Một doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực sản xuất nông nghiệp được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp trong thời gian đầu, nhưng do thay đổi quy mô sản xuất và mở rộng sang ngành nghề khác không thuộc diện ưu đãi, kế toán lo ngại việc xác định thu nhập được hưởng ưu đãi và thu nhập không được ưu đãi sẽ rất phức tạp, nếu không tách riêng được thì có nguy cơ bị áp dụng mức thuế suất chung cho toàn bộ hoạt động không, và cần xây dựng hệ thống kế toán nội bộ như thế nào để tránh rủi ro khi thanh tra?

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công Ty Luật ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Xác định thu nhập được hưởng ưu đãi và thu nhập không được ưu đãi

Theo quy định tại Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025 (sửa đổi, bổ sung Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2008), doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực sản xuất nông nghiệp thuộc diện ưu đãi thuế (như miễn thuế 4 năm đầu và giảm 50% trong 9 năm tiếp theo đối với dự án mới tại địa bàn ưu đãi) phải tách riêng thu nhập từ hoạt động ưu đãi so với các hoạt động khác. Khi doanh nghiệp thay đổi quy mô sản xuất hoặc mở rộng sang ngành nghề không thuộc diện ưu đãi (ví dụ: chế biến thực phẩm công nghiệp hoặc dịch vụ logistics), thu nhập từ phần sản xuất nông nghiệp cốt lõi vẫn được hưởng ưu đãi nếu đáp ứng điều kiện về địa bàn, quy mô và loại hình hoạt động theo Nghị định 319/2025/NĐ-CP. Cụ thể, thu nhập được hưởng ưu đãi là phần phát sinh trực tiếp từ dự án ưu đãi, bao gồm doanh thu từ sản phẩm nông nghiệp chính và chi phí liên quan. Phần thu nhập từ ngành nghề mới sẽ chịu thuế suất chung 20% (hoặc mức điều chỉnh theo luật mới). Việc tách riêng dựa trên nguyên tắc phân bổ hợp lý, tránh gộp chung để đảm bảo tính minh bạch, theo hướng dẫn tại Thông tư 78/2014/TT-BTC (Điều 18).

Rủi ro bị áp dụng mức thuế suất chung nếu không tách riêng được

Nếu doanh nghiệp không tách riêng được thu nhập ưu đãi và không ưu đãi, cơ quan thuế có quyền áp dụng mức thuế suất chung 20% cho toàn bộ thu nhập chịu thuế, dẫn đến mất quyền hưởng ưu đãi và phải nộp bổ sung số tiền thuế chênh lệch cộng với tiền phạt chậm nộp (0,03%/ngày trên số tiền chậm nộp, theo Luật Quản lý thuế 2019). Theo Nghị định 319/2025/NĐ-CP, trường hợp không chứng minh được sự tách biệt (do thiếu sổ sách kế toán riêng hoặc phân bổ chi phí không hợp lý), doanh nghiệp có nguy cơ bị truy thu thuế từ 20% đến 100% số thuế ưu đãi đã khấu trừ, kèm phạt hành chính từ 20.000.000 đồng đến 100.000.000 đồng theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP (sửa đổi). Trong quá trình thanh tra, cơ quan thuế sẽ kiểm tra dựa trên báo cáo tài chính và chứng từ, nếu phát hiện sai sót, doanh nghiệp phải điều chỉnh tờ khai và chịu trách nhiệm pháp lý, ảnh hưởng đến uy tín và dòng tiền.

Xem thêm: Dạ em xin hỏi ạ, nếu lỡ nộp thừa thuế thu nhập cá nhân do kê khai nhầm số liệu thì có được hoàn lại không và thủ tục xin hoàn có phức tạp không?

Xây dựng hệ thống kế toán nội bộ để tránh rủi ro khi thanh tra

Để tránh rủi ro, doanh nghiệp cần thiết lập hệ thống kế toán nội bộ độc lập, tuân thủ Thông tư 78/2014/TT-BTC và các chuẩn mực kế toán Việt Nam (VAS). Hệ thống này giúp phân bổ chính xác thu nhập và chi phí, đảm bảo dữ liệu sẵn sàng cho thanh tra. Dưới đây là hướng dẫn xây dựng theo các bước chính:

Bước 1: Xác định và phân loại hoạt động kinh doanh

Doanh nghiệp cần rà soát toàn bộ hoạt động, phân loại rõ ràng phần sản xuất nông nghiệp ưu đãi (ví dụ: trồng trọt, chăn nuôi) và phần mở rộng không ưu đãi (ví dụ: sản xuất phân bón hóa học). Lập danh mục mã tài khoản kế toán riêng (theo Thông tư 200/2014/TT-BTC), ghi nhận doanh thu và chi phí theo từng loại, tránh gộp chung. Việc này giúp cơ sở dữ liệu ban đầu chính xác, hỗ trợ báo cáo thuế hàng quý/năm.

Bước 2: Thiết lập sổ sách kế toán riêng biệt

Sử dụng phần mềm kế toán (như Fast hoặc Misa) để tạo sổ cái phụ cho từng dự án ưu đãi, ghi nhận riêng doanh thu, chi phí trực tiếp (nguyên liệu, lao động) và chi phí gián tiếp (phân bổ theo tỷ lệ doanh thu hoặc diện tích sản xuất). Đảm bảo chứng từ gốc (hóa đơn, hợp đồng) được lưu trữ điện tử hoặc giấy tờ, với mã hóa theo loại hoạt động. Bước này giảm thiểu tranh chấp khi thanh tra, vì cơ quan thuế yêu cầu chứng minh phân bổ hợp lý theo Nghị định 319/2025/NĐ-CP.

Xem thêm: Việc gia đình tôi bán nông sản tự trồng tại vườn và có thương lái đến thu mua chuyển khoản số tiền lớn theo từng đợt hiện đang bị yêu cầu giải trình vì tổng dòng tiền vượt ngưỡng kiểm soát, trong khi đây là hoạt động sản xuất nông nghiệp quy mô hộ gia đình, vậy thu nhập từ bán nông sản tự trồng có thuộc diện phải nộp thuế thu nhập cá nhân không?

Bước 3: Xây dựng quy trình kiểm soát nội bộ và báo cáo định kỳ

Thiết lập bộ phận kế toán chuyên trách kiểm tra hàng tháng, đối chiếu thu nhập ưu đãi với điều kiện pháp lý (như tỷ lệ doanh thu từ nông nghiệp ≥ 70% để duy trì ưu đãi). Lập báo cáo nội bộ hàng quý về phân bổ thuế, gửi lãnh đạo phê duyệt trước khi nộp tờ khai thuế. Đào tạo nhân viên về quy định tại Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025 để tránh sai sót. Quy trình này giúp phát hiện sớm rủi ro, chuẩn bị hồ sơ cho thanh tra đột xuất.

Bước 4: Kiểm toán độc lập và cập nhật hệ thống

Thuê đơn vị kiểm toán độc lập (theo Luật Kiểm toán độc lập 2011) kiểm tra hệ thống hàng năm, xác nhận tính chính xác của phân bổ. Cập nhật hệ thống khi có thay đổi quy mô (ví dụ: mở rộng nhà xưởng), điều chỉnh mã tài khoản kịp thời. Lưu trữ hồ sơ ít nhất 10 năm theo Luật Kế toán 2015, sẵn sàng cung cấp cho cơ quan thuế.

Việc tuân thủ giúp doanh nghiệp tối ưu hóa chi phí thuế, tránh phạt và duy trì lợi thế cạnh tranh lâu dài. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công Ty Luật ACC.