Dạ mọi người cho mình hỏi trường hợp doanh nghiệp có phát sinh thu nhập từ chuyển nhượng quyền sử dụng đất thì có phải kê khai thuế GTGT không ạ.

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công Ty Luật ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Đối tượng chịu thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với quyền sử dụng đất

Căn cứ quy định tại Luật Thuế giá trị gia tăng 2008 (sửa đổi, bổ sung năm 2013, 2014, 2016) và cập nhật theo Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 (có hiệu lực thi hành từ ngày 01/07/2025), chuyển nhượng quyền sử dụng đất thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT. Quy định này nhằm phản ánh đúng bản chất quyền sử dụng đất là một loại tài sản đặc biệt, không phải là hàng hóa, dịch vụ thông thường phát sinh giá trị gia tăng trong quá trình lưu thông.

Do đó, khi doanh nghiệp thực hiện chuyển nhượng quyền sử dụng đất, trên hóa đơn điện tử, dòng thuế suất và tiền thuế GTGT sẽ không ghi (gạch chéo hoặc ghi không chịu thuế). Tuy nhiên, Anh/Chị cần lưu ý nếu chuyển nhượng quyền sử dụng đất kèm theo cơ sở hạ tầng hoặc công trình xây dựng trên đất, thì phần giá trị cơ sở hạ tầng và công trình xây dựng đó vẫn phải chịu thuế GTGT theo thuế suất quy định (thường là 10%).

Nghĩa vụ thuế Thu nhập doanh nghiệp (TNDN) và kê khai

Mặc dù không chịu thuế GTGT, thu nhập từ chuyển nhượng quyền sử dụng đất là một khoản thu nhập bắt buộc phải tính thuế TNDN. Doanh nghiệp cần thực hiện theo các bước quy định để đảm bảo tính hợp pháp của giao dịch:

Bước 1: Xác định thu nhập tính thuế và áp dụng thuế suất TNDN Doanh nghiệp căn cứ vào giá chuyển nhượng thực tế trên hợp đồng (không thấp hơn giá đất do Ủy ban nhân dân cấp tỉnh quy định tại thời điểm chuyển nhượng) trừ đi giá vốn của quyền sử dụng đất và các chi phí hợp lý liên quan (phí môi giới, đo đạc, hồ sơ pháp lý). Theo Thông tư 96/2015/TT-BTC, thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản phải được hạch toán riêng và áp dụng thuế suất phổ thông là 20% trên lợi nhuận thu được. Việc tách bạch thu nhập này giúp doanh nghiệp kiểm soát tốt dòng tiền và là cơ sở để giải trình với cơ quan thuế về tính hợp lý của các khoản chi phí được trừ, đặc biệt là khi giao dịch bất động sản thường có giá trị lớn và hồ sơ phức tạp.

Bước 2: Thực hiện kê khai tạm tính và quyết toán trên hệ thống eTax Doanh nghiệp tiến hành kê khai thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản vào tờ khai thuế TNDN tạm tính theo quý nếu có phát sinh giao dịch, theo hướng dẫn tại Thông tư 80/2021/TT-BTC. Đến cuối năm tài chính, toàn bộ thu nhập và chi phí từ hoạt động này phải được tổng hợp vào tờ khai quyết toán thuế TNDN năm (mẫu 03/TNDN) trong thời hạn 90 ngày kể từ ngày kết thúc năm tài chính. Việc kê khai đúng niên độ và đúng mẫu biểu điện tử giúp doanh nghiệp tránh được các lỗi logic trên hệ thống eTax, đồng thời đảm bảo số thuế nộp thừa hoặc thiếu được điều chỉnh kịp thời, hạn chế rủi ro bị tính tiền chậm nộp 0,03%/ngày trên số thuế phát sinh thực tế.

Bước 3: Hoàn thiện hồ sơ pháp lý và lưu trữ chứng từ theo Luật Đất đai Để khoản thu nhập và chi phí được cơ quan thuế chấp nhận, doanh nghiệp phải đảm bảo quyền sử dụng đất đáp ứng đầy đủ các điều kiện chuyển nhượng theo Luật Đất đai 2024, bao gồm việc có Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất và đất không có tranh chấp. Theo quy định của Nghị định 43/2014/NĐ-CP (vẫn còn hiệu lực một phần trong giai đoạn chuyển tiếp), doanh nghiệp cần lưu trữ hợp đồng chuyển nhượng đã công chứng, chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt và các biên lai nộp lệ phí trước bạ trong thời hạn ít nhất 10 năm. Hồ sơ lưu trữ khoa học không chỉ phục vụ cho việc thanh tra thuế sau này mà còn là cơ sở để bảo vệ quyền sở hữu của bên mua, tránh các rủi ro bị truy thu thuế hoặc phạt hành chính từ 2.000.000 đồng đến 100.000.000 đồng theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP.

Danh mục hồ sơ cần chuẩn bị

Để quá trình kê khai diễn ra thuận lợi, doanh nghiệp cần chuẩn bị:

• Hợp đồng chuyển nhượng quyền sử dụng đất (đã công chứng/chứng thực).
• Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà ở và tài sản khác gắn liền với đất.
• Hóa đơn điện tử (ghi nhận phần không chịu thuế GTGT).
• Chứng từ thanh toán qua ngân hàng (đối với giao dịch từ 20 triệu đồng trở lên).
• Các hóa đơn, chứng từ chi phí liên quan đến việc chuyển nhượng.

Việc tuân thủ đúng quy định về kê khai thuế giúp doanh nghiệp tránh các rủi ro pháp lý, tối ưu hóa chi phí và đảm bảo tính minh bạch trong hoạt động kinh doanh. Đồng thời, điều này góp phần bảo vệ quyền lợi hợp pháp của doanh nghiệp trước cơ quan nhà nước. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công Ty Luật ACC.