% trên tổng chi phí khi quyết toán thuế TNDN không?

• Truy thu thuế: Doanh nghiệp phải nộp lại phần thuế GTGT đã khấu trừ sai tương ứng với chênh lệch tỷ lệ doanh thu.
• Tiền chậm nộp: Tính theo mức 0,03%/ngày trên số tiền thuế truy thu (tính bằng đồng) kể từ ngày hết hạn nộp thuế.
• Xử phạt hành chính: Phạt 20% số tiền thuế khai thiếu do hành vi kê khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp.
• Phạt vi phạm thủ tục: Từ 2.000.000 đồng đến 25.000.000 đồng tùy theo mức độ sai sót trong việc lập hồ sơ kê khai.

Việc tuân thủ đúng quy định phân bổ thuế GTGT giúp doanh nghiệp tránh rủi ro truy thu, phạt hành chính và tối ưu hóa chi phí thuế, đồng thời nâng cao uy tín với cơ quan quản lý. Đồng thời, áp dụng đúng giúp dòng tiền ổn định, hỗ trợ hoạt động kinh doanh bền vững trong lĩnh vực y tế. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công Ty Luật ACC.