Anh chị nhóm mình ai kinh doanh mảng sản xuất nông nghiệp cho em hỏi với. Theo quy định sản xuất nông lâm ngư nghiệp được miễn thuế. Vậy em có cần phải lên trình cơ quan thuế không?

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công Ty Luật ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Điều kiện miễn thuế thu nhập doanh nghiệp đối với sản xuất nông nghiệp

Căn cứ khoản 1 Điều 4 Nghị định số 320/2025/NĐ-CP, các khoản thu nhập được miễn thuế được xác định theo Điều 4 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp. Theo đó, thu nhập từ hoạt động đánh bắt hải sản; thu nhập của doanh nghiệp phát sinh từ việc sản xuất sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, nuôi trồng thủy sản và chế biến nông sản, thủy sản tại địa bàn có điều kiện kinh tế – xã hội đặc biệt khó khăn thuộc diện được miễn thuế. Đồng thời, thu nhập của hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã từ các hoạt động nêu trên, bao gồm cả sản xuất muối, cũng được áp dụng chính sách miễn thuế.

Thu nhập từ sản xuất sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng được miễn thuế là khoản thu nhập phát sinh từ các sản phẩm do doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã trực tiếp trồng trọt, chăn nuôi, nuôi trồng; kể cả thu nhập từ thanh lý sản phẩm, bán phế liệu, phế phẩm hoặc từ các sản phẩm chỉ qua sơ chế thông thường. Việc xác định các sản phẩm này được căn cứ theo mã ngành kinh tế cấp 1 thuộc lĩnh vực nông nghiệp, lâm nghiệp và thủy sản theo Hệ thống ngành kinh tế Việt Nam.

Đối với thu nhập từ sản phẩm, hàng hóa chế biến từ nông sản, thủy sản, để được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp, phải đồng thời đáp ứng các điều kiện: (i) tỷ lệ giá trị nguyên vật liệu là nông sản, thủy sản chiếm từ 30% trở lên trong tổng chi phí sản xuất; nguyên liệu đầu vào phải là nông sản, thủy sản chưa qua chế biến hoặc chỉ qua sơ chế thông thường, kể cả phụ phẩm phát sinh trong quá trình sơ chế; (ii) sản phẩm, hàng hóa sau chế biến không thuộc diện chịu thuế tiêu thụ đặc biệt. Trường hợp sản phẩm tươi sống được đông lạnh ở nhiệt độ từ âm 18 độ C trở xuống, sản phẩm được chế biến thành dạng chín hoặc có pha trộn gia vị, phụ liệu để tạo ra sản phẩm có giá trị gia tăng thì vẫn được xác định là sản phẩm, hàng hóa thủy sản đã qua chế biến. Doanh nghiệp có trách nhiệm hạch toán riêng thu nhập từ các sản phẩm này để làm căn cứ áp dụng miễn thuế.

Việc xác định sản phẩm chỉ qua sơ chế thông thường được thực hiện theo quy định tại Nghị định số 181/2025/NĐ-CP của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng.

Yêu cầu báo cáo cơ quan thuế

Doanh nghiệp sản xuất nông nghiệp được miễn thuế TNDN vẫn bắt buộc phải báo cáo cơ quan thuế để xác nhận điều kiện hưởng ưu đãi, tránh rủi ro bị truy thu thuế sau này.

Theo quy định, doanh nghiệp tự xác định và kê khai hưởng miễn thuế trong tờ khai thuế TNDN tạm tính hàng quý hoặc quyết toán hàng năm, đồng thời cung cấp hồ sơ chứng minh khi cơ quan thuế yêu cầu kiểm tra.

Việc không báo cáo hoặc kê khai sai có thể dẫn đến xử phạt hành chính theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP. Báo cáo giúp cơ quan thuế theo dõi và xác minh, đảm bảo tính minh bạch trong quản lý thuế.

Hồ sơ và thủ tục kê khai

Để báo cáo và chứng minh điều kiện miễn thuế, doanh nghiệp cần chuẩn bị hồ sơ theo quy định tại. Các tài liệu chính bao gồm:

• Tờ khai thuế TNDN theo mẫu 03/TNDN (tạm tính) hoặc 03/TNDN (quyết toán), trong đó ghi rõ phần thu nhập được miễn thuế từ sản xuất nông nghiệp.
• Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh thể hiện mã ngành nông nghiệp (theo Quyết định 36/2025/QĐ-TTg về Hệ thống ngành kinh tế Việt Nam).
• Hóa đơn, chứng từ chứng minh doanh thu từ hoạt động sản xuất nông nghiệp, như hợp đồng mua bán sản phẩm nông sản hoặc biên bản giao nhận.
• Báo cáo tài chính hàng năm, bao gồm bảng cân đối kế toán và báo cáo kết quả kinh doanh, chứng minh tỷ lệ thu nhập từ lĩnh vực miễn thuế chiếm ưu thế.

Bước 1: Kê khai thuế định kỳ

Doanh nghiệp nộp tờ khai thuế TNDN tạm tính hàng quý (trước ngày 30 của quý sau) qua hệ thống khai thuế điện tử iHTKK hoặc eTax của Tổng cục Thuế. Trong tờ khai, ghi nhận phần thu nhập miễn thuế tại chỉ tiêu tương ứng và đính kèm giải trình ngắn gọn về cơ sở pháp lý (Luật Thuế TNDN 2008). Cơ quan thuế sẽ tiếp nhận và xử lý trong vòng 3 ngày làm việc, không cần xác nhận riêng nếu hồ sơ đầy đủ.

Bước 2: Nộp quyết toán thuế hàng năm

Trước ngày cuối cùng của tháng thứ 4 sau năm tài chính (thường là 31/3 năm sau), doanh nghiệp nộp tờ khai quyết toán thuế TNDN kèm hồ sơ chứng minh. Nếu cơ quan thuế yêu cầu bổ sung (thông báo trong 10 ngày), doanh nghiệp cung cấp thêm tài liệu trong 15 ngày. Sau quyết toán, cơ quan thuế kiểm tra và thông báo kết quả hưởng miễn thuế, tránh tranh chấp sau này.

Bước 3: Lưu trữ và kiểm tra định kỳ

Doanh nghiệp lưu trữ toàn bộ hồ sơ ít nhất 10 năm theo Luật Quản lý thuế 2019. Cơ quan thuế có quyền kiểm tra đột xuất hoặc định kỳ (theo Thông tư 123/2011/TT-BTC), yêu cầu cung cấp chứng từ gốc để xác minh điều kiện miễn thuế.

Việc tuân thủ báo cáo giúp doanh nghiệp tránh phạt hành chính, tối ưu hóa chi phí thuế và duy trì uy tín kinh doanh. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công Ty Luật ACC.

Lưu ý: Nội dung trên được tổng hợp và biên soạn nhằm cung cấp thông tin tham khảo cho người đọc. Do quy định pháp luật, chính sách và dữ liệu có thể thay đổi theo thời gian, ACC không cam kết thông tin luôn chính xác hoặc cập nhật đầy đủ tại mọi thời điểm. Trường hợp cần áp dụng vào thực tế hoặc giải quyết vấn đề cụ thể, Quý khách vui lòng tham khảo ý kiến từ chuyên gia hoặc đơn vị tư vấn chuyên môn. Trường hợp phát hiện nội dung có sai sót, vui lòng phản hồi để ACC rà soát và cập nhật kịp thời.