Một người quen của mình làm việc tại công ty nước ngoài ở Việt Nam và thu nhập đã bị khấu trừ thuế khá cao theo biểu lũy tiến từng tháng, nhưng sau khi trừ các khoản giảm trừ gia cảnh thì số thuế phải nộp thực tế thấp hơn nhiều, vậy việc hoàn thuế trong trường hợp này có phức tạp không?

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công Ty Luật ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Thu nhập chịu thuế và khấu trừ thuế đối với công ty nước ngoài

Theo quy định tại Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025, thu nhập chịu thuế của doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài (FDI) bao gồm tất cả các khoản thu nhập phát sinh tại Việt Nam hoặc từ hoạt động kinh doanh quốc tế có liên quan đến Việt Nam, với mức thuế suất phổ biến là 20%. Các khoản chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế phải đáp ứng điều kiện hợp lý, hợp lệ, có chứng từ đầy đủ theo Nghị định 320/2025/NĐ-CP và Thông tư 78/2014/TT-BTC. Đối với thu nhập của công ty nước ngoài từ nguồn Việt Nam (như cổ tức, lãi vay, bản quyền), tổ chức chi trả tại Việt Nam phải khấu trừ thuế tại nguồn theo tỷ lệ từ 5% đến 20% tùy loại thu nhập, dẫn đến tình huống khấu trừ cao nếu không có hiệp định tránh đánh thuế hai lần (DTA) áp dụng. Nếu khấu trừ tại nguồn vượt quá số thuế phải nộp thực tế sau khi quyết toán, doanh nghiệp có quyền yêu cầu hoàn thuế phần nộp thừa.

Điều kiện được hoàn thuế khi khấu trừ cao

Doanh nghiệp nước ngoài chỉ được hoàn thuế nếu chứng minh được số thuế đã khấu trừ tại nguồn lớn hơn số thuế TNDN phải nộp theo quyết toán năm, dựa trên thu nhập chịu thuế sau khi trừ các khoản chi phí hợp lệ. Theo Điều 17 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025 và Điều 60 Nghị định 320/2025/NĐ-CP, điều kiện chính bao gồm:

(i) Doanh nghiệp phải đăng ký và nộp hồ sơ quyết toán thuế TNDN đúng hạn (thường trước ngày 90 của năm sau);

(ii) Có chứng từ chứng minh thu nhập và chi phí theo Thông tư 78/2014/TT-BTC, loại trừ các khoản chi không được trừ như chi phí cá nhân hóa hoặc không có hóa đơn;

(iii) Áp dụng DTA nếu có để giảm khấu trừ (ví dụ: giảm từ 20% xuống 10% cho cổ tức theo hiệp định với một số quốc gia).

Nếu không đáp ứng, phần khấu trừ cao sẽ không được hoàn mà chuyển sang bù trừ cho kỳ sau.

Quy trình yêu cầu hoàn thuế

Bước 1: Chuẩn bị và nộp hồ sơ quyết toán thuế

Doanh nghiệp nước ngoài phải hoàn thành quyết toán thuế TNDN tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp, kèm theo tờ khai quyết toán theo mẫu 03/TNDN (theo Thông tư 78/2014/TT-BTC). Hồ sơ bao gồm: báo cáo tài chính kiểm toán, chứng từ khấu trừ tại nguồn, và bảng kê chi phí được trừ. Thời hạn nộp là trước ngày 90 kể từ ngày kết thúc năm tài chính, giúp xác định số thuế nộp thừa sau khấu trừ.

Bước 2: Kê khai yêu cầu hoàn thuế

Sau quyết toán, nếu phát hiện nộp thừa, doanh nghiệp điền phần yêu cầu hoàn thuế trong tờ khai quyết toán hoặc nộp đơn riêng theo mẫu 01/HTTT-TNDN. Hồ sơ bổ sung:

Bản sao chứng từ khấu trừ thuế tại nguồn;

Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư (IRC) và mã số thuế;

Bằng chứng áp dụng DTA nếu có (hợp đồng hiệp định tránh đánh thuế hai lần). Cơ quan thuế sẽ kiểm tra trong vòng 40 ngày làm việc theo Nghị định 320/2025/NĐ-CP.

Bước 3: Theo dõi và nhận hoàn thuế

Cơ quan thuế xác minh hồ sơ, nếu hợp lệ sẽ hoàn thuế bằng chuyển khoản trong 40 ngày kể từ ngày nhận đủ hồ sơ hợp lệ, hoặc bù trừ vào kỳ sau nếu doanh nghiệp đồng ý. Nếu bị từ chối, doanh nghiệp có quyền khiếu nại theo Luật Quản lý thuế 2019. Lưu ý, nếu chậm nộp hồ sơ, có thể bị phạt từ 2.000.000 đồng đến 25.000.000 đồng tùy mức độ.

Việc tuân thủ đúng quy định về khấu trừ và hoàn thuế giúp doanh nghiệp nước ngoài tối ưu hóa chi phí, tránh rủi ro phạt hành chính lên đến 20% số thuế nộp thiếu hoặc chậm, đồng thời đảm bảo dòng tiền ổn định cho hoạt động kinh doanh tại Việt Nam. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công Ty Luật ACC.