Nhờ mọi người tư vấn giúp mình, nếu nộp hồ sơ hoàn thuế mà thiếu chứng từ khấu trừ thì có được bổ sung sau khi đã tiếp nhận hay bắt buộc phải hủy hồ sơ làm lại từ đầu?

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công Ty Luật ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Điều kiện bổ sung chứng từ khấu trừ

Theo quy định tại Luật Quản lý thuế 2019, người nộp thuế có quyền kê khai bổ sung hồ sơ thuế nếu phát hiện sai sót hoặc thiếu sót trong hồ sơ đã nộp, bao gồm chứng từ khấu trừ thuế (như chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân hoặc thuế giá trị gia tăng). Việc bổ sung được chấp nhận nếu thực hiện trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra, thanh tra hoặc trước thời hạn quyết toán thuế hàng năm. Nghị định số 123/2020/NĐ-CP của Chính phủ cũng quy định rõ về việc xử lý sai sót hóa đơn, chứng từ, cho phép bổ sung chứng từ gốc hoặc chứng từ thay thế nếu chứng minh được tính hợp pháp và không có yếu tố gian lận. Tuy nhiên, nếu bổ sung sau thời hạn trên, cơ quan thuế có thể từ chối và áp dụng xử phạt vi phạm hành chính theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP, với mức phạt từ 20% đến 100% số tiền thuế thiếu, tối thiểu 2.000.000 đồng.

Quy trình bổ sung chứng từ khấu trừ

Việc bổ sung chứng từ khấu trừ sau khi kê khai thuế được thực hiện thông qua kê khai bổ sung hồ sơ thuế, tuân thủ các bước sau theo Luật Quản lý thuế 2019 và Nghị định 123/2020/NĐ-CP.

Bước 1: Kiểm tra và thu thập chứng từ bổ sung

Người nộp thuế cần rà soát lại hồ sơ kê khai thuế trước đó, xác định các chứng từ khấu trừ thiếu (như hóa đơn GTGT, biên lai khấu trừ thuế TNCN) và thu thập bản gốc hoặc bản sao hợp pháp hóa. Đảm bảo chứng từ đáp ứng yêu cầu về hình thức, nội dung theo Nghị định 123/2020/NĐ-CP, chẳng hạn như có chữ ký số hoặc dấu xác nhận của bên khấu trừ. Thời gian thực hiện bước này nên trong vòng 10 ngày kể từ khi phát hiện thiếu sót để tránh chậm trễ.

Bước 2: Lập tờ khai bổ sung và điều chỉnh

Soạn thảo tờ khai bổ sung theo mẫu quy định tại Thông tư 80/2021/TT-BTC (hướng dẫn thi hành Luật Quản lý thuế), ghi rõ lý do bổ sung và điều chỉnh số liệu khấu trừ thuế tương ứng. Kèm theo chứng từ bổ sung và giải trình bằng văn bản. Nếu sử dụng hệ thống điện tử, nộp qua cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế để đảm bảo tính kịp thời và minh bạch.

Bước 3: Nộp hồ sơ bổ sung cho cơ quan thuế

Nộp hồ sơ trực tiếp tại Chi cục Thuế quản lý hoặc qua đường bưu điện/điện tử trong thời hạn 10 ngày kể từ ngày lập tờ khai bổ sung, theo Điều 47 Luật Quản lý thuế 2019. Cơ quan thuế sẽ kiểm tra và thông báo chấp nhận hoặc yêu cầu bổ sung thêm trong vòng 3-5 ngày làm việc. Nếu được chấp nhận, số thuế khấu trừ sẽ được điều chỉnh vào kỳ quyết toán sau.

Hồ sơ cần chuẩn bị

• Tờ khai bổ sung thuế theo mẫu quy định.
• Bản gốc hoặc bản sao chứng từ khấu trừ thiếu (hóa đơn, biên lai khấu trừ).
• Giải trình lý do bổ sung và bằng chứng chứng minh tính hợp pháp của chứng từ.
• Các tài liệu liên quan khác nếu cơ quan thuế yêu cầu (như hợp đồng kinh tế, biên bản đối chiếu công nợ).

Việc bổ sung chứng từ khấu trừ giúp tránh rủi ro bị truy thu thuế và phạt chậm nộp, đồng thời đảm bảo quyền lợi khấu trừ hợp pháp của người nộp thuế. Tuân thủ đúng quy định không chỉ giảm thiểu chi phí phát sinh mà còn nâng cao uy tín doanh nghiệp trong quản lý thuế. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công Ty Luật ACC.